玉米叶序对生候选基因筛选及克隆

根据近等基因系对生叶序玉米H4D与互生叶序玉米H4d的转录组测序数据筛选出的差异基因,结合玉米对生基因OPP-1和OPP-2的SSR分子标记定位,将19个玉米对生叶序差异基因进行了染色体定位。利用比较基因组学和生物信息学分析对染色体定位的差异基因进行了详细分析,发现11个对生叶序差异基因具有同源基因报道,对其进行荧光定量PCR验证后发现基因表达量变化与转录组数据较为一致,其中8个基因在对生中表达量显著提高,3个基因在对生中表达量下降。结合差异基因染色体定位与同源性分析,筛选确定了SSR标记定位之间的5个差异基因作为候选基因。启动子分析表明这些基因启动子区域发现了多个与激素和光信号诱导相关的作用元件。以对生玉米近等基因系H4D和H4d的四叶期茎尖生长点c DNA为模板,对候选基因进行克隆,成功克隆出GRMZM2G077744_T01,GRMZM2G064845_T01和GRMZM2G348959_T01基因。经测序和氨基酸序列比对,发现在H4D和H4d中,GRMZM2G077744_T01基因氨基酸序列同源性为97.30%,GRMZM2G064845_T01同源性为98.85%,GRMZM2G348959_T01同源性为98.50%。氨基酸序列上的差异可能与玉米叶序对生变异具有密切关系。     

基因芯片筛选畜禽热应激差异表达基因的研究进展

热应激可引起畜禽机体一系列基因水平的变化,直接影响各组织器官正常的生理功能。基因芯片技术已广泛应用于畜禽多种致病、应激等方面的基因表达谱研究。本文结合基因芯片技术在畜禽热应激上的研究和应用,对全面筛选畜禽器官氧化损伤、生产性能及体外细胞培养中与热应激相关的差异表达基因进行综述,以期为寻找和验证与畜禽热应激损伤密切相关的分子标记提供线索,并为修复畜禽热应激损伤的分子营养调控研究提供参考。     

利用抑制差减杂交技术分离棕色棉纤维特异表达基因

采用棕色棉新彩棉5号为Tester,其白色近等基因系NIL-C5为Driver,通过抑制差减杂交法(suppressive subtractive hybridization,SSH)构建了一个棕色棉纤维色素差异表达基因差减文库.从文库中随机挑选400个克隆,将这些克隆的PCR产物点膜进行反向Northern杂交检测,挑选20个差异明显的克隆进行序列分析,结果表明:有5个cDNA片段与已知的功能基因序列相似,其中1个cDNA片段与合成色素的重要酶基因4-香豆酸:CoA连接酶(4CL)基因有较高的同源性,其它cDNA片段在数据库中未找到同源序列.     

青枯菌M5菌株特异基因组消减文库的构建

为筛选青枯菌M5菌株特有的序列,利用SSH技术对青枯菌生理小种5号菌株M5（tester）和生理小种1号菌株GMI1000（driver）基因组进行了比较。分别提取二者基因组DNA,RsaⅠ酶切,将酶切后M5菌株DNA分为两份,分别与接头1和接头2R连接,然后进行两轮杂交和两轮PCR扩增,并检测连接效率与消减效率。将获得的消减PCR产物,即差异基因/差异DNA片段,与pGEM-T载体连接,转化E.coli DH5α感受态细胞,建立消减文库。随机挑取96个白色克隆,经菌液PCR法测定,80个为预期阳性,含有预期的插入片段。首次构建了青枯菌M5菌株特异基因的抑制消减文库,为进一步筛选、克隆青枯菌M5菌株特异核苷酸片段奠定了基础。     

