Comparison of rhizosphere and endophytic microbial communities of Chinese leek through high-throughput 16S rRNA gene Illumina sequencing

Chinese leek (Allium tuberosum Rottler ex Sprengel) is a common vegetable in China. In our previous study, Chinese leek in rotation was found to have significant antifungal and nematicidal activity. This study's aim was to investigate the potential antifungal and nematicidal activity associated with rhizosphere or endophytic microbes of Chinese leek. Thus, a total of 79 261 high-quality sequences were obtained from Chinese leek rhizosphere soil, leaf and root samples. In the rhizosphere soil, the bacterial community comprised five dominant phyla: Proteobacteria (37.85%), Acidobacteria (10.99%), Bacteroidetes (8.24%), Cyanobacteria (7.79%) and Planctomycetes (7.1%). The leaf and root bacterial communities comprised two dominant phyla: Cyanobacteria (83.42% in leaf and 75.44% in root) and Proteobacteria (14.75% in leaf and 21.04% in root). Microbial diversity, richness and evenness in the rhizosphere soil bacterial community were higher than that in the endophytic bacterial communities. The rhizosphere bacterial community was significantly different from the endophytic bacterial communities. The endophytic bacterial communities from the leaf and the root were slightly, but not significantly different from each other. This study's findings would contribute to the isolation and identification of nematicidal and antifungal bacterial communities in Chinese leek.     

我国异尖线虫病研究进展

异尖线虫病呈世界性分布,已成为重要的食源性人兽共患寄生虫病,严重威胁人类的健康,是我国禁止入境的二类寄生虫病。综述了异尖线虫病的病原学、生活史、地理分布、发病机制和临床症状,重点概括了国内海鱼体内异尖属线虫的感染、种类分布和国内尚未出现病例报道的原因,进一步强调异尖线虫病的防控对中国水产养殖业乃至全世界的重要性,并对今后的研究前景进行展望,以期为防控异尖线虫病奠定基础。     

松材线虫病的潜伏侵染及松墨天牛传播新途径

在南京用松材线虫接种 7种松树 ,于第 2a在无任何症状的松树的接种点上方 10cm处取样 ,分离线虫。结果表明松材线虫病的潜伏侵染现象比较普遍。在不同的松树品种上潜伏侵染现象有所差异。感病黑松和赤松很快死亡 ,只有在接种量小的情况下才有潜伏侵染现象发生。抗病性强的火炬松和湿地松感病后潜伏侵染现象比较普遍 ,并且样品中的线虫量也较高。而抗病性中等的马尾松和刚松感病后潜伏侵染现象的普遍性及样品中的线虫量均处于中等。短针松接种松材线虫后既不枯死 ,也无潜伏侵染现象。松墨天牛传播松材线虫的试验结果表明 ,未携带松材线虫的松墨天牛成虫在松材线虫病松枝上取食后 ,再到健康松枝上取食 ,有传播松材线虫的可能。这些结果表明在松材线虫病新病区清理病死木时 ,应采取早期诊断技术 ,把未表现症状的松树一起清除 ,以达到防治目的。     

皖南某野生动物园戊型肝炎跨种感染的分析

从皖南某野生动物园采集包括鸟类在内的22种动物粪便样品共计38份,采用RT-nPCR法检测HEV。结果表明,28.9%的粪样呈HEV RNA阳性,其中包括多种鸟类粪样。对所有11个HEV分离株的基因序列分析表明,它们均属基因4型,同源性为96%~100%。这提示,在该野生动物中心发生了HEV的跨种间感染,并且哺乳动物HEV可以在自然条件下感染鸟类。     

獭兔金黄色葡萄球菌和波氏杆菌混合感染的诊治

四川某獭兔养殖场2001年2月～3月底爆发一种以呼吸道症状为主的疾病,表现为流鼻涕、鼻塞、喷嚏、咳嗽,严重者流脓性鼻液,采食量长期低于正常水平,但没有死亡,发病率85%～90%,兔消瘦,被毛粗糙.以病兔鼻液、气管黏液、肺组织为病料分离细菌,经过对分离细菌镜下形态、培养特性和生化试验,确认为葡萄球菌和波氏杆菌的混合感染,经药敏实验筛选敏感药物氧氟沙星、红霉素配合治疗,取得较好疗效.     

