广东省与江苏省松材线虫种群遗传结构差异分析

【目的】研究广东省和江苏省松材线虫的遗传变异,为我国松材线虫病的疫源追溯研究奠定基础,并为松材线虫病防控工作提供有力支持。【方法】使用Illumina全基因组重测序的方法,对所有松材线虫样本进行测序深度>40×的高通量测序。测序结果经过FastQC质量检测后,利用Cutaadpt软件去除接头序列。利用BWA软件将重测序结果与松材线虫基因组进行比对,使用Samtools和Picard将比对结果进行排序和去冗余,利用Freebayes进行SNP位点挖掘。而后使用VCFtools筛选统计松材线虫SNP位点信息以及突变基因型种类,并用SNPRelate构建所有虫株的系统发育树,最后进行焦磷酸测序验证。【结果】在广东省和江苏省疫木中共分离得到24株松材线虫,两省各12株。在所有松材线虫样本中共发现15 100 281个SNP位点,其中广东省虫株共发现12 990 503个SNP位点,江苏省虫株共发现2 109 778个SNP位点。对所有SNP位点统计分析后发现,广东省虫株的SNP数量和纯合子数量比江苏省虫株多,且差异性显著。此外,广东省大部分虫株出现频率最高的突变基因型为A→G、C→T、G...     

菌根辅助细菌短小芽孢杆菌HR10扩繁条件优化

菌根辅助细菌(mycorrhiza helper bacteria,MHB)短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)HR10可与外生菌根真菌(ectomycorrhizal fungi,EMF)互作,对马尾松具有显著促生作用。为将短小芽孢杆菌HR10进行规模化应用,在前期对其增殖扩繁培养基成分优化的基础上,对短小芽孢杆菌HR10培养条件(p H、发酵瓶装液量、发酵温度、接种量)进行了试验优化。结果表明,该菌株最适扩繁条件为:p H 6.5、装液量50%、发酵温度28℃、接种量5%。发酵液生物量在此条件下比前期的培养条件下提高了10.4%。     

樟树褐斑病病原形态及分子鉴定

樟树褐斑病是一种危害幼龄樟树枝干部的樟树病害,发生于上海宝山地区。经过调查研究,发现这种病害主要从伤口侵入,危害枝干的韧皮部,引起幼龄樟树的枯死。通过形态学和分子生物学相结合的方法,对这种枝干病害的病原进行了鉴定,结果为芒果球座菌(Guignardia mangiferae)。该菌菌落橄榄绿色,在PDA培养基上可形成有性和无性阶段,产生近椭圆形的分生孢子和梭形子囊孢子。利用ITS区序列可以区分其和柑桔黑斑病菌(G.citricarpa)。