草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析

草莓白化相关病毒(strawberrypallidosis-associatedvirus,SPa V)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道。采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPa V中国分离物(FJ)的基因组全长。该病毒含有两条正单链基因组RNA1和RNA2。RNA1全长8 048 nt,5′和3′非编码区序列分别为264和197 nt,含有3个开放阅读框(ORF),分别编码ORF 1a/1b融合蛋白和p9蛋白。RNA2全长7 977 nt,5′和3′非编码区序列分别为248和186 nt,含有8个开放阅读框(ORF),分别编码HSP70h、CPh、CP、CPm、p7、p6、p9和p28等8个蛋白。RNA1和RNA2与美国M1分离物分别具有98.5%和99.0%的核苷酸一致性;系统发育分析结果表明,SPa V中国分离物(FJ)单独处在一个分支。对SPa V来源的小RNA的分析表明,来源于SPa V的小RAN长度以21和22 nt为主。     

急性热应激对小鼠肺组织中热应激蛋白和细胞因子基因表达的影响

为研究小鼠在急性热应激条件下肺组织中几种热应激蛋白(heat shock proteins,HSPs)及一些细胞因子基因表达水平的变化情况,通过实时荧光定量PCR的方法检测小鼠急性热应激前后肺组织中HSP27、HSP60、HSP70、HSP90、HSP110及白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、β干扰素(IFN-β)及γ干扰素(IFN-γ)的mRNA水平变化情况。结果显示,所有检测的热应激蛋白和细胞因子在热应激后0 h至2h过程中均极显著升高(P0.01),到4 h时恢复到正常水平。此试验结果为揭示急性热应激提高机体的抗病能力提供有价值的资料。     

茶树小分子量热激蛋白基因CsHSP17.2的克隆与表达分析

[目的]进一步了解茶树小分子量热激蛋白基因CsHSP17.2在逆境胁迫条件下的分子生物学功能.[方法]利用RT-PCR技术从茶树‘迎霜’中克隆得到CsHSP1 7.2基因,运用生物信息学软件分析其核苷酸和编码蛋白,通过Real-timePCR分析其表达模式.[结果]该基因开放阅读框长度为453 bp,编码150个氨基酸,蛋白质相对分子质量为17.2×10a,理论等电点5.56;无信号肽位点,属于非分泌型蛋白;被定位于细胞质中.系统发育树分析表明,茶树CsHSP1 7.2与水稻(GenBank登录号:P27777)和花生(ABC41131)的进化关系较近,属于小分子量热激蛋白基因家族第Ⅰ亚族.qRT-PCR分析发现,茶树CsHSP17.2属于组成型基因;高温(38℃)处理1h能显著提高CsHSP17.2 mRNA的相对表达量(P＜0.05);干旱(100 g·L-1 PEG 6000)、高盐(200 mmol· L-1 NaCl)和外源脱落酸(200 mg· L-1 ABA)处理条件下,该基因的转录水平均出现不同程度的上调.[结论]克隆得到茶树‘迎霜’小分子量热激蛋白基因CsHSP17.2,其在花中表达量最高,且响应高温、干旱、高盐和外源脱落酸胁迫.     

一例疑似猪伪狂犬病的诊断与分析

猪伪狂犬病(PR)是由猪伪狂犬病毒(PRV)感染引起的一种重要的传染病,可导致怀孕母猪流产、死胎,仔猪腹泻、呕吐和神经症状等,给我国养猪业造成巨大的经济损失。2019年4月初,怀化市某散养场从外地购入的仔猪爆发疑似PR的疫情,通过临床症状和病理变化观察,结合实验室诊断,发病仔猪确诊为PRV感染。PCR及测序结果表明,引起该次疫情的PRV毒株,其gE基因序列与Genbank收录的PRV中国流行的河南株同源性最高,为99.7%,提示该毒株为变异株。通过对发病猪群紧急免疫PRV基因缺失弱毒疫苗有效地控制了该病的发生,研究对PR的诊断与防控提供借鉴。     

Sequence Analysis and Prokaryotic Expression of NSP1 Gene of Bovine Rotavirus UK Strain

Rotavirus is a major cause of acute diarrhea in both many kinds of young animals and children under 5 years old.Rotavirus NSP1, a 55 ku RNA binding protein, is the product of gene 5, which can subvert innate immune responses and be one of virulent determinant factors.According to the sequence in GenBank, specific primers targeting to NSP1 gene were designed and the gene was amplified by RT-PCR, following by being cloned into the pET-28a(+) vector.It showed that the full length of NSP1 gene was 1 473 bp, encoding 491 amino acids.The NSP1 shared the highest identity with WC3 strain.The recombinant protein was induced in E.coli Rosetta(DE3) by IPTG and was analyzed by SDS-PAGE and Western blotting.The results revealed that NSP1 recombinant protein existed in the form of inclusion body with the molecular weight of 55 ku.The purified recombinant protein could be recognized by His-tag antibody.This study laid the foundation for further research on the relationship between the intracytoplasmic location of NSP1 protein and its activity.     

