Development and Application of Cotton InDel Markers Based on High Throughput Sequencing

[Objective] Dimorphic InDel markers can be used for cotton variety identification and purity detection, to improve the accuracy and efficiency of cotton seed testing, and to play a role in molecular breeding of cotton. [Method] Based on the whole genome sequencing of 121 cotton varieties from different sources, the InDel markers with high polymorphism were developed according to polymorphism information content(PIC) and were applied in the genetic distance analysis and cluster analysis by using 66 cotton varieties in China. [Result] Totally 10 967 InDel were identified based on the next generation sequencing data of 121 cotton varieties. Among the 85 pairs of InDel primers synthesized, 64 were selected including 35 from At group and 29 from Dt group. The minimum average allelic frequency(MAF) of At and Dt chromosomes were 0.45 and 0.32, respectively, while the PIC were 0.49 and 0.40, respectively. The genetic distances of the 66 cotton varieties ranged from 0.04 to 0.65 centimorgan (cM), with an average of 0.39 cM. The two varieties with the largest genetic distance were Simian 3 and CCRI 36, and the two varieties with the smallest genetic distance were Xumian 18 and Xuza 3. [Conclusion] The 64 cotton dimorphic InDel markers can effectively reveal the relationships among varieties based on the genetic distance, and distinguish cotton varieties from different sources, which has certain theoretical significance and application value.     

基于快速幂法子空间跟踪的低频振荡辨识方法

基于中国农村1986~2010年的时间序列数据，采用状态空间模型和中介效应分析方法检验并测算了农村金融发展对农村贫困的影响效应及其成分。研究结果表明：农村金融发展有效促进了农村贫困缓减，并且在促进农村贫困缓减的过程中中介效应与直接效应并存。     

新疆核桃腐烂病拮抗菌的筛选及鉴定

为给核桃促生菌群的构建提供菌株材料,通过对新疆核桃拮抗菌的分离纯化,筛选出对核桃腐烂病病原菌具有拮抗作用且能在其根际稳定定殖的优质高效菌株。从阿克苏、和田、喀什等新疆核桃主产区的根际土壤中分离出拮抗菌30株,采用对峙试验法对其拮抗能力进行测定,选出拮抗菌14株。经耐利福平诱导后剩余7株。将其进行大田定殖试验后,最终筛选出7株拮抗菌。经16S r DNA鉴定,这7株拮抗菌属于3个属,分别为假单胞菌属Pseudomonas、芽孢杆菌属Bacillus、链霉菌属Streptomyces,其中假单胞菌属为优势种属,且拮抗效果及稳定性最好。     

椭圆嗜蓝层孔菌子实体化学成分研究

椭圆嗜蓝层孔菌(Phellinus ellipsoidea)子实体甲醇提取物依次用石油醚和乙酸乙酯萃取,其乙酸乙酯分部经柱层析分离得到11个化合物。经鉴定这11个化合物分别为:苯并(1,2-b,5,4-b′)二呋喃-3,5-二酮-8-甲酸甲酯(1)、原儿茶酸(2)、4-(3,4-二羟苯基)-3-丁烯-2-酮(3)、原儿茶醛(4)、Hispidin(5)、Hispolon(6)、Inoscavin A(7)、Phelligridin K(8)、Inoscavin C(9)、Inoscavin E(10)和Inonoblins B(11),其中化合物2、4、7、10为首次从该物种中分离得到。     

健康家兔肠道中乳酸菌的分离鉴定

本试验选用MRS、MRS+10%家兔硬粪浸出液和MRS+10%泡菜汁3种选择培养基,对健康家兔肠道的乳酸菌群分别进行需氧和厌氧培养,根据可培养细菌菌落特征、染色特性、显微镜形态观测,共分离出7株乳酸菌株,其中需氧菌2株,厌氧菌5株。结合生化试验初步鉴定,需氧菌株分别为乳酸乳球菌和短乳杆菌,厌氧菌株分别为嗜酸乳杆菌,嗜粪乳杆菌,肠乳杆菌,乳酸乳杆菌和弯曲乳杆菌。本实验为弄清健康家兔肠道的有益菌群,以便下一步制作更易于在畜禽的肠道中定植存活的复合动物微生态制剂做准备。     

