人Neurturin基因的克隆及序列分析

文章以人胎脑cDNA为模板,采用巢式PCR方法扩增人Neurturin成熟蛋白基因,并将其插入到质粒pGEM-T,构建克隆载体pGEM-T-hNTN。对阳性重组子进行鉴定和序列测定,并与已克隆的人Artemin成熟蛋白基因进行同源性分析。结果表明,所克隆DNA片断与文献发表序列(GenBank NM004558)完全一致,人Neurturin成熟蛋白基因与Artemin同源性为58.5%。     

基于LSTM的活立木茎干水分缺失数据填补方法

【目的】研究植物茎体水分数据,针对相同数据段上的缺失数据,对比不同数据填补方法,验证LSTM模型填补茎干水分数据的有效性及准确性。【方法】选取2017年6月份栽种在北京市海淀区的紫薇树茎体水分完整数据,人工删去部分数据作为缺失数据,分别使用插值方法、RNN神经网络、LSTM神经网络对缺失部分进行填补,填补结果与原始数据比对并分析结果。基于神经网络预测值误差随预测时刻推后而增大的误差分布情况,本文提出了在神经网络预测值基础上加入对数据后期处理的方法:从缺失数据的正向和反向进行预测,将2个方向的预测值各自乘以一组按照预测时刻递减的权重值并相加,结合2个预测方向的优势,进一步提高预测准确度。【结果】3种方法中,RNN与LSTM神经网络方法较传统的插值方法优势明显:插值方法准确度在缺失值增多时迅速下降;神经网络方法下降速度较慢。当填补值与真实值误差在2%以内作为准确时,插值方法的填补准确率不足50%,RNN方法达到50%且不足60%,LSTM方法达到80%以上;当填补值与真实值误差在4%以内作为准确时,插值方法填补准确率为60%,RNN方法准确度最高达到90%,LSTM方法准确率在95%以上。在此基础上加入权重处理,对LSTM预测结果处理后误差在2%以内准确率达到97%,误差在3%以内准确率达到100%。选取一组测试数据代入模型,预测结果比训练数据预测结果精度有所下降,但双向预测方式优势更加明显。【结论】采用基于LSTM模型的双向综合预测法,可显著减小长期预测中的累计误差对预测结果的影响,提升了预测数据的准确度。与其他两类数据填补方法相比,基于LSTM神经网络的数据填补方法在长期缺失的时间序列数据填补上有较大优势。     

用自回归预测的新方法预测粮食产量

根据定理"利用反双曲正弦函数变换提高了数据列的光滑程度",获得非增时间序列自回归预测的新方法,实例分析表明:新方法更具有优越性。     

抗O型口蹄疫病毒单克隆抗体轻链可变区的克隆及序列分析

应用分子生物学技术,从分泌抗O型口蹄疫病毒单克隆抗体的杂交瘤细胞9F12中提取总RNA,经反转录,PCR扩增及克隆,得到VL基因。序列测定结果表明,9F12的VL基因为336 bp,可编码112个氨基酸。用NCBI GenBank分析表明,VL基因符合小鼠抗体可变区特征,为功能性重排的抗体可变区基因。根据Kabat分类体系,9F12的VL基因片段隶属于抗体κ轻链20家族。9F12的VL基因的克隆为抗O型口蹄疫病毒单链抗体的构建与表达奠定了基础。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒的分子检测及云南分离物的序列分析

选取黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)全基因组中MP-CP-3′UTR的保守序列(位于全基因组中第5692~6335位点之间),设计1对特异性PCR检测引物,对云南省疑似带有CGMMV的病叶进行血清学检测和RT-PCR检测,并将目的片段的基因序列与GenBank中登录的CGMMV其他分离物相对应的序列进行比对和分析。结果表明:已报道的CGMMV主要分为4大类群,云南分离物属于第1类群;云南分离物与辽宁分离物亲缘关系最近,可能源于同一株系。     

