核桃叶片基因组DNA的4种提取方法比较

以核桃叶片为材料,比较了高盐低pH法、SDS法、改良CTAB法和适合酚类、多糖类物质较多的植物DNA提取法提取基因组DNA的效果;通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计、RAPD、ISSR等方法进行PCR扩增和用EcoRI、PstI内切酶酶切对所提取的DNA样品进行检测,比较所得DNA的产量和质量.结果表明,4种提取方法从叶片中得到的DNA产量和质量有所不同,其中酚类、多糖类物质较多的植物DNA提取法产量最高,纯度适中.4种方法提取的DNA对以后的PCR和酶切均没有影响.     

二氧化硅生物荧光纳米颗粒的制备与应用

以荧光染料(联吡啶钌配合物)为核,二氧化硅为外壳制备了荧光纳米颗粒.电镜检测结果显示,合成的二氧化硅纳米颗粒粒径为(20±3)nm,分布均匀,形态规则.对荧光纳米颗粒进行生物修饰得到荧光探针,以DNA碱基配对原则为基础建立检测DNA的方法,利用激光扫描共聚焦显微镜研究玻片上的荧光信号和荧光强度.结果表明,该方法不仅可定量检测到4.4×10-8 mol/L的目标DNA3,而且可定性检测目标DNA3、单碱基错配DNA4及随机序列DNA5,为发展DNA检测技术提供了新的思路.     

基于16S rRNA序列探讨我国海鳝科鱼类分子系统进化关系

为从分子水平分析海鳝科鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,实验通过PCR扩增获得我国海鳝科9个属26种鱼类16S r RNA序列片段,结合GenBank下载的其他海鳝科鱼类的序列进行分析。结果显示,进化树上,海鳝科主要形成裸海鳝亚科与海鳝亚科两个分支,裸海鳝亚科包括尾鳝属与鞭尾鳝属,海鳝亚科包括裸胸鳝属、裸海鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属等8个属,与形态分类结果一致。裸海鳝亚科分支中,尾鳝属与鞭尾鳝属形成平行的姐妹分支;海鳝亚科分支中,斑马裸海鳝单独形成一支,位于该分支基部,其他种类聚为另一支。分支I中裸胸鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属、海鳝属等属均无法形成单系,揭示这些种属可能是多系起源,与近期的分子水平研究观点相似。研究结果支持将斑马裸海鳝归为裸海鳝属,为单型属物种;虎斑鞭尾鳝归为鞭尾鳝属,与尾鳝属平行进化;拟蛇鳝从长海鳝属分离出来,归为拟蛇鳝属等分类观点。豹纹勾吻鳝与海鳝属关系十分接近,但其形态上还具有多个勾吻鳝属的基本特征,至于是否归为海鳝属,还需后续更多的分子与形态学研究加以验证。     

中国对虾皮下及造血组织坏死杆状病毒（HHNBV）DNA探针的制备及应用

ＨＨＮＢＶ是１９９３年中国对虾暴发性流行病的主要病原之一。从纯化的病毒中提取ＤＮＡ，用ＥｃｏＲｌ限制性内切酶酶切成ＤＮＡ片段，与ＰＵＣ１８体外重组，建立ＨＨＮＢＶＤＮＡ文库。从中筛选出三个重组质粒（５＃、８＃、９＃），它们所插入的片段大小分别为：２．８Ｋｂ、０．８Ｋｂ、１．６Ｋｂ，它们分别用光敏生物素标记成探针，与感染ＨＨＮＢＶ的病虾ＤＮＡ呈阳性反应，以此利用制备的ＨＨＮＢＶＤＮＡ探针的高敏感性和特异性来检测虾病。     

根据mtDNA控制区序列分析野生唇 的种群遗传结构

为了掌握不同地理种群唇(鱼骨)(Hemibarbu labeo)的遗传多样性和遗传结构,探讨其亲缘地理演化过程,研究分析了乌苏里江、长江、黑龙江、鸭绿江和牡丹江5大水系,8个地理群体(n=42)的mtDNA控制区404 bp片段的变异,该片段共有26个变异位点,变异率为6.43%,平均核苷酸多样性为0.011 5.42尾样本共检测到18个单倍型,这8个地理群体是以HT1和HT2单倍型为中心向外辐射演化的.AMOVA分析结果表明,群体内变异为59.29%,同一水系群体间变异为23.50%,不同水系群体间变异为17.20%,以上变异均达到显著水平(P＜0.05),群体间配对FST分析结果表明,同一水系内有些群体间差异也达到了显著水平.聚类分析发现,最大简约法(MP)和最大似然率法(ML)结果基本一致,嘉荫群体(HRJY)和四川群体(YRSC)绝大部分个体被聚在一支,鸭绿江群体(YRLJ)聚在一支,这与单倍型网络的分析结果一致,以上结果表明唇(鱼骨)的遗传多样较为丰富,黑龙江流域的唇(鱼骨)保持了祖先单倍型,其他地理群体为黑龙江流域内群体向不同方向演化的结果,并且部分地理群体已经形成了特有的单倍型.     