小麦条锈病反应型与产孢量关系的研究——幼苗试验

进行了小麦条锈病多品种·多小种的温室试验,所用品种中包括了两类抗性品种、在小麦三叶期,分小种接种、研究产孢量与反应型间的关系,对不同反应型间,同一反应型下不同品种间,以及同品种不同反应型间的产孢量差异进行了统计分析,同时对产孢量与病斑面积产孢面积的关系作了比较研究,拟合了各种反应型下单位面积日产孢量的变化曲线,提出了以反应型和产孢面积估计单斑产孢量的初步数学模型。     

Symptoms and transmission of potato deforming mosaic of Argentina

Summary Potato deforming mosaic (PDM), known since about 1950, is increasing in importance and nn the main potato growing area of Argentina it is numerically at least as important as potato leaf roll virus and virus Y. It has not been reported from other parts of the world. The symptoms consist of large irregular chlorotic spots accompanied by leaf deformations. In older plants, a general chlorosis and a reddish discolouration can occur. Synergistic symptoms are produced by mixed infection with virus X. Plants tend to be smaller and weaker when co-infected by virus Y. Primarily infected plants can produce healthy as well as diseased tubers and some tubers may be only partly infected. In the latter case the eyes next to the stolon end are more likely to be disease-free than the others. Occasionally, secondarily infected plants can produce some tuber eyes which escape infection and give rise to healthy plants. Attempts to transmit the disease mechanically or by three aphid species and the eriophyid miteAculus lycopersici have failed. Control measures should aim at producing seed potatoes with a low infection rate. There are cultivar differences in susceptibility.

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Zusammenfassung Das deformierende Mosaic (PDM) der Kartoffel, das etwa seit 1950 bekannt ist, nimmt im argentinischen Kartoffelbau stetig an Bedeutung zu; in den Hauptanbaugebieten ist es anteilm?ssig wenigstens so bedeutungs-voll wie das Blattroll- und das Y-Virus (Tabelle I). Die durch das PDM verursachten Verluste liegen zwischen 20 und 30 %; in anderen Teilen der Welt ist diese Krankheit bisher nicht beobachtet worden. PDM kann mit dem Pflanzgut (Knollen) und durch Pfropfen weiter verbreitet werden. Versuche, das Virus mechanisch durch Pressaft auf Kartoffeln oder andere Solanaceen zu übertragen, schlugen — auch unter Zuhilfenahme flüssigen Stickstoffs fehl. Desgleichen konnte die Krankheit nicht durch die Kartoffelblattl?useMyzus persicae, Macrosiphum euphorbiae undAulacorthum solani und durch die freilebende GallmilbeAculus lycopersici übertragen werden. Die Symptome an Kartoffelpflanzen bestehen aus grossen unregelm?ssigen chlorotischen Blattflecken und Blattdeformationen (Abb. 1). ?ltere Pflanzen k?nnen sp?ter stark chlorotisch und r?tlich verf?rbt sein. wobei die Intensit?t der Symptomauspr?gung je nach der Kartoffelsorte schwankt und im Gew?chshaus deutlicher als im Freiland ist. Mischinfektion mit dem X-Virus führt zu Stauchung der Pflanzen, kr?ftiger Missibildung und Rauheit des Blattes, zu einem ausgepr?gten Mosaik und zahlreichen nekrotischen Flecken auf der oft brüchig werdenden Blattfl?che (Abb. 2). Eine ?hnliche synergistische Reaktion kann auch bei Mischinfektion mit dem Y-Virus beobachtet werden. In übertragungsversuchen zur Kl?rung der übertragungsm?glichkeit des PDM durch die Knollen ergab sich, dass prim?r infizierte Kartoffelpflanzen gesunde und PDM-kranke Knollen hervorbringen, dass auch nur teilinfizierte Knollen an ihnen entstehen k?nnen. Im letzteren Falle sind gew?hnlich die dem Stolon n?heren Augen virusfrei. Gelegentlich k?nnen sogar an sekund?r infizierten Pflanzen einige Augen der Infektion entgehen. Da Sortenunterschiede in der Anf?lligkeit gegen PDM-Infektionen bestehen, sollte die Bek?mpfung des Virus vorwiegend auf die Erzeugung von Pflanzkartoffeln mit geringen Infektionsanteilen ausgerichtet sein (Tab. 1).

