千金子叶绿体基因组的结构及特征分析

千金子是稻田一年生禾本科恶性杂草,已成为威胁水稻生产的优势种群。采用Illumina HiSeq测序及生物信息分析方法对千金子叶绿体全基因组序列进行测定、组装、注释和解析。结果表明,千金子叶绿体基因组全长为135 656 bp, GC含量为38.26%,呈现典型的禾本科植物叶绿体基因组的4段闭合环状结构;其中,大单拷贝区80 843 bp,小单拷贝区12 768 bp,反向重复区42 045 bp;通过功能富集,共获得注释基因131个,包括84个蛋白编码基因、39个tRNA基因和8个rRNA基因;另外,还检测到49条简单重复序列(SSR)和46条长度大于20 bp的重复序列。利用IQTREE软件,基于叶绿体基因组以粳稻为外群构建了25种禾本科杂草的系统进化树,显示出千金子与真穗草属、虎尾草属和狗牙根属杂草具有相对较近的亲缘关系,而3种稗属杂草则与水稻的亲缘关系更近。本研究结果可为千金子的精准识别和分子进化解析提供理论借鉴。     

循环水养殖大口黑鲈摄食颗粒饲料的声学特征

为突破智能投饲系统的技术瓶颈,近年来采用被动声学技术开展鱼虾摄食行为研究成为热点之一。该研究主要采用被动声学技术获取单体大口黑鲈（Micropterus salmoides）摄食声信号,从混合信号中提取完善的摄食信号,筛选可作为衡量大口黑鲈摄食活跃度的声学特征参数,以期对摄食活跃度进行量化。根据大口黑鲈喂食期间的同步音频与视频记录,确定信号类别并进行标记,主要提取每次吞食饲料的时域与频域特征,对比各参数与吞食次序之间的相关度。研究结果表明,摄食声信号能量主要集中于4～7 kHz,且大口黑鲈吞食间隔与吞食次序呈正相关,稳定性较强;而时域特征中的波形振幅极差与频域特征的功率积分值均与吞食次序呈负相关。吞食间隔、振幅极差及功率积分值均可以作为衡量摄食活跃度的量化指标,而共振峰与平均梅尔倒谱系数可作为摄食声识别参数,研究结果可为今后养殖鱼类被动声学智能投饲系统研发提供理论基础。     

西藏部分地区血蜱、革蜱形态和分子生物学鉴定

为了解西藏部分地区牛体表寄生的硬蜱种类,试验分别从西藏林芝、拉萨地区采集硬蜱样本,首先用形态学方法对采集的硬蜱进行初步鉴定,然后根据硬蜱线粒体12S rDNA、16S rDNA、COXⅠ基因进行序列扩增并测序,再应用MEGA 7.0软件采用邻近法(Neighbor-joining method)构建系统进化树,进行分子进化分析,并与形态学结果相互验证。结果表明：通过形态学初步鉴定西藏林芝地区所采集的样本为血蜱属成蜱,西藏拉萨地区所采集的样本为革蜱属成蜱。西藏林芝地区所采集的血蜱COXⅠ、12S rDNA、16S rDNA基因序列与GenBank中已知血蜱Haemaphysalis formosensis、Haemaphysalis longicornis、Haemaphysalis danieli核苷酸序列相似性分别仅为87.36%、91.28%、90.31%,而西藏拉萨地区所采集的革蜱COXⅠ、16S rDNA和12S rDNA基因序列与GenBank中已知革蜱Dermacentor everestianus核苷酸序列相似性分别为98.88%、98.76%和97.70%。根据不同基因...     

百日草炭疽病病原菌的分离鉴定及防治药剂筛选

为明确百日草炭疽病的病原菌,依据柯赫氏法则,对采集的病叶进行病原物分离并进行分离菌株致病性试验.确定菌株的致病性后,结合菌落形态,初步判断其为炭疽菌.运用分子生物学方法,扩增获得肌动蛋白基因(actin gene,ACT)、几丁质合酶基因(chitin synthase A gene,CHS)、磷酸甘油醛脱氢酶基因(g...     

绿原酸通过Nrf2/NLRP3通路减轻LPS致大鼠急性肾损伤的作用机制

为了探究绿原酸(chlorogenic acid, CGA)对脓毒症致急性肾损伤(acute kidney injury, AKI)大鼠的保护作用及相关机制,试验选取32只健康雄性SD大鼠,随机分为4组,分别为对照组(CON组)、模型组(LPS组)、CGA干预组(CGA+LPS组)和CGA组。LPS组大鼠按体重腹腔注射10 mg/kg LPS,建立大鼠脓毒症模型;CGA+LPS组大鼠按体重腹腔注射20 mg/kg CGA,1 h后腹腔注射LPS;CGA组按体重腹腔注射20 mg/kg CGA。4 h后大鼠用异氟醚麻醉,打开腹腔,分别通过膀胱采集尿液、心脏采集血液用于肾脏功能和血清炎症因子检测;H.E.染色观察肾脏组织病理学变化;Western-blot法检测肾脏组织胞核(N)-核转录因子E2相关因子2(Nrf2)、总(T)-Nrf2、血红素加氧酶1(HO-1)、醌氧化还原酶1(NQO1)蛋白及NOD样受体家族pyrin域3(NLRP3)炎症小体相关蛋白(NLRP3、Caspase1 p20、IL-1β和IL-18)的相对表达量。结果表明：与CON组相比,LPS组血清尿素氮(BUN)和肌...     

