基于菜心(Brassica campestris)基因组Survey测序开发多态性SSR标记

为解决菜心SSR标记数量不足、已开发的位点多态性差等问题,本研究利用高通量测序技术,对‘四九-19’和‘3T6’两份菜心材料进行基因组Survey测序,规模化开发多态性SSR标记。两个菜心材料分别获得55 649 657个和59 300 433个Clean reads,分开拼接组装得到430 483个和499 876个Contig。在两个材料的Contig中搜索到共有的SSR位点为30 696个,其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富,占总SSR位点的67%。分析比较发现,3 652个(12%) SSR位点在两份测序材料间具有潜在多态性,随机挑选50个SSR位点进行PCR扩增验证,48对(96%)引物在4份菜心材料中扩增出清晰的条带,其中31对(62%)引物在两份测序样品间具有多态性,19对(38%)引物在另两份菜心材料间具有多态性。结果表明,利用基因组Survey测序能开发SSR标记和开发具有多态性的SSR标记,本研究开发的多态SSR标记将进一步为菜心分子标记的发展和应用提供基础。     

不同熟性菜心品质性状的多样性分析

【目的】综合评价菜心群体的品质性状,筛选特异种质资源,为高品质菜心种质的开发利用提供理论参考。【方法】收集120份具有不同熟性的菜心种质材料,选择8个外观品质和2个营养品质进行遗传多样性分析,并对全部菜心材料进行主成分分析和聚类分析。【结果】10个品质性状的变异系数在11.17% ～ 42.76%之间,其中最大叶柄长的变异系数最大,叶绿素含量的变异系数最小。除叶绿素含量、叶形和硝酸盐含量外,早熟型菜心的开展度、最大叶长、叶宽、叶柄长、薹高、薹粗、可溶性蛋白含量等7个指标都显著小于晚熟型;中熟型菜心的硝酸盐含量最低,其外观品质也最符合优质菜心商品性状的一般要求。主成分分析显示,10个品质性状可转化为3个主成分,累计贡献率达到80.813%,其中最大叶长、叶宽、叶柄长、叶形和叶色等5个性状能代表菜心品质性状的大部分信息。聚类分析将120份菜心种质分为两大类和6个亚类,其中Ⅱ-Ⅱ亚类菜心的综合品质性状表现优良,可直接利用或者作为较好的亲本材料。【结论】收集的菜心材料在品质性状方面差异较明显,蕴藏着较丰富的遗传变异,在品质方面存在部分可供育种和生产利用的种质资源。