24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析

[目的]了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析.[结果]从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条.供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61.UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群.类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县.[结论]24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源.     

棉花耐盐相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记筛选

利用相关序列扩增多态性(SRAP)和群体分离分析法(BSA)对棉花耐盐材料×敏盐材料组合的F2群体及26个耐、敏品种(系)进行分析和鉴定,筛选与棉花耐盐相关的分子标记。在88对正反引物组合中,筛选出在2个亲本间具有多态性的引物6对,经F2群体分析,发现1对引物能够在耐盐单株中扩增出350 bp的特异片段,而在敏盐单株中没有。品种鉴定显示,耐盐材料均能扩增出该片段,而敏盐材料没有该片段扩增。推测该片段是与棉花耐盐性紧密连锁的分子标记。     

弯翅蠊亚科Panesthiinae（蜚蠊目:硕蠊总科）分子研究进展

弯翅蠊亚科Panesthiinae (蜚蠊目:硕蠊总科)为一类钻蛀朽木生活的木食性蜚蠊(wood-feeding cockroaches),是森林生态系统中重要的分解者,主要分布在澳洲、马来-印尼群岛以及东南亚等热带亚热带地区.该亚科分类学研究多数为早期的形态学研究,近年有少数新种利用现代分子技术进行研究.NCBI网站共提交了弯翅蠊亚科59个分类单元,194条核苷酸序列.该亚科分子系统发育学方面已有较丰富的研究,主要用于推断属间和种间进化关系和亲缘关系,同时根据这些分子证据进行谱系地理学研究,推断弯翅蠊亚科昆虫的种群扩散和生物入侵时间和方式,侧面猜测地理历史事件.另外,分子研究报道了一些弯翅蠊亚科体内的内共生物,并深入进行了协同进化等方面的研究.展望了新技术方法在弯翅蠊亚科分子研究中的应用.     

基于深度神经网络的 SSR 分子标记对茶叶产地的溯源研究

【目的】对不同品种的茶叶进行区分和产地溯源,同时为其他植物分类提供参考依据。【方法】以简单重复序列标记（Simple sequence repeat,SSR）为基础,运用生物信息学的研究方法,对来自湖南、云南、福建和浙江省的 313 个茶叶样本的来源属地及 10 个外类群关系进行研究：首先,筛选出高质量的 54 个 SSR 位点,通过主成分分析（Principal compon ent analysis,PCA）,构建进化树,分析各省间茶叶样本的差异度;其次,通过比较线性回归模型、随机森林模型和深度神经网络（Deep neural network,DNN）模型的分类准确度,选择准确度最高的神经网络模型进行溯源模型构建及优化。【结果】4 个省的茶叶样本个体相对聚集,其中云南省的样本个体较其他省份差异大;福建、浙江、湖南的样本分别聚集,表明福建、浙江、湖南三省间茶叶差异显著,但有少量交叉,具有一定的相似遗传结构特性,亲缘关系较近。利用 3 种不同的模型对 54 个 SSR 分子标记矩阵构建模型,初步鉴定出线性回归模型准确率为 81%,随机森林模型准确率为 77%,而 DNN 模型准确率最高、为86%,由此可得出 DNN 模型对茶叶的分类效果最好。随后利用 54 个 SSR 分子标记和 323 个样本构建预测模型,并对一次训练的样本个数（Batch size)、训练的次数（Step size)、隐藏层层数及每层节点数进行优化,发现这 4 个参数的优化结果当样本个数为 150、训练次数为 20 000、隐藏层层数为 2 层时验证集和测试集的准确率最高、约 95%,即 2 层神经网络对茶叶分析效果最佳。【结论】基于深度神经网络的 SSR 分子标记为茶叶分类、产地溯源研究和茶叶育种等方面提供支持依据,构建的分类模型也可用于其他物种重测序数据的属地来源鉴定。     

红外相机技术在鼠类密度估算中的应用

2009年5月至2011年7月,在古田山国家自然保护区24 hm2(600 m×400 m)样地中用分层随机抽样法布置20台红外相机,监测样地内的鼠类密度.利用红外相机技术,引用物理学中气体分子碰撞率原理,在不对鼠类进行个体识别的情况下,估算样地内鼠类密度.结果表明,以此估算的样地内鼠类密度D3与标志重捕法估算的鼠类密度D之间不存在显著差异(P＞0.05),两者契合程度高,说明此模型具有相当高的精确性.而在较高的相机分布密度(0.83台/hm2)下得出的鼠类密度季节消长状况也验证了该模型的可靠程度.     