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Résumé La mosa?que déformante de la pomme de terre (PDM) a été observée pour la première fois en Argentine vers les années 1950. Depuis cette période, son importance a augmenté dans la plupart des surfaces cultivées en pommes de terre de l'Argentine; elle est numériquement aussi importante que les virus Y et de l'enroulement (tableau 1). Les pertes totales provoquées par PDM sont élevées: les plantes malades ont un rendement inférieur de 20 à 30% à celui des plantes saines. La maladie n'est pas signalée dans les autres parties du monde. Le PDM est transmis par le tubercule de semence et par la greffe. En dépit de nombreuses tentatives, la transmission par la sève n'a p? être mise en évidence et le vecteur n'est pas connu. Des expériences de transmission mécanique de la maladie à la pomme de terre et à d'autres espèces de Solanacées n'ont pas abouti; il en est de même d'expérimentations de transmission avec de l'azote liquide. Des essais de transmission par les aphidesMyzus persicae, Macrosiphon euphorbiae etAulacorthum solani et par l'eriophyidAculus lycopersici n'ont pas donné de résultats. Les sympt?mes se manifestent par l'apparition de larges taches chlorotiques et irrégulières accompagnées de déformations du feuillage (fig. 1). Sur des plantes agées, une chlorose générale et une décoloration rougeatre peuvent s'observer. Les sympt?mes sont différents en intensité selon le cultivar, ils sont plus atténués au champ qu'en serre. Une infection conjointe avec du virus X provoque une maladie grave, c'est à dire un rabougrissement de la plante, une déformation intense de la feuille qui devient rugueuse, une mosa?que prononcée et de nombreuses taches nécrotiques sur le limbe qui peut alors se déchirer (fig. 2). Une synergie analogue peut s'observer avec le virus Y, les plantes devenant plus petites et affaiblies. Des essais de transmission par le tubercule montrent que des plants de pommes de terre primitivement infectés peuvent produire des plants sains aussi bien que des tubercules malades, et quelques tubercules peuvent être seulement partiellement infectés. Dans le dernier cas, les yeux situés près de l'extrémité de stolon semblent être davantage indemnes de maladies que les autres. Parfois, des plants infectés secondairement peuvent présenter des germes qui échappent à l'infection et donnent des plantes saines. Le but des mesures de contr?le devrait porter sur la production de semences de pommes de terre présentant un taux faible d'infection. Il existe des différences de sensibilité variétale (tableau 1).

     

Diversity and health status specific fluctuations of intrauterine microbial communities in postpartum dairy cows

For the interpretation of clinical findings of endometritis and the development of disease prevention and intervention strategies a better understanding of the dynamics and interactions within intrauterine bacterial communities in healthy and diseased cows is required. To gain deeper insights into fluctuations within the uterine microbiota, intrauterine samples were collected from 122 cows at the day of calving, days 3, 9, 15, 21 and 28 postpartum. A total of 2052 bacterial isolates were identified by Fourier-transform-infrared spectroscopy. This culturomics-based approach showed that the aerobic uterine microflora comprised a huge diversity of bacteria belonging to 202 different species, representing 76 genera, with members of the genus Staphylococcus (24.2%) being predominant. On species level the uterine microflora was dominated by Trueperella pyogenes (13.2%), Escherichia coli (11.2%), Staphylococcus xylosus (5.4%), Bacillus pumilus (5.2%) and Streptococcus uberis (4.9%). Comparative analysis of uterine bacteria from cows with different vaginal discharge scores (VDS) revealed health status specific temporal microbial diversifications. Although the intrauterine flora of all VDS groups was dominated by T. pyogenes, E. coli and Staphylococcus spp., the relative number of bacteria differed between VDS groups. The presence of T. pyogenes on days 15 and 21 significantly increased the risk of VDS 2 and 3 at day 21, whereas Staphylococci at day 9 reduced the likelihood of VDS 3 (P < 0.05). This study demonstrates that intrauterine bacterial infections are highly dynamic processes and that bacterial species follow specific patterns of progression, which require further research to decipher their potential role in uterine disease development.     

Staphylococcus aureus intra-mammary infection affects the expression pattern of IL-R8 in goat

IL-1R8 is a member of Interleukin-1 receptor family acting as a negative regulator of inflammation reliant on ILRs and TLRs activation. IL-1R8 role has never been evaluated in acute bacterial mastitis. We first investigated IL-1R8 sequence conservation among different species and its pattern of expression in a wide panel of organs from healthy goats. Then, modulation of IL-1R8 during natural and experimental mammary infection was evaluated and compared in blood, milk and mammary tissues from healthy and Staphylococcus aureus infected goats. IL-1R8 has a highly conserved sequence among vertebrates. Goat IL-1R8 was ubiquitously expressed in epithelial and lymphoid tissues with highest levels in pancreas. IL-1R8 was down-regulated in epithelial mammary cells following S. aureus infection. Interestingly it was up-regulated in leukocytes infiltrating the infected mammary tissues suggesting that it could represent a target of S. aureus immune evasion.