利用QuantStudioTM 3D数字PCR分析转基因玉米MON863含量

QuantStudioTM 3D数字PCR (QuantStudioTM 3D digital PCR,3D-dPCR)是一种基于超高密度亲疏水微孔芯片实现数字PCR分液原理的新型核酸绝对定量平台,在转基因生物定量领域具有极大的应用前景.本研究基于3D-dPCR平台,以转基因玉米(Zea mays)MON863混合样品为例,建立基于单重和双重数字PCR体系的转基因生物(genetically modified organisms,GMOs)含量分析方法.与传统qRT-PCR比较发现,在缺乏样品纯度、纯合度信息的情况下,数字PCR能够较好地排除这些因素的影响,测定准确的量值.研究结果表明,QuantStudioTM 3D数字PCR是一种适用于转基因生物含量分析的精确定量方法,还可反映转基因玉米种子的基因型.本研究基于3D-dPCR建立的转基因玉米MON863单重和双重定量方法为转基因检测提供了新的方法和参考.     

豫西地区H9亚型禽流感病毒分离鉴定及HA基因的序列分析

为了了解禽流感的生物学特性和遗传进化规律,有效防治禽流感疫情,本试验从河南省洛阳地区发现疑似H9亚型禽流感的病死鸡中分离得到两株病毒(LYPLK1和LYPLK2),经鉴定为H9亚型禽流感病毒,通过RT-PCR方法扩增其HA基因进行序列分析。结果分离株属于H9亚型禽流感欧亚系Y280/97分支,并发生了一定的变异。     

MicroRNA-193a-3p在前列腺癌患者癌组织和血液中的表达

目的 观察微小RNA(microRNA)-193a-3p在前列腺癌患者癌组织及血清中表达.方法 采用实时荧光定量PCR检测32例前列腺癌患者血清、癌组织、癌旁组织及20例健康人血清中microRNA-193a-3p表达.结果 前列腺癌患者血清中microRNA-193a-3p表达明显低于正常对照[(0.58±0.11) vs (1.06±0.14),P＜0.05],且癌组织中microRNA-193a-3p表达明显低于癌旁组织[(0.35±0.07) vs (1.03±0.13),P＜0.01].结论 microRNA-193a-3p可能是前列腺癌的潜在抑制因子.     

新疆南疆某规模牛场牛传染性鼻气管炎PCR鉴定与分析

本试验对15份疑似感染牛传染性鼻气管炎(IBR)患牛鼻腔分泌物样品提取病毒DNA,以gB基因特异性引物进行PCR扩增,测序、核苷酸同源性分析。结果显示,在15个样品中检测出3个牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)核酸阳性样本,检出率为20%,其中1个样本提交GenBank(KY348790),命名为IBRV-4T3-1,3个IBRV核酸阳性样本之间核苷酸同源性达到99%以上,而与IBRV参考株gB基因核苷酸同源性为88.8%以上,构建的gB基因遗传进化树表明,IBRV-4T3-1与参考株亲缘关系较近,处于遗传进化树中同一分支上,属于α疱疹病毒亚科水痘病毒属(Varicellovirus)牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)。结合发病情况、临床症状,确认疑似患牛感染IBRV。     

蛙皮素样肽家族及其受体氨基酸序列信息学比较分析

【目的】研究反刍动物蛙皮素样肽家族多肽及其受体的保守性。为不同动物,特别是反刍动物这2种蛙皮素样多肽及其受体蛋白抗原设计和活性多肽筛选等研究提供参考。【方法】采用生物信息分析学的方法,通过UniProt数据库比较牛的蛙皮素样肽家族胃泌素释放肽(Gastrin-releasing peptide, GRP)和神经介素B(Neuromedin B, NMB)2种多肽及其特异性受体GRP-R和NMB-R与其他动物氨基酸序列的差异性。【结果】13种动物成熟GRP多肽C-端的8个氨基酸序列完全相同,牛GRP氨基酸序列与绵羊、猪和豚鼠最高,分别为88.7%、77.8%和77.8%,与其他动物相似性低于74.1%。10种动物成熟NMB多肽C-端10个氨基酸序列完全相同。牛GRP-R与狗、马和猪等相似性最高,分别为96.1%、94.3%和94.0%,牛NMB-R与猪、人和马相似性最高,分别为92.3%、91.5%和91.0%;牛GRP-R与NMB-R相似性仅为62.2%。【结论】GRP和NMB的C-端氨基酸序列在不同动物之间均具有高度的保守性,而N-端为变化区域,且GRP-R和NMB-R氨基酸序列在动物之间保守性较高。     