紫芝栽培新品种武芝2号基于rDNA-ITS和ITS2的分子鉴定与分析

[目的]探讨利用rDNA-ITS及其ITS2二级结构进行紫芝栽培新品种武芝2号(原名紫芝S2)的分子鉴定.[方法]通过第一代和第三代测序技术分别获得武芝2号的ITS序列,针对灵芝属(Ganoderma spp.)相关种类的ITS序列构建系统进化树进行分子分类鉴定,采用rDNA-ITS及相关引物序列进行BLAST比对分析...     

壳聚糖制备工艺的研究

利用河蟹壳制备壳聚糖的改进工艺,对脱乙酰度、粘均分子量2项主要指标进行测定.经过极差分析找到了最佳工艺条件,即浓度为15%的氢氧化钠100℃脱蛋白1 h,浓度为15%的盐酸25℃脱钙4.5 h,浓度为45%的氢氧化钠130℃脱乙酰反应3 h.在改进工艺条件下,壳聚糖脱乙酰度在85%以上,粘均分子量大于70万,免去氧化脱色阶段,避免在氧化脱色过程中造成壳聚糖的降解,产物色泽呈灰白或肉色,保证了壳聚糖的质量.这表明,利用盘锦河蟹壳制备壳聚糖,从而改进工艺是可行的.     

拟南芥霜霉病抗性分子机制研究进展

随着近年分子生物学技术的发展与应用,植物霜霉病抗性的研究有了长足的进展。本文就拟南芥抗霜霉病基因的克隆与结构分析,抗病信号传导,防卫反应和系统获得抗性,以及寄主-寄生菌共进化冲突方面进行了综述,并就今后的研究进行了展望。     

玉米诱导系遗传多样性及诱导率与母本遗传背景的关系

【目的】研究玉米单倍体诱导率与遗传背景的关系及诱导系的遗传多样性。【方法】选用东北地区主要的玉米杂种优势模式下骨干自交系所组配的F1代为母本进行单倍体诱导,统计诱导率;利用SSR标记对诱导系遗传多样性进行分析和类群划分。【结果】母本不同的材料间单倍体诱导率变异幅度较大,相同杂交模式下的基础材料间诱导率变化也较大,杂交模式间诱导率无显著差异;同一亲本组配的诱导基础材料的诱导率变化范围较大,不同亲本的组合间差异不显著。SSR标记分析表明,35对SSR引物共检测出152个等位基因变异,每对引物检测出2~7个等位基因,平均4.342 9个,每对引物多态性信息量(PIC)为0.113 7~0.676 5,平均为0.442 0。聚类分析结果表明,供试玉米诱导系分为4个大群,第2类群可以被划分为6个亚群。【结论】单倍体诱导率与母本基础材料的基因型有一定的相关性;供试诱导系可划分为4个大群;在对诱导系评价或父本诱导系改良时,应考虑测定母本基因型等综合因素。     

小麦抗白粉病基因Pm6的RAPD标记和SCAR标记

用 1 8 1条 1 0碱基随机引物扩增感病亲本豫麦 1 3号和含Pm6基因的抗病亲本Tim galen ,有 37条引物在Timgalen中检测到多态性片断 ,经多次重复和F2 验证 ,引物S1 38仍能在Timgalen中扩增出稳定的多态性片断 ,对该多态性片断进行回收、克隆和测序 ,根据其序列合成 1对特异引物 ,成功地将RAPD标记转化成稳定的SCAR标记 ,并用此引物对豫麦 1 3号和Timgalen的杂交F2 单株检测 ,计算出该标记与抗病基因之间的遗传距离为 2 7.1cM。并对含不同抗白粉病基因的载体品种进行了SCAR分析。