我国五个青蛤地理群体遗传变异的RAPD分析

本文利用RAPD方法对我国浙江、江苏、辽宁、天津和福建沿海青蛤地理群体的遗传变异和遗传结构进行了分析。从60条随机引物中,筛选出其中12条扩增效果好、条带清晰的引物进行扩增。结果表明,青蛤遗传多样性较丰富,五个群体的多态度在0.249～0.307之间,平均为0.278,按递减依次为江苏>福建>辽宁>浙江>天津;经分子方差分析(AMOVA),10.69%的遗传变异来自于群体间,89.31%来自于群体内,遗传分化除辽宁与江苏、天津群体间不显著外,其它群体间分化显著;根据遗传距离,用UPGMA法进行聚类分析表明,浙江群体与江苏群体,辽宁群体与天津群体分别先聚在一起,最后与福建群体聚类;S11、S424、S228、S4254个引物可以区分这五个青蛤地理种群,作为群体特征标记。     

鲫和鳜主要过敏原小清蛋白的基因克隆及序列分析

小清蛋白(parvalbumin, PV)是鱼类的主要过敏原, 为分析淡水鱼PV的序列及结构特征,采用RT-PCR方法, 从鲫和鳜肌肉中分别克隆得到2种小清蛋白的基因序列。生物信息学分析结果显示, 4种基因的序列长度均为330 bp, 编码109个氨基酸残基, 推导分子量在11.6 ku左右, 等电点为4.45~4.69。氨基酸序列分析表明, 克隆得到的这4种PV序列均含有丙氨酸-14、亮氨酸-16、半胱氨酸-19、苯丙氨酸-67、谷氨酰胺-69以及苏氨酸-79等β型PV特征性残基序列, 表明克隆的目的基因均为β型PV。鲫的2种PV序列相似性为80.73 %, 鳜的2种PV的序列相似性为83.49 %。对克隆得到的PV序列进行空间结构分析显示, 这4种PV序列均含有3个螺旋-松弛-螺旋结构, 即EF-手型结构, 其中靠近C端功能域的两个手型结构为Ca^2﹢结合位点。     

基于牡蛎疱疹病毒DNA聚合酶基因的巢式PCR检测方法的建立及应用

为了建立适用于Os HV-1不同变异株的检测方法,在牡蛎疱疹病毒(Os HV-1)3个变异株全基因组序列比对的基础上,筛选到牡蛎疱疹病毒基因组中高度保守的DNA聚合酶(DNA polymerase)基因,据此设计巢式PCR引物,优化PCR反应体系和条件,建立了基于Os HV-1 DNA聚合酶基因的巢氏PCR检测方法(P-n PCR检测方法),利用P-n PCR与Cn PCR检测方法对不同年份和宿主来源的Os HV-1疑似感染样本进行检测。结果显示,Pn PCR检测方法能稳定地检出100拷贝/μL的病毒DNA;P-n PCR较C-n PCR检测方法具有更强的特异性和更高的检出率。研究表明,本研究建立的P-n PCR检测方法适用于Os HV-1不同变异株的检测,可为该病毒的检测和流行病学调查提供可靠的技术支持。     

黄渤海夏季微藻调查

根据2011年夏季在黄渤海的采样调查分析了该海域网采浮游微藻的多样性,并从71个站位的采水样品与12个站位的拖网样品中分离了大量可培养的藻种。调查区拖网样品中共发现浮游微藻4门30属44种藻,以硅藻门(Bacillariophytas)为主,甲藻门(Dinophytas)次之。在实验室内利用毛细管法、平板法和稀释法分离纯化获得92株可培养微藻,经分子学鉴定为19种,包括9种硅藻、3种褐藻、3种不等鞭毛藻、2种绿藻、1种甲藻、1种定鞭藻。这些可培养微藻个体较小,多为微微型藻类和微型藻类,其中伪菱形藻(Pseudonitzschia sp.)和舟形藻(Navicula sp.)既能在固定样品中观察到,又能在实验室培养。圆筛藻(Coscinodiscus sp.)、梭角藻(Ceratium fusus)和夜光藻(Noctiluca scintillans)等小型藻类虽然在固定样品中所占比例较大,但是难以培养。此外,本次调查还首次在中国海域发现了Pseudobodo tremulans。黄渤海藻株的鉴定与培养不仅补充了中国微藻种质资源,还为促进微藻的研究和开发利用提供了重要材料。     

Effect of ABA,arginine and sucrose on protein content of date palm somatic embryos

Abscisic acid (ABA), arginine and sucrose were evaluated for their effects on the morphology, germination rates and protein content of date palm somatic embryos (SE). Different concentrations of these supplements in the culture medium were used. The comparative study of SE length and thickness between treated and untreated SE revealed no differences, except for ABA (20 μM), which increased thickness. A decrease of water content (WC) in favor of an increase in dry weight (DW) was observed in all treated SE, especially with sucrose (90 g l⁻¹) and ABA (20 μM). Only ABA (20 and 4 μM) caused a proliferation rate of the cultures higher than those in the control. Although all the tested compounds increased protein content, ABA (20 μM) was more effective in protein enrichment than arginine and sucrose treatments. The SDS-PAGE protein profiles showed a significant difference between treated and untreated SE. A protein band of 22 kDa, identified as glutelin in a previous work, was accumulated after treatment with 20 μM ABA or 3 mM arginine. These findings may contribute to further understanding of the mechanisms involved in the accumulation of specific storage proteins in several plants.     

