河南两地市小麦白粉病菌的分子鉴定和进化分析

通过对河南省周口市和商丘市小麦白粉病菌进行分子鉴定及分析,以期为小麦白粉病菌的防治和系统进化奠定基础。对小麦白粉病菌进行了扫描电镜的显微形态观察、核糖体DNA转录间隔区(ITS)序列测定及进化树分析。结果显示:周口和商丘的小麦白粉病菌均属于禾本科布氏白粉菌;系统进化发现,商丘的小麦白粉病菌与地域相距较远的英国、法国、美国的小麦白粉病菌的同源性极高,而与地域很近的周口小麦白粉病菌同源性却不高,推测小麦白粉病菌的进化可能与其自身的小种进化有关。     

核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证

microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白。利用miRbase数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20～23bp,其中6条为21bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高。采用poly(A)RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃叶片中表达。     

基于ITS 序列石斛材料的鉴定及系统进化分析

 以核糖体DNA 内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,rDNA ITS 区）作为DNA 条形码对石斛种进行鉴定,并进行系统进化分析。收集获得43 个石斛样品,其中35 个为已知鲜样品,8 个为待确定种的干样品。从35 个鲜品中获得在GenBank 中未公布的海南石斛、华石斛以及秋石斛中的两个品种‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’ITS 序列。ITS 序列差异与形态特征的关系分析,结果显示,ITS 同源性的高低,与形态的相似性成正相关。以舌唇兰属为外类群,并从GenBank 中获得其他20 个石斛种的ITS 序列,对35 个已知样品和8 个待检测样品进行分析。结果显示,35 个已知样品分为5 支,其中大部分石斛种（24 个）聚在一支。竹叶石斛和苏瓣石斛聚在一支;华石斛、聚石斛和小黄花石斛聚在一支;短棒石斛单独为一支;竹枝石斛与‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’聚在一支;海南石斛和木石斛聚在一支。根据ITS 序列,大多数样品分组与传统分组相同,但按传统分组不在石斛组的重唇石斛、钩状石斛、鼓槌石斛和叉唇石斛分在了石斛组,并确定了檀香石斛分在石斛组。确定了8 个石斛干样品所属的种。     

黑龙江与广州颚口线虫幼虫分离株的形态学观察及其分子鉴定

本研究从来自黑龙江及广州地区的泥鳅中分离到10条颚口线虫幼虫,采用光学显微镜观察幼虫的形态特征,并对虫体的ITS2与CO1基因进行扩增测序、系统发育分析以鉴定虫种。结果显示10条颚口线虫幼虫头球均有3环小钩,其形态学特征与日本颚口线虫(Gnathostoma nipponicum)第3期幼虫相符。序列分析结果显示与GenBank中登录的日本颚口线虫ITS2和CO1基因的同源性分别为100%和99%。邻位连接法构建的50%一致树也均与日本颚口线虫处于同一分支。表明从黑龙江及广州地区泥鳅中分离的颚口线虫幼虫为日本颚口线虫幼虫,首次证明了中国存在日本颚口线虫。     

藤椒锈病病原菌研究

藤椒（Zanthoxflum schinifolium）是我国花椒栽培中的一个优良品种,但锈病造成其严重危害。为了明确该病的病原,运用形态学和分子生物学对不同藤椒产区的病原茵进行鉴定,首次将该病原菌鉴定为花椒鞘锈菌（Coleosporium zanthoxyli Diet．etSyd．）,其GenBank序列ID为JQ219672。     

一个云芝菌株的分离及栽培条件优化

对采自湖南省长沙橘子洲头柳树腐木上的野生云芝(Trametes versicolor)进行组织分离和鉴定,并优化分离菌株的栽培条件.利用60％杜仲木屑、20％棉籽壳、17％麦麸、1％蔗糖、1％碳酸钙、1％石膏栽培云芝分离菌株,在螺旋状开袋方式下,生物学效率达84.62％,获得的云芝中多糖含量5.9％,水溶性浸出物含量2...     

Outbreak of Philophthalmus gralli in four greater rheas (Rhea americana)

Using slit‐lamp biomicroscopy, conjunctival biopsy, and morphological identification, a flock of four Greater rheas (Rhea americana) in Arizona were diagnosed with conjunctivitis secondary to Philophthalmus gralli (P. gralli) infection. Aquatic snails from the exhibit’s water source were identified as Melanoides tuberculatus, a known vector for P. gralli. Comparison of partial sequences of DNA regions from P. gralli adults removed from the rheas and metacercariae from the aquatic snails demonstrated a 100% match, confirming the source of infection. The flock was divided into two treatment groups: the most severely affected rheas received both manual removal of trematodes and praziquantel 1% ointment OU q12 h and the least severely affected rheas were only given praziquantel 1% ointment OU q12 h. The rheas were permanently relocated away from the infected water source and aquatic snails. Initial resolution was seen at 17 weeks in the most severely affected rhea, which had 675 adult P. gralli removed and topical praziquantel. The two rheas that only received topical praziquantel showed resolution within 3 and 15 weeks. Current recommendations for treating P. gralli include: manual removal of trematodes, topical praziquantel 1% ointment, and relocation away from infected water sources and aquatic snails.     

铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

[目的]从分子水平上实现对铁皮石斛及其混淆品快速准确的鉴别。[方法]通过对铁皮石斛及其混淆品的rDNA ITS区序列进行分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统树。[结果]8个来自不同产区的铁皮石斛rDNA ITS区序列全长636 bp;铁皮石斛及其6个常见混淆品药材ITS序列长度范围为636～641 bp,其中ITS区(不包括5.8S)片段长度为483 bp,含信息位点60个(12.4%),变异位点185个(38.3%);各样品间遗传距离范围为1.108%～2.594%,NJ系统树也表明铁皮石斛与其混淆品的亲缘关系较远。[结论]ITS序列可对铁皮石斛及其混淆品进行快速简便的鉴别。     

基于ORF Finder方法的植物ITS片段结构特点分析

非编码区ITS（The Internal Transcribed Spacer）片段是目前分子系统学研究中应用最广的分子标记之一。运用生物信息学ORF finder技术,以单子叶网状叶脉植物的ITS片断为例进行分析,探讨了ITS内编码区5．8S和非编码区ITSI和ITS2的基本位置。并通过分析单子叶网状叶脉植物和菝葜科部分种类的ITS序列特点,研究了该片段在科、属、种间存在的关系和变异特点。     

‘豫杂一号’泡桐叶绿体基因组序列及特征分析

泡桐是中国重要的速生树种,对我国经济发展有着重要作用。以‘豫杂一号’泡桐为材料,IlluminaHiseq2000测序,对其全基因组序列基本结构特征、密码子偏好性和重复序列进行统计分析。结果表明,‘豫杂一号’泡桐为典型的四分体结构,全长序列为154615bp,编码114个基因,含4个rRNA,30个tRNA和80个蛋白质编码基因。该叶绿体全基因组测序的成功促进了叶绿体分子生物学的研究,也为泡桐以及其他物种的遗传育种和创制种质资源奠定了一定的理论基础。