鲍曼不动杆菌雏鸡分离株CCGGD201101的分离、鉴定及致病性研究简

试验旨在鉴定吉林省某雏鸡孵育基地病死雏鸡组织中分离出的1株致病性菌CCGGD201101株并测定其致病性。对疑似致病菌进行生理生化试验、16S rDNA测序鉴定，并人工接种昆明鼠，测定其半数致死量，验证细菌毒力。经鉴定该菌为鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）。以鲍曼不动杆菌CCGGD201101分离株为研究对象，并以鲍曼不动杆菌标准株（ATCC 19606）为对照，测得半数致死量，进一步证明鲍曼不动杆菌病死鸡分离株CCGGD201101具有较强致病性。     

引自国际马铃薯中心的品种资源在青海对晚疫病的田间抗性鉴定

在青海省海拔2000～2500m和2500～3000m两个不同生态区域设置抗性观测圃,调查评价从国际马铃薯中心(CIP)引进的60份资源田间晚疫病抗性,资源D9在整个生育期表现出免疫症状,15个资源表现为高抗,18个资源表现抗病,同时还对晚疫病菌流行生理小种的毒性基因进行动态监测。     

1株猫杯状病毒的分离鉴定及其ORF2序列的遗传演化分析

为了解猫杯状病毒形态特征及遗传演化情况,采用F81细胞从患病宠物猫的鼻拭子样品中分离获得1株猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV),命名为SH1。经电镜观察,病毒粒子呈球形,无囊膜,符合FCV的形态特征。采用RT-PCR方法扩增了该毒株的全基因组,并进行了序列测定和衣壳蛋白基因(ORF2)序列的分析。结果显示:分离株与国内外参考株的ORF2序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为74.1%~79.7%和84.5%~90.9%;ORF2基因的遗传演化分析显示,30株FCV毒株形成两大分支,即基因群Ⅰ和Ⅱ,分离株属于基因群Ⅰ;进一步分析发现,基因群Ⅰ和Ⅱ主要在377、539和557氨基酸位点存在差异,基因群Ⅰ和Ⅱ分别为N、A、G和K、V、S。研究结果为FCV感染的防控提供科学依据。     

一株重组类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定及基因组分析

为分离上海地区猪繁殖与呼吸综征病毒（PRRSV）并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染病猪的2份肺样进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将盲传3代后出现细胞病变的PAMs经间接免疫荧光鉴定,通过RT-PCR扩增分离株全基因组序列,测序后与GenBank登录的参考株全基因组序列进行同源性及遗传进化分析,分析了分离株Nsp2、GP5氨基酸序列的遗传进化关系,并对分离株做了重组分析和细胞嗜性试验。结果显示,成功分离出1株PRRSV,命名为SH2019,其全基因组开放阅读框大小为14677 bp,分离株与NADC30的核苷酸同源性最高,属于目前流行于中国的类NADC30 PRRSV,其Nsp2存在131个氨基酸缺失的分子特征;分离株是以谱系1毒株为主要亲本,以谱系3、谱系5或谱系8毒株为次要亲本,在12601~12901 nt(ORF2~ORF4)发生了基因重组的重组毒株,分离株不能感染Marc-145细胞。本研究分离鉴定一株重组类NADC30 PRRSV,可为该地区猪繁殖与呼吸综合征的防控提供参考。     

鹅大肠埃希菌的分离鉴定及系统进化树分析

为对发病鹅感染致病性大肠埃希菌的临床治疗提供指导并防控致病性大肠埃希菌感染,本研究无菌采集腹泻鹅及病死鹅脾脏、肝脏等组织器官进行病原菌分离培养、染色观察、生化鉴定、致病性试验,对菌株部分基因进行测序、构建遗传进化树并进行药敏试验。结果显示,普通琼脂培养基上生长出灰白色、圆形、凸起、边缘整齐菌落,麦康凯琼脂培养基上长出玫红色、光滑圆润菌落;分离菌株经革兰氏染色,镜下可见革兰氏阴性菌,两端钝圆、大小中等,多呈单个存在的杆状菌;致病性试验表明,该分离菌株对小鼠、雏鹅均有较高致死率;遗传进化树结果显示,分离菌株与患者粪便分离株（GenBank登录号：CP024992.1）同源性最高,达99.5%;体外抑菌试验发现菌株耐药情况较严重,对大多数抗菌药均有较强抗性,仅头孢噻呋对该分离株有较强的抑菌作用,合理用药后病情得到有效控制。本研究为有效防治鹅大肠埃希菌病提供了理论依据,对规模化鹅场防控大肠埃希菌等其他细菌性疾病具有重要价值。