高含固率木质纤维素厌氧发酵物总DNA的4种提取方法比较

不同的样本特性和提取方法对获得微生物总DNA的质量有重要影响。文章基于高含固率木质纤维素厌氧发酵物腐殖酸、酚类物质含量高、质地均一性差、微生物浓度低的特点,研究了4种方法提取不同高含固率粪秸厌氧发酵物中微生物总DNA的效果。结果表明,常规的十二烷基磺酸钠法(sodium dodecyl sulfate,SDS)、十二烷基磺酸钠和溴化十六烷基三甲铵结合法(sodium dodecyl sulfate and cetyltrimethyl ammonium bromide,SDS-CTAB)和商业的粪便试剂盒法提取的DNA质量均较差,SDS法和试剂盒法未能获得聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增目的条带,SDS-CTAB法得到的条带较模糊;改进SDS-CTAB法获得的DNA杂质少、纯度高,具有较好的稳定性,A260/A280和A260/A230值分别为1.74~1.86和1.65~1.86,每克样品的DNA浓度在50 ng·μL^-1以上,电泳条带单一齐整、清晰明亮,PCR扩增的目的条带清晰度高,适宜后续分子生物学技术的分析。林格氏液洗脱、聚乙烯吡咯烷酮-40(Polyvinyl Pyrrolidone-40,PVP-40)洗涤液除杂以及裂解液和多种酶联合破壁是改进SDS-CTAB法获得该类专一性样本高质量微生物总DNA的关键步骤。     

miR-378在牛不同组织中的表达规律及功能分析

为探索miR-378在牛不同组织中表达量差异及其靶基因的调控功能,通过实时荧光定量PCR验证其在牛不同组织中的表达规律,同时将实时PCR中获得的数据用Realplex软件进行基因相对表达差异分析。在牛不同组织中,miR-378表达量在大脑和小肠中的表达量约为肝脏的3倍和4.5倍,而在脾脏中的表达量约为肝脏的8倍。从miR-378的表达规律可以推测其对牛大脑、小肠、脾脏功能及代谢有一定调节作用。应用生物信息学分析miR-378候选靶基因及其功能,并应用双荧光素酶报告验证SLC26A9为miR-378靶基因,证明miR-378可能通过靶向调控其靶基因而发挥作用。     

屠宰猪猪肺炎支原体P36、P46、P97 R1、P146氨基酸序列的差异分析

为了解猪肺炎支原体流行菌株遗传变异情况,选取2014-2017年不同时间、地点收集的17头猪肺炎支原体阳性屠宰猪肺脏灌洗液DNA为模板,进行猪肺炎支原体P36(编码具有强免疫原性的胞浆蛋白)、P46(编码具有强免疫原性的表面蛋白)、P97 R1区、P146高变区(猪肺炎支原体黏附气管纤毛细胞的重要功能区域)基因的PCR扩增、测序。结合GenBank登录的猪肺炎支原体相关序列进行氨基酸序列的比对分析。结果表明,比对的序列之间,P36、P46蛋白氨基酸序列同源性均在98.9%以上,但P97功能区R1区、P146多变区在菌株间存在较大差异。11个屠宰猪样本和5个GenBank登录菌株P97 R1区重复氨基酸序列数量达到14个以上,而GenBank登录的3个疫苗相关菌株(168株、168-L株、J株)及另外4个菌株、4个屠宰猪样本重复序列为9～11个不等;P146高变区氨基酸序列的差异主要集中在2个重复氨基酸序列区(R1、R2),GenBank登录的168株、168-L株、J株以及另外2个菌株,1个屠宰猪样本在R1区出现较多氨基酸缺失。168株、168-L株,6个屠宰猪样本及另外3个GenBank登录菌株在R2区出现了3～9个不等的氨基酸缺失。利用DNAStar进行抗原表位预测发现,菌株间P97 R1、P146 R1、P146 R2区氨基酸序列的差异,导致了抗原表位出现明显的变化。提示开展P97、P146等黏附因子的筛选和研究或许能进一步提升疫苗阻止猪肺炎支原体黏附气管纤毛细胞的作用,从而进一步改善疫苗的免疫效果。