猪源PIV5毒株的全基因组序列测定及其生长特性研究

副流感病毒5型(PIV5)是一种副黏病毒,能感染包括人、猪、牛、马、小熊猫、东北虎等在内的多种哺乳动物而没有明显的致病性.近年来,在我国多个地区和省份从多种动物体内分离到该病毒.参照PIV5 ZJQ-221株全基因组序列设计覆盖HLJ2015/DP2-1/PIV5株(GenBank登录号为MT890697)、JX/12...     

基于16S rRNA序列探讨我国海鳝科鱼类分子系统进化关系

为从分子水平分析海鳝科鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,实验通过PCR扩增获得我国海鳝科9个属26种鱼类16S r RNA序列片段,结合GenBank下载的其他海鳝科鱼类的序列进行分析。结果显示,进化树上,海鳝科主要形成裸海鳝亚科与海鳝亚科两个分支,裸海鳝亚科包括尾鳝属与鞭尾鳝属,海鳝亚科包括裸胸鳝属、裸海鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属等8个属,与形态分类结果一致。裸海鳝亚科分支中,尾鳝属与鞭尾鳝属形成平行的姐妹分支;海鳝亚科分支中,斑马裸海鳝单独形成一支,位于该分支基部,其他种类聚为另一支。分支I中裸胸鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属、海鳝属等属均无法形成单系,揭示这些种属可能是多系起源,与近期的分子水平研究观点相似。研究结果支持将斑马裸海鳝归为裸海鳝属,为单型属物种;虎斑鞭尾鳝归为鞭尾鳝属,与尾鳝属平行进化;拟蛇鳝从长海鳝属分离出来,归为拟蛇鳝属等分类观点。豹纹勾吻鳝与海鳝属关系十分接近,但其形态上还具有多个勾吻鳝属的基本特征,至于是否归为海鳝属,还需后续更多的分子与形态学研究加以验证。     

江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究

对江豚（Neophocaena phocaenoides）mtDNA的Cyt b（377bp）和D—loop（343bp）片段进行了测序和分析,并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明,Cytb基因片段的碱基组成平均为T：29．0％,C：28．8％,A：27．2％,G：15．0％;D—loop片段的碱基组成平均为T：35．9％,C：21．8％,A：32．4％,G：9．9％。Cytb基因片段共出现109个变异位点,简约信息位点107个,序列变异度为28．9％,碱基替代主要发生在密码子第3位点上,转换／颠换为13．3;D—loop片段共有109个变异位点,简约信息位点100个,序列变异度为31．8％,转换／颠换为2．4。构建的系统发育树显示,江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群,与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致,棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P．sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。     

基于线粒体基因组COI和12S rRNA序列的魁蚶中国群体分类学地位研究

东北亚地区不同地理种群魁蚶(Scapharca brouhtonii)的分类学地位仍存在较大争议。为探讨魁蚶中国群体的分类地位,测定了魁蚶中国群体线粒体基因组COI和12S rRNA序列,并从GenBank中下载了蚶科26种贝类的同源序列进行分析。以贻贝科的贻贝(Mytilus edulis)为外群,用邻近法和最大简约法构建了蚶科贝类的分子系统进化树,分析其分子系统进化关系和分类等级。结果显示,魁蚶中国群体的COI和12S rRNA基因的碱基组成、密码子使用率及变异位点等与魁蚶日本群体和粗饰蚶属的Anadara sativa相似,且遗传距离很小,进化树中聚为一支,亲缘关系很近,初步确定魁蚶中国群体的分类地位和魁蚶日本群体一致。本研究结果初步阐明了魁蚶中国群体的分子系统进化地位,有利于掌握魁蚶的遗传背景和资源状况,以应用于自然资源的保护和推动养殖业的发展。     

大鳞副泥鳅mtDNA Cytb基因序列分析及分子系统发育研究

对15尾大鳞副泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,获得长度为1140 bp的细胞色素b基因同源片断。所有序列中共检测到15种单倍型,序列中共出现81个变异位点,总变异率为7.1%。各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失,转换/颠换比为6.36。变异位点在3位密码子中的分布呈现偏倚,密码子第3位的变异占总变异的85.18%,而第1和第2位均只占7.41%。A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.4%、30.8%、26.5%、15.3%,A+T>C+G。在所得序列中,密码子第1位上4种碱基使用较为均衡;第2位上碱基T的使用率高达41%,碱基G的使用率低至13.2%;第3位上碱基A的使用率为37.9%,而碱基G的使用率仅为7.0%。以红尾副鳅为外群用邻接法构建分子系统进化树。结果显示,在系统地位上大鳞副泥鳅与黑龙江泥鳅有较近的亲缘关系。