马铃薯StNF-Y核转录因子基因的克隆和生物信息学分析

为了研究马铃薯StNF-Y基因在非生物逆境中的作用与功能,在马铃薯抗青枯病基因型ED13中克隆了1个新的NF-YC转录因子(StNF-Y),并对其进行生物信息学分析,预测其生物学功能。结果表明,StNF-Y基因的全长cDNA为1 132 bp,其开放阅读框为693 bp,编码230个氨基酸,氨基酸分子式为C_(1112)H_(1735)N_(317)O_(339)S_(10),等电点为5.37,含有13个磷酸化位点;StNF-Y蛋白分布在胞质中,无信号肽,属于亲水性蛋白,含有高度保守的结构域,属于BUR6 superfamily家族;二级结构显示,StNF-Y蛋白主要由45.65%的α-螺旋、5.65%的延伸链、45.22%的无规则卷曲和3.48%的β-转角组成。系统进化分析结果显示,马铃薯StNF-Y序列与番茄、辣椒和烟草NF-YC序列亲缘关系较近。此外,StNF-Y在多种植物胁迫中起作用。因此,推测StNF-Y可能参与马铃薯相关胁迫抗性的调节。研究结果可为以后进一步深入研究马铃薯StNF-Y的功能以及对逆境胁迫的抵抗机制提供理论依据。     

马铃薯PAL基因的生物信息学初步分析

PAL是催化直接脱掉L-苯丙氨酸上的氨而生成反式桂皮酸的酶,是一个可把苯丙氨酸用于酚类化合物合成的酶。本文利用电子克隆技术获得一个马铃薯PAL基因的c DNA序列,运用多种生物信息学方法对其进行初步分析。从核酸序列到氨基酸序列,再到蛋白质的高级结构预测,获得了该基因的电子克隆全长。结果表明:该序列全长2529bp,共编码722个氨基酸,有多个限制性酶切位点,有38个磷酸化位点,属于亲水性氨基酸,无信号肽,无膜穿透性,无保守结构域。文末对下一步的实验验证和功能分析进行了展望,为进一步研究该基因在马铃薯特别是在抗病性的功能提供相关依据。