基于转录组测序技术挖掘影响布莱凯特黑牛睾丸大小的功能基因

旨在通过对布莱凯特黑牛大小睾丸转录组数据进行分析,挖掘影响睾丸生殖功能的关键候选基因,探究睾丸大小对牛生殖功能维持的分子机制。采集12月龄布莱凯特黑牛睾丸,根据质量、长径和短径将其分为2组(大小睾丸组各3头)进行高通量转录组测序;以|log₂(Fold Change)|≥1且P-value≤0.01为阈值筛选差异基因,对差异基因进行GO和KEGG功能富集分析,筛选出影响睾丸生殖功能的关键基因;对其进行CDS区克隆测序,并运用qRT-PCR、Western Blot、免疫组化等方法进行进一步研究。结果显示,差异表达基因共353个,其中114个基因在小睾丸中表达上调,239个基因表达下调。GO功能注释表明,差异基因参与代谢、发育、生殖等过程;KEGG富集分析显示,差异基因主要富集在Wnt信号传导、PI3K-Akt信号通路等与睾丸生殖功能相关的途径。最终筛选出睾丸生殖功能基因CCN4进行进一步研究。qRT-PCR和Western Blot结果显示,CCN4基因和蛋白在大睾丸中表达量显著低于小睾丸。免疫组化结果显示,CCN4蛋白主要在精细胞外的区域(特别是支持细胞)中表达...     

金观音与其亲本差异基因表达的遗传分析

从金观音—铁观音和金观音—黄旦差减文库中获得差异基因并进行功能分类;采用荧光定量PCR技术检测金观音与其亲本间差异基因表达量的变化,分析差异基因的表达模式,同时检测具有超高亲表达和低于双亲表达模式的基因在其他两个F_1黄观音和金玫瑰上表达量的差异.结果表明:差异基因包含参与生长发育、逆境胁迫和次生代谢等9类功能;与生长发育、逆境胁迫和次生代谢有关的基因在金观音及其亲本中均有表达,依据表达量的差异可分为5种表达模式;根据3个F_1品种与其共同父母本荧光定量表达量的差异,可将F_1品种的表达分为均超过双亲(杂种优势)、低于双亲(杂种劣势)、部分超过双亲和部分低于双亲(兼具杂种优、劣势)3种类型.     

水杨酸诱导苹果抗轮纹病差异表达基因分析

以对苹果轮纹病抗病性不同的两个苹果品种‘北之幸’和‘礼泉短富’为材料,利用高通量测序技术对水杨酸(SA)处理后的苹果叶片cDNA文库进行差异基因表达谱分析。结果表明,经SA诱导后,抗病品种‘北之幸’的差异表达基因有257个;感病品种‘礼泉短富’的差异表达基因有150个;不同品种间得到差异表达基因828个。经GO分析,大部分差异基因参与代谢过程、应答刺激、生物学调控、免疫系统过程和抗氧化活性等。与抗性相关的功能注释主要涉及信号转导机制、防御机制和能量产生与转导等,但感病品种‘礼泉短富’没有注释到有关防御机制的差异基因。推测这些基因可能在SA诱导苹果抗轮纹病的过程中起重要作用。差异基因参与抗病相关的代谢通路涉及过氧化物酶体途径、苯丙烷生物合成途径、苯丙氨酸代谢途径、植物与病原菌互作途径和植物激素信号转导途径等。且抗性品种产生的差异基因数量、涉及的代谢通路均较感病品种多,说明抗病品种的抗性相关基因更易受到SA的诱导。     

草原龙胆盐胁迫差减文库的构建及分析1

为了研究草原龙胆抗盐性机理,初步获得其抗盐性相关基因,分别以400 mmol·L-1的NaCl及清水处理的草原龙胆叶片mRNA为tester和driver方,利用抑制差减杂交技术构建了cDNA文库。经过测序和与GO数据库序列比对,获得了658条单一序列,其中61条序列分子功能未知,535条序列无同源性,62条序列有显著同源性。此62条序列注释按照功能分为21类。获得了活性氧清除系统基因DHAR、GST、TRX、CAT,转录因子SMT3,调控基因丝氨酸/苏氨酸激酶基因等。结果说明草原龙胆的盐抗性相关基因与数据库中的模式植物基因既有一定的共性,同时绝大部分的序列又无法用已知的基因进行解释。     

基于转录组测序分析的黄精种子休眠解除相关差异基因研究

旨在获得黄精转录组数据库并挖掘参与其种子发育和休眠解除相关基因,以休眠解除前后的黄精种胚为试材,利用新一代高通量测序手段对供试样品进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析.黄精种子休眠解除前后样品中共得到79716个差异表达基因,上调的表达基因有60074个,下调的表达基因有19642个.休眠解除前后的黄精种胚中共有...