鳙小卫星DNA的克隆

鳙基因组ＤＮＡ 经内切酶Ｓａｕ３ＡⅠ完全酶切后,与Ｂａｍ ＨⅠ－ ｐＵＣ１８ 质粒连接,转化ＤＨ５α后,获得９３３ 个重组体。用人源小卫星探针３３ ．１５ 对重组体进行原位杂交筛选,获得１４ 个阳性克隆,取其中的１ 个阳性克隆（ 即小卫星ｐＢＣ１７４） 作探针,与５ 尾鳙和４ 尾鲢基因组ＤＮＡ 杂交,能产生具有高度变异性的、个体特异性的ＤＮＡ 指纹图,表明克隆的鳙小卫星ｐＢＣ１７４ 可用于鱼类ＤＮＡ 指纹分析。     

龙池鲫DNA含量、倍性分析及其形态学特征研究

以鸡(Gallus sp.)红细胞DNA含量(2.5 pg/N)为标准对照,利用流式细胞术测定了龙池鲫(Carassius auratus in Long Lake)的红细胞核DNA含量,采用T型标技术标记了2倍体与3倍体龙池鲫并研究了2倍体与3倍体龙池鲫的形态特征,为阐明龙池鲫的遗传背景及资源增殖保护提供科学依据。结果显示,实验检测的265尾龙池鲫中,42尾龙池鲫样品红细胞核的相对DNA含量接近76,占15.85%,223尾样品接近110,占群体数的84.15%;二倍体龙池鲫的DNA含量为3.83 pg/N,三倍体龙池鲫的DNA含量为5.38 pg/N。龙池鲫是由二倍体和三倍体两种类型的鱼组成的混合群体;侧线鳞数量可作为二倍体龙池鲫与三倍体龙池鲫的辨别参考指标。T型标暂养1周后龙池鲫的成活率达到100%,脱牌率为1.13%。     

鲍活体倍性检测技术的研究

在生物有机体中,一个细胞核中所含的DNA总量对于某种类有机体是一定的。利用流式细胞仪(FCM)测量细胞中的DNA含量,可以用来鉴别有机体的倍性。本研究分别取杂交鲍[即皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)×盘鲍(Haliotis.discus discus)]的一小块触手、足肌,设计不同的振荡时间、不同的DAPI染色时间、不同的取样部位,制备成不同的细胞悬液检查样品;用PA-Ⅱ型倍体分析仪测定其倍性,以探讨其对倍性检测效果的影响。试验结果表明:振荡的最适时间为1.5～2.0 min,染色的最适时间为4.0～5.0 min;取材部位的不同对检测结果无显著影响。     

长江上游中华金沙鳅和短身金沙鳅线粒体遗传多样性研究

为了解中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及短身金沙鳅(J.abbreviate)遗传多样性,本研究采用线粒体DNA控制区序列,对长江上游巴南、江津、合江、宜宾、犍为、巧家、宁南和攀枝花等8个群体的中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及巴南、合江和犍为3个群体的短身金沙鳅(J.abbreviate)的遗传多样性进行研究。结果显示:中华金沙鳅和短身金沙鳅的遗传结构存在差异,中华金沙鳅的遗传多样性较高,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.999和0.0182;而短身金沙鳅的遗传多样性水平较低(Hd:0.411,Pi:0.0005)。分子变异方差分析(AMOVA)显示两种鱼均无显著地理遗传分化,但单倍型系统发育树和网络结构图揭示了中华金沙鳅存在群体内遗传分化,形成三个谱系,表明缺乏长期亚群体隔离和高水平基因流。中性检验和Bayesian skyline plot(BSP)结果表明,中华金沙鳅在历史上曾发生过群体扩张事件,扩张时间约在10万~17万年前。     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。