混合盐碱胁迫下不同抗性荷花品种比较转录组分析

为研究荷花的耐盐碱机制,以混合盐碱胁迫处理前后的抗性荷花品种黄帅TO及敏感品种台湾磨盘莲SE为试验材料,进行转录组测序,并运用qRT-PCR法验证测序结果的准确性.2个品种在混合盐碱胁迫下共检测到4 916个差异表达基因,其中,上调表达基因3 101个,下调表达基因1 815个,对抗性品种的49个特有差异基因进行分析发...     

草原龙胆盐胁迫差减文库的构建及分析

为了研究草原龙胆抗盐性机理,初步获得其抗盐性相关基因,分别以400 mmol·L-1的NaCl及清水处理的草原龙胆叶片mRNA为tester和driver方,利用抑制差减杂交技术构建了cDNA文库.经过测序和与Gene Ontology数据库序列比对,获得了658条单一序列,其中61条序列分子功能未知,535条序列无同源性,62条序列有显著同源性.此62条序列     

基于RNA-seq的黄肉猕猴桃类胡萝卜素合成相关基因的表达分析

【目的】探讨黄肉猕猴桃发育过程中果实类胡萝卜素合成途径中相关差异基因的功能。【方法】以黄肉型中华猕猴桃‘金丰’果实为试材,在前期RNA-seq测序的基础上,利用实时荧光定量PCR技术检测其类胡萝卜素合成过程中相关差异基因的表达水平。【结果】Unigene23885、CL10798、Unigene11266、CL1511四个基因相对表达量较高,其他基因表达量相对较低;相关性分析结果显示,类胡萝卜素含量与Unigene11266、Unigene23885、Unigene2673三个基因相对表达量显著相关,与基因Unigene23823、Unigene12775相对表达量呈极显著相关。聚类分析结果显示,基因Unigene23885和Unigene11266、基因CL1511和CL10798分别被聚为一类,其表达模式非常接近且与其他基因明显不同,并在类胡萝卜素合成中高水平表达,基因CL10467与其距离最近。【结论】综合相关性分析和聚类分析,基因Unigene11266、Unigene23885可能是类胡萝卜素合成的关键基因,且较其他基因而言,基因CL10467、Unigene12775、CL10798、CL1511、Unigene2673与其关系更密切。     

活的非可培养状态沙门菌RT-PCR检测

依据沙门菌Salmonella活的非可培养状态(VBNC)差异基因序列设计特异性引物C1和C5,并对处于VBNC的沙门菌模型开展RT-PCR检测.结果表明,引物C1和C5可从模型中分别扩增出198和137 bp的目的片段,这些片段与差异基因的核苷酸序列相似性均大于99%.而且所获得的电泳图谱也不同于正常状态的沙门菌、霍乱弧菌Vibrio cholerae等一些食源性致病菌.另外,2对引物的最低cDNA检出量分别为30.65和3.065 pg/μL.由此证明,引物C1和C5具有较好的特异性和敏感性,可用于建立VBNC沙门菌的检测方法.     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒感染猪肺泡巨噬细胞的差异转录基因文库构建

为鉴定高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)HuN4株感染猪肺泡巨噬细胞(PAM)后,细胞内转录发生差异的基因,本研究采用抑制性消减杂交技术,以HP-PRRSV HuN4株感染后48 h的PAM细胞mRNA为实验方(Tester),以未感染的PAM细胞为驱动方(Driver)进行消减杂交,得到了HP-PRRSV HuN4株感染后PAM内转录后发生上调的基因.反之,实验方与驱动方互换进行消减杂交,得到了HP-PRRSV HuN4株感染后PAM内转录后发生下调的基因.将2种杂交所得的差异转录基因经PCR扩增后分别克隆到T载体中并转化大肠杆菌感受态细胞,从而构建了正向(上调)和反向(下调)的差异cDNA文库.随机挑取文库中的多个克隆用PCR方法进行鉴定,结果表明差异文库中的cDNA具有较好的多样性.本研究为下一步的文库克隆的序列测定与差异基因的功能分析奠定了基础.     

