基于微卫星标记的洞庭青鲫倍性鉴定

洞庭青鲫产于湖南省澧县北民湖,因个体大且背部青灰而得名,其快速生长的特性和异于普通鲫的体型令作者怀疑前人报道的"二倍体群体"结果。为此,从银鲫微卫星文库中筛选9个位点构建微卫星鲫倍性鉴定体系,同时采用流式细胞术和染色体核型分析完成了洞庭青鲫倍性鉴定。结果显示,建立的微卫星鲫倍性鉴定体系能够100%区分二倍体、三倍体和四倍体鲫,微卫星基因分型结果显示136尾洞庭青鲫均为三倍体,各位点的等位基因数为1～3,样本基因型包括AAA、AAB/ABB、ABC 3种类型;洞庭青鲫血细胞DNA平均含量为159.42±5.64,与二倍体红鲫的血细胞DNA平均含量(102.43±3.54)比值(DI)为1.56∶1;流式细胞术与微卫星体系判定结果匹配度100%;染色体核型分析显示洞庭青鲫染色体数为3n=156±,核型公式为3n=39m+36sm+81sta,NF=231。建立了适用于鲫倍性鉴定的微卫星标记体系,且系统地证实了洞庭青鲫为三倍体鲫品种。     

基于茶树芽叶转录组序列的EST-SSR分布特征研究

采用生物信息学方法对茶树(Camellia Sinensis)叶部不同发育阶段(单芽/三叶)转录组中的EST-SSR位点信息进行分析,以期为茶树分子标记辅助育种提供有效的参考。利用SSRFINDER软件,对茶树芽叶转录组的高通量测序获得的97454条Unigenes序列(100.91Mb)进行大通量SSR位点的筛选,共获得36249个SSR位点,分布于27913条Unigenes序列中,其发生频率为28.64%,平均分布密度为1/2.78 kb。在茶树芽叶的转录组序列中共发现962种碱基重复基元,其中占主导的是以(AG/CT)n为主(占总SSRs的23.78%)的二核苷酸重复,占到总SSRs的59.19%,其次是三核苷酸和单核苷酸重复,其占比分别为20.92%和13.13%。茶树芽叶转录组所含不同重复基元SSRs的平均长度,相对全器官转录组较短,其中占比最高的是重复长度为18 bp的中长重复序列,占到总SSRs的23.37%,而大于25 bp的较长序列重复极少。同时对茶树不同器官转录组测序的SSR分布特性进行了分析比较,以期为后续的分子标记开发提供参考。     

鲢三、四核苷酸重复微卫星标记的筛选及其特征分析

通过磁珠富集法筛选鲢(Hypophthalmichtys molitrix)的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针(TGA)₈、(CAG)₈以及(AGAT)₆进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α,获得微卫星文库;再用γ-³²P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个(59.64%),非完美型28个(10%),混合型85个(30.36%)。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。