麻疯树杂交子代与亲本间基因组DNA甲基化分析

为揭示麻疯树(Jatropha curcas)杂交子代与亲本间基因组甲基化变化规律,以1组亲缘关系较远且差异较大的亲本杂交构建的麻疯树遗传群体为材料,采用AFSM技术挖掘麻疯树DNA甲基化位点,比较不同材料的甲基化水平,对其进行功能分析.结果表明:共检测出537234个甲基化位点,杂交子代DNA甲基化水平(0.29)显...     

UPLC-MS/MS法测定海南益智果实挥发油成分

为研究海南野生益智果实代谢产物与代谢差异,于5月份果实成熟期早期采集海南益智来研究其挥发油化合物特征。本研究选取20组表型差异较大的海南典型野生益智果实为研究对象,利用超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)的代谢组学技术分析其代谢产物。共鉴定出239种代谢物成分,其中共有代谢物202种,差异代谢物37种。与成熟期益智果实挥发油化合物以倍半萜类和黄酮类为主不同,本研究发现在益智果实发育早期其果实挥发油化合物中特征性化合物大多为萜类和杂环化合物,其中相对含量高的为特征化合物包括4-(2-氨基乙基)吡啶、异-3-叔丁基乙酸酯等。通过KEGG富集分析发现,所有化合物共富集到了8条不同的代谢通路,其中6,6-二甲基-双环(3.1.1)庚-2-烯-2-甲醛、柠檬醛B、(-)-β-双萜烯和月桂烯4种化合物在不同代谢通路的富集中发挥着更重要的作用。本研究对采集的益智果实挥发油进行分析,比较了其中的代谢物成分,获得的结果可为后续益智人工栽培研究、育种和其在医药、食品等行业中的进一步开发应用提供科学依据。     

四环素及盐酸四环素对草履虫的毒性效应研究

[目的]本研究旨在探讨四环素及盐酸四环素对草履虫的急慢性毒性效应,初步评价四环素类抗生素对水生生物的潜在威胁。[方法]测定了四环素和盐酸四环素24h半数致死浓度(LC50)和最低有效浓度(LOEC),并以LOEC进行胁迫实验,观察草履虫15天单克隆生长曲线变化。[结果] 结果表明：四环素对尾草履虫的LC50值为52.36125mg.L-1,LOEC值为15.19917mg.L-1;盐酸四环素对尾草履虫的LC50值为50.24583mg.L-1,LOEC值为24.67175mg.L-1。15天慢性毒性试验显示两种抗生素对尾草履虫的单克隆生长曲线产生了显著抑制作用,使其种群增长率降低,种群数量减少。[结论]说明四环素和盐酸四环素对单细胞动物存在急慢性毒性效应,应明确其使用和排放标准,并积极开展监测和污染防控工作。     

芭蕉芋和美人蕉全基因组Survey分析

芭蕉芋是一种富含淀粉的具有较高经济价值的多用途作物,而美人蕉属于常见的草本园艺观赏植物,虽然两个物种用途广泛,但是它们的分子机制研究一直没有重要突破。为了加速两者分子育种的发展,本研究利用高通量测序技术对芭蕉芋和美人蕉进行Survey分析,通过生物信息学分析,完成了芭蕉芋和美人蕉全基因组特征评估,获得了基因组大小、杂合度以及GC含量等信息,基于两个基因组的特征比较分析结果完成了芭蕉芋基因组的初步组装。结果表明,通过对芭蕉芋和美人蕉进行高通量测序,分别得到139.30和68.10 Gb高质量的测序数据,总测序深度分别约为140 x和68 x,估算的基因组大小分别约为844.90和836.88 Mb;根据K-mer分析估算全基因组GC含量分别为39.14%和38.48%,杂合度分别为0.63%和1.50%。由此可知,芭蕉芋和美人蕉基因组均属于较为复杂的基因组。对芭蕉芋尝试初步组装后得到总长为555.60 Mb的基因组。本研究获得了芭蕉芋和美人蕉基因组大小和特征等信息,为芭蕉芋和美人蕉的分子育种研究提供了有价值的数据与思路,初步比较了芭蕉芋和美人蕉基因组特征的异同,为后续构建两者全基因组精细...     

基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析

为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致,其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起,而其他亚群中的样品大致能聚在一起,且样品间有一定的交叉。巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等,其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29)。巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03~0.15之间),但高于中国木薯种质资源的群体分化指数。各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084~0.297,平均遗传距离为0.228。本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据。