布顿大麦TB1基因的克隆及内生真菌对其表达量的影响

分蘖生长在茎基部不伸长的节间，有不定根，能独立于主茎存活，禾本科作物布顿大麦主要通过分蘖来提高产量；内生真菌和基因均能调控布顿大麦分蘖，为了探究内生真菌对宿主植物分蘖相关基因TB1的影响，本研究利用RT-PCR法对布顿大麦TB1基因进行克隆并测序，采用生物信息学方法对该基因的序列结果进行分析，用SYBR Green荧光染料法对新疆温宿县和青海柴达木盆地带内生真菌（E+）和不带内生真菌（E-）的布顿大麦TB1基因进行q-PCR相对表达量分析。结果显示，克隆的TB1基因蛋白质编码区（CDS）全长为804 bp，编码267个氨基酸残基；TB1基因无启动子和PolyA位点；经亚细胞定位，TB1蛋白预计在液泡，TB1蛋白无跨膜结构域、无信号肽、不属于跨膜蛋白、存在于TCP家族；推测TB1蛋白为不稳定蛋白质。布顿大麦TB1基因与大麦亚种的TB1同源性最高，为96.72%，且与大麦亚种的TB1处于同一支系。温宿县和柴达木盆地布顿大麦根、茎、叶中TB1基因表达量趋势一致，内生真菌显著降低了植株分蘖发生部位茎基部的TB1基因表达量，表明内生真菌侵染影响了宿主TB1基因表达进而调控宿主植物分蘖。研究结果为...     

苦豆子内生拮抗放线菌的筛选及活性菌株鉴定

以6种植物病原真菌为靶标菌,采用皿内对峙培养法,对126株苦豆子内生放线菌进行了抗菌活性筛选。结果表明:15株菌具有较高的抑菌活性,占总菌株数11.9%,其中菌株YWZKDS4和NDZKDS65对稻瘟病病菌和黄瓜枯萎病菌的抑菌带宽度最大,分别为15.12mm和18.54mm;菌株NDZKDS22具有广谱抗菌活性,它们的抑菌带宽度均大于10mm以上;根据形态特征和16SrRNA基因序列同源性分析,3株活性菌株YWZKDS4、NDZKDS22、NDZKDS65分别与Streptomyces scabiei、Streptomyces albospinus和Streptomyces capillispiralis亲缘关系最近,序列相似性分别为99.1%、96.4%、98.8%。试验结果表明,苦豆子内生放线菌对6种植物病原真菌具有较好的抑菌活性。     

牡丹江野生鹿血中伯氏疏螺旋体分子检测

为了解牡丹江地区野生鹿自然感染伯氏疏螺旋体的情况,2019年6月间在牡丹江海林市采集20份野生鹿血标本,应用普通PCR对鹿血标本进行5S-23S基因片段的扩增和测序,并将所得序列与GenBank中的项序列进行分析.结果检出7份阳性样本,阳性率为35％,序列分析发现伯氏疏螺旋体在有2个基因型,分别是Borreliella afzelii和Borreliella garinii.研究结果表明,该地区野生鹿存在伯氏疏螺旋体自然感染.     

爱荷华州立大学研究人员对镰刀菌基因组序列测序

<正>据天津市农业科学院信息研究所消息,日前,爱荷华州立大学的科学家开展了镰刀菌基因组测序工作,研究表明,这种真菌是大豆猝死综合症(SDS)的罪魁祸首。利用草图基因组序列,科学家们已经确定导致大豆SDS的基因。     

多径衰落信道下OFDM系统的符号同步方法研究

由于在正交频分复用（OFDM）的系统中存在符号时间同步误差，为了消除这种误差，提出了工作在多径衰落信道的符号时间频移（STO）估计方法，即基于CP的符号时间偏移估计和基于训练符号的符号时间偏移估计，通过仿真对基于循环序列（CP）估计技术的最大似然法（ML）和基于训练符号的最小均方差异法（Classen）两类性能比较分析，在无载波频移条件下，ML算法精确度更高，当存在载波频移时，Classen算法精确度更高。