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【目的】丰富非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染后猪外周血淋巴细胞长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)表达谱,并进一步挖掘影响Toll样受体信号通路的调控网络。【方法】试验动物感染ASFV,于第7天采集外周血并分离得到外周血淋巴细胞,运用Illumina高通量组学测序对外周血淋巴细胞中lncRNA进行测序,原始数据经处理后筛选获得差异表达的lncRNA,并进行靶基因预测,利用生物信息学方法对靶基因进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,初步绘制与Toll样受体信号通路相关的lncRNA-mRNA调控网络,并对lncRNA-ENSSSCG00000041959在内的4个lncRNAs进行实时荧光定量RT-PCR验证。【结果】共筛选到73个差异表达的lncRNAs,其中上调表达lncRNAs 38个,下调表达lncRNAs 35个。GO功能分析结果显示,靶基因显著富集在调节免疫系统过程、防御反应、生物刺激、病毒反应和先天性免疫;KEGG信号通路富集分析显示,大部分靶基因与细胞循环、疾病及免疫应答有关,其中免疫相关信号通路有Toll样受体信号通路、TNF信号通路、产生IgA的肠道免疫网络等。进一步挖掘出lncRNA-ENSSSCG00000041959-RIPK1和lncRNA-ENSSSCG00000041959-IRAK1可能是影响Toll样受体信号通路的重要调控网络,实时荧光定量RT-PCR与测序结果一致。【结论】本研究初步鉴定出lncRNA-ENSSSCG00000041959-RIPK1和lncRNA-ENSSSCG00000041959-IRAK1可能是影响Toll样受体信号通路的lncRNA-mRNA调控网络,为进一步探索lncRNA调控ASFV感染机体免疫反应奠定了理论基础。 相似文献
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以烟草突变体及其野生型为材料,通过测定农艺性状、腺毛密度、西柏烷二萜醇及其代谢前体物含量、西柏烷二萜醇类代谢关键基因的表达量,分析了突变体的生理生化和代谢差异,并结合基因表达差异初步解析了其突变的生理与分子机制。结果表明,突变体西柏三烯一醇和西柏三烯二醇含量分别是野生型的2.63倍和4.03倍,均极显著高于野生型;突变体分泌型腺毛密度为757.38条/cm2,极显著大于野生型;突变体西柏烷二萜醇类代谢前体物IPP和GGPP分别为849.83 ng/g、298.29 ng/g,与野生型间的差异不显著;突变体西柏三烯一醇合成酶基因NtCYC-1、西柏三烯二醇合成酶基因NtCYP71D16的表达量分别是野生型的17.77倍和20.89倍,均极显著高于野生型。研究表明,突变体是一个培育优质、抗虫烤烟新品种的优良材料;其发生突变的原因是NtCYC-1、NtCYP71D16基因发生表达上调,促进了西柏三烯一醇、西柏三烯二醇的合成反应,同时,突变体的分泌型腺毛密度更高,为西柏烷二萜醇类的合成提供了更多的场所,使得西柏烷二萜醇类的含量显著提高。 相似文献
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为深入了解牛MBL-C蛋白的结构功能特点、作用机制及其结构基础,以中国荷斯坦牛的MBL-C蛋白序列为研究对象,使用多种软件工具对其进行生物信息学分析。结果表明,中国荷斯坦牛MBL-C蛋白由249aa构成,不稳定指数29.71,脂肪系数68.19,亲水性氨基酸占68.46%,疏水性氨基酸占31.54%,总平均亲水性-0.403,为亲水性稳定蛋白。含Sec/SPⅠ常规信号肽,无跨膜结构域,主要定位于胞外,为经典分泌蛋白。预测到23个磷酸化位点及其对应激酶,未预测到N-糖基化位点和O-糖基化位点。分别有27.71%、4.82%、51.41%、16.06%的氨基酸参与形成α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链,获得了可信度和质量较高的三聚体三维立体结构模型。本研究可为牛MBL-C蛋白结构与功能、作用机制阐释乃至牛抗性遗传、分子育种等深入研究提供参考。 相似文献
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不同钾肥对风沙土钾素动态变化及玉米生长的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
采用盆栽试验,研究常规氯化钾、常规硫酸钾、晶体氯化钾和硫酸钾镁4种不同钾肥对风沙土钾素动态变化及玉米生长的影响。结果表明,4种钾肥的施入均显著提高土壤速效钾(包括水溶性钾和交换性钾)、缓效钾及沸硝酸钾的含量。除土壤缓效钾含量在施肥后15 d达到峰值外,其他形态钾含量在施肥后12 d达到峰值。随着玉米生育期的延长,土壤速效钾含量呈"双峰"波动趋势,土壤缓效钾和沸硝酸钾含量波动较小。4种钾肥处理显著影响玉米6叶期植株的生长,对成熟期的农艺性状和含量无显著影响。植株吸钾量和钾肥回收利用率以硫酸钾处理最高。4种钾肥均能保证玉米生育期内的钾素需求,综合植株钾素吸收与利用状况考虑,常规硫酸钾的效果略优于其他3种钾肥。 相似文献
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