江苏省小麦禾谷孢囊线虫群体核糖体DNA-ITS区序列分析

对采集自江苏省徐州、宿迁、连云港和盐城4个地区的15个小麦禾谷孢囊线虫群体进行核糖体DNA-ITS区的RFLP分析。结果表明:测定的所有群体均具有相同的酶切图谱,既具有与国外B型群体(印度群体)相同的AluⅠ和RsaⅠ酶切图谱,同时也具有中国群体独特的HinfⅠ和Tru9Ⅰ酶切图谱(C型)。采用Neighbor-Joining法(MEGA4.0)构建的ITS序列系统进化树显示:所有15个江苏群体均聚在小麦禾谷孢囊线虫组(Heterodera avenae group)下的小麦禾谷孢囊线虫复合种群(H.avenae complex)分支内,且多数江苏群体与草地孢囊线虫(H.pratensis)德国和俄罗斯群体的遗传距离相对较近。通过江苏群体与其他近源群体的ITS序列分析比较,河南郑州群体与澳州孢囊线虫(H.australis)的遗传距离较近,青海群体和河南郑州群体在分子遗传水平上具有明显的地域性,而江苏省和我国其他省份的小麦孢囊线虫群体具有丰富的遗传多样性。     

TBTV卫星RNA不同分离物的序列测定及系统进化分析*

  利用RT-PCR方法对烟草丛顶病毒（tobacco bushy top virus,TBTV）卫星RNA不同分离物进行扩增和克隆测序,同时运用DNAMAN,MEGA,ClustalX等生物软件对TBTV和其它幽影病毒的卫星RNA核苷酸序列进行同源性比较,构建了幽影病毒属成员卫星RNA的系统进化树。E结果显示：TBTV不同分离物卫星RNA的核苷酸同源性为792%～990%。它们与幽影病毒属其它成员卫星RNA的核苷酸同源性为325%～441%。通过构建幽影病毒属成员卫星RNA的系统进化树可以看出：TBTV的卫星RNA与GRV的卫星RNA亲缘关系最近,与CMoMV的亲缘关系最远。     

七叶树溃疡病病原真菌的分离与鉴别

【目的】分离和鉴别引起七叶树溃疡病的病原菌,为制定合理的防治技术提供依据。【方法】采用组织分离培养、人工接种、形态观察及核糖体转录间隔区序列(ITS-rDNA)分析,对引起七叶树溃疡病的水渍型溃疡病病原菌NW397和干腐型溃疡病病原菌NW3362种真菌进行鉴别与比较。【结果】引起七叶树溃疡病的病原为2种不同的真菌,并表现出不同的危害特征。水渍型溃疡病菌NW397 ITS-rDNA序列与多主葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea Sacc.)等的序列同源性高达99%;干腐型溃疡病菌NW336ITS-rDNA序列与乌饭树拟茎点菌(Phomopsisvaccinii)等的同源性高达95%以上。【结论】七叶树水渍型溃疡病菌定名为多主葡萄座腔菌(Botryosphaeria do-thidea Sacc.),干腐型溃疡病菌定名为梨干枯拟茎点菌(Phompsis fukushii Tanaka et Mill)。     

牛瑟氏泰勒虫热休克蛋白基因的克隆与序列分析

从病牛血液中提取总RNA,根据GenBank上发表的牛瑟氏泰勒虫HSP70基因序列设计合成1对引物,通过RT—PCR技术扩增出牛瑟氏泰勒虫HSP70基因,并将该基因克隆到pMD18-TSimple载体上,经PCR鉴定和EcoR工、Sal工双酶切鉴定为阳性的重组质粒测定及分析结果表明,该片段长1966bp,编码620个氨基酸残基．同源性分析表明,该序列与牛瑟氏泰勒虫HSP70基因同源性为95．78％．     

高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因的克隆及序列同源性分析

用PCR技术获取高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因,分析其在大肠杆菌种内的序列同源性。以提取的大肠杆菌基因组DNA为模板,设计一对基因特异引物,用PCR扩增的方法获得目的基因。将PCR扩增后得到的片段纯化并克隆至pMD19-T Simple Vector载体,用菌落PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落进行测序,并与Gene Bank公布的大肠杆菌区段进行序列同源性分析。扩增出598bp的含有受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因的目的片段,经测序分析其种内的序列同源性为95%～99%,为今后制备针对该区段的抗体奠定了基础。