ISTR在部分柿属植物种质鉴定和亲缘关系分析中的应用

 利用反向序列标签重复技术( inverse sequence-tagged repeat, ISTR) , 对柿属7个种, 包括柿(Diospyros kaki Thunb. ) 、君迁子(D. lotus L. ) 、浙江柿(D. glaucifolia Metc. ) 、油柿(D. oleifera Cheng. ) 、金枣柿(D. sp. ) 、老鸦柿(D. rhombifolia Hemsl. ) 和美洲柿(D. virginiana L. ) 共32个基因型进行了种质鉴定和亲缘关系研究。结果表明: ISTR可区分供试柿属植物中的30份; ISTR能够很好地适用于柿属植物亲缘关系分析; 供试的中国与日本原产柿种质分别聚类; 新发现的中国甜柿变异类型与日本甜柿的亲缘关系较远且存在较丰富的遗传变异, 可能是潜在的育种资源。ISTR标记可在柿属植物种质资源鉴定和亲缘关系分析中更广泛地应用。     

小麦低分子量谷蛋白一级结构分析

用数学统计方法和蛋白质序列分析软件对部分已测序的17种低分子量走谷蛋白亚基含氮量、氨基酸含量及一级结构序列进行比较分析。以期从氨基酸层次上揭示其结构和功能及进化上的关系．结果表明：(1)其平均含氮量为17．8％;(2)氨基酸含量基本恒定。以谷氨酰胺的含量最多。且常连接在一起;(3)存在119个保守性氨基酸残基扣两个保守性片段。一个是“QQQ-PPFSQQ”。一个是“IP-VHPSILQQLNPCKVFLQQ—C—P—AM-Q-LARSQM-QS-CHVMQQQCCQQL—QIPQQSRYEAI-AI-YSIILQEQQ”(“-”表示各序列中不同的氨基酸);(4)X84960、X84961、Y14104;X13306、U86025、U86027、U86029两组亚基序列中各具有一定程度的同源性。     

几种重要花生病毒研究新进展

花生病毒病是影响花生生产的重要病害.近10年来,花生矮化病毒(PSV)、花生条纹病毒(PStV)和番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒分子生物学研究进展,极大地丰富了对上述病毒基因组结构、遗传变异、进化的认识,以及病毒种、亚组和株系科学的划分.对PSV来说,提出了两个亚组的划分,而我国PSV株系血清学和RNA3全序列的分析,明确它们独自构成第三个新的亚组.对我国和东南亚国家PStV株系CP基因序列同源性的分析,说明在这些国家和地区PStV是单独进化的,形成不同症状类型的株系.Tospovirus属病毒分子生物学研究的深入使得该属病毒从番茄斑萎病毒(TSWV)1种增加到13种,其中侵染花生的病毒达5种,分布于不同的国家和地区.     

我国水稻主栽品种SSR多样性的比较分析

采用40个SSR标记,比较分析了151份20世纪50年代(78份）和近10年（73份）我国常规稻主栽品种的遗传差异,发现有39个标记具有多态性,多态性位点共检测到213个等位基因,每个位点2～11个,平均5.5个;平均Nei基因多样性指数(He)为0.649,范围在0.309（RM174）～0.869（RM418）。籼粳亚种间SSR多样性差异明显,籼稻平均等位基因数（Na）和Nei基因多样性指数（Na = 4.4,He = 0.458）均高于粳稻品种（Na = 4.0,He = 0.395）。比较了78份20世纪50年代与73份近10年水稻主栽品种的遗传多样性,籼、粳亚种表现出相近的变化趋势,即Nei多样性指数和等位基因数20世纪50年代主栽品种高于近10年的。虽然Nei基因多样性指数的变化并不显著（籼稻：z= 1.471,P=0.141;粳稻：z= 1.932,P=0.053）,但等位基因数目的变化达到显著水平（籼稻：z= 2.677,P=0.007;粳稻：z= 3.441,P=0.001）。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异绝大部分存在于两时期内,尽管时期间平均贡献的遗传变异仅占1.9％,但仍然达到5％的显著水平;籼、粳亚种两时期间平均贡献的遗传变异高于整个分析样本,分别为5.0％和8.2％;籼、粳亚种不同位点的遗传分化程度也各不相同,籼稻和粳稻品种分别有13个（占33.3％）和11个（占28.2％）SSR位点的等位基因在两时期间差异显著,而其余位点的遗传变异则是因时期内品种间的差异引起的。研究表明近10年我国常规稻主栽品种丢失了一部分等位基因,水稻育种仍应加强更广泛的种质亲本的选择。     

小麦 Glu A1位点1亚基和Null亚基间品质效应的差异

为了解小麦Glu-A1位点1亚基和Null亚基间的品质效应差异,用郑麦9405/郑麦98//周麦16配制杂交组合,利用系谱法辅助生化标记连续多代选择后得到纯合的1亚基和Null亚基的近等基因系,并对近等基因系1亚基和Null亚基间的面筋特性和粉质特性进行了测定和分析.结果表明,对于面筋指数、形成时间、稳定时间和粉质质量指数,1亚基的贡献明显大于Null亚基,1亚基比Null亚基的面筋指数、形成时间、稳定时间和粉质质量指数分别提高9.79％、68.73％、25.89％和13.99％,成组数据的t测验显示差异达到极显著水平(P值分别为0.007、0.000、0.002和0.006),亚基效应为1亚基＞Null亚基;对于湿面筋含量、干面筋含量和吸水率,1亚基和Null亚基的贡献无明显差别,成组数据t检验显示差异不显著(0.978、0.654和0.206).