同一SSR引物在不同棉种BAC文库中的筛选及其FISH分析

本实验室前期利用SSR引物NAU1201筛选海岛棉Pima 90-53 BAC文库，其中BAC克隆299N22含有特殊的重复序列。本试验用SSR引物NAU1201分别在阿非利加棉文库和达尔文氏棉文库中筛选到3个和1个阳性BAC克隆。这些BAC克隆在A（亚）组所有的染色体上均有弥散的杂交信号，而在D（亚）组所有的染色体上几乎没有杂交信号，这与海岛棉文库BAC克隆299N22的FISH结果一致。相似的FISH杂交信号说明这些BAC克隆极有可能均含有相同的重复序列。这些BAC克隆的获得为研究该重复序列在不同棉种基因组中的分布情况以及序列差异提供了物质基础。     

雷蒙德氏棉一段单拷贝序列的FISH分析

雷蒙德氏棉基因组草图的完成为棉花的基础研究奠定基础,然而该基因组草图仍需要后续的补充和完善。利用雷蒙德氏棉基因组草图信息,分别在6条较长染色体的端部选取了4 kb的序列。通过生物信息学分析这些序列在基因组中的拷贝情况,发现2号染色体一端的序列Chr2D属于单拷贝序列,且其内部没有重复序列。随后以该段序列为探针,对雷蒙德氏棉有丝分裂中期染色体进行荧光原位杂交,结果显示在1号染色体和4号染色体的一端有明显的杂交信号,信号大小远远大于4 kb序列所能产生信号的大小,而信号的强度则比正常的杂交信号暗弱。试验结果说明该4 kb序列Chr2D可能在1号染色体和4号染色体的1个端部有较高的拷贝数,而信号强度的暗弱则说明该序列在染色体上的分布方式可能为散漫分布。杂交信号在1号染色体和4号染色体上的相似性说明,这2对染色体可能有一定的亲缘关系。该结果将对雷蒙德氏棉基因组草图的补充完善有帮助。