茶树紫芽中花青素形成相关基因差异表达分析

花青素是一类广泛存在于植物中的水溶性色素,作为一种强自由基清除剂,它具有抗炎,抗氧化,降血压,降血糖等多种保健功能。紫芽茶树作为一种高花青素含量的特异性茶树资源,其研究与利用越来越受人们的关注。为了解茶树紫芽中花青素形成的分子机理,本研究通过对湖南农业大学自选紫芽品种9803与绿芽品种9806进行转录组测序及生物信息学分析,筛选得到42条与花青素代谢相关的unigene,其中比对到参考基因组中的有34条,未在参考基因组中登录的有8条。KEGG富集分析表明这42个基因被富集到5个代谢通路中,包括类黄酮合成途径,木质素合成途径,黄酮和黄酮醇合成途径,油菜素甾醇合成途径,以及参与转录因子的编码。通过荧光定量PCR验证,差异基因荧光定量PCR变化趋势与转录组测序结果一致,转录组测序数据可靠。本次试验在转录组水平上筛选出了茶叶紫芽花青素代谢相关的差异基因,为进一步揭示茶叶紫芽产生的分子机理奠定了基础。     

宿根矮化病菌诱导甘蔗差异表达基因的cDNA-SCoT分析

宿根矮化病是危害严重的世界性甘蔗主要病害之一,为了探究甘蔗在该病胁迫下的抗病分子机制,本研究以甘蔗品种新台糖22健康植株为材料,利用含有宿根矮化病病原菌的蔗汁诱导其抗性,分别在接种后2、4、6、8和10 d取样,构建宿根矮化病侵染处理与对照的RNA混合池,利用cDNA-SCoT法进行差异显示研究。结果表明,80条SCoT引物扩增出500多条带,长度在100~1800 bp之间。从中筛选出30个差异明显的条带,测序后序列拼接,获得22条高质量的EST序列。生物信息学分析显示,对甘蔗宿根矮化病的差异基因主要涉及能量代谢、防卫反应、信号转导、蛋白质类代谢等方面。进一步基因功能分析显示,油菜素内酯合成蛋白、NBS-LRR类抗性蛋白、茉莉酸诱导蛋白、α-微管蛋白、ABA胁迫成熟蛋白、富含脯氨酸蛋白、翻译起始因子eif-2b α亚族等可能参与了甘蔗宿根矮化病病原菌互作的过程。     

太平洋牡蛎对海洋酸化响应的分子机制——基于转录组的分析

旨在通过对太平洋牡蛎海洋酸化条件下转录组的分析,探讨其响应海洋酸化的分子机制。利用NCBI中太平洋牡蛎海洋酸化胁迫下的RNA-seq数据（包括4个组：pH 7.8、7.4、7.0、6.6）,通过Fastp、Hisat2、Samtools以及R语言分析,对其进行了差异基因、GO和KEGG等分析。结果显示：pH 7.4 vs pH 7.8组、pH 7.0 vs pH 7.8组及pH 6.6 vs p H 7.8组分别有61个、93个和943个显著差异表达基因。通过对pH 6.6 vs p H 7.8组显著差异表达基因进行GO分析发现这些基因显著富集于代谢、遗传信息处理和人类疾病等分子功能上,KEGG富集分析发现这些基因显著富集在糖代谢、脂类代谢、免疫机能上。表达分析表明,随着pH的下降,与能量代谢和免疫相关的基因表达量显著下降,如糖代谢中的糖原磷酸化酶的表达量从41.5几乎下降到0;氨基酸代谢中的精氨酸激酶1的表达量从1438几乎下降到0,精氨酸激酶2的表达量从27下降到3;脂肪代谢中的脂肪酸合成酶的表达量从28下降到2.5。这些基因的表达显著抑制可能使牡蛎机体能量代谢发生紊乱;此外,与免...     

利用RNA-seq技术分析有机磷农药作用下雄性小鼠睾丸组织差异表达基因

目的:探索有机磷农药对雄性小鼠睾丸基因表达的影响.方法:选择40只昆明种雄性小鼠,随机分为对照组和低剂量染毒组、中剂量染毒组和高剂量染毒组.染毒组小鼠每天分别用5.0 mg/kg、10.0 mg/kg、20.0 mg/kg剂量的敌敌畏(DDV)经口染毒,对照组给予等量的生理盐水,连续染毒60 d.染毒60 d后,以脱颈...