口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报

为建立口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)不同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条。对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型。用生物学软件BioSun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针。共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针。以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度。对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标。     

基因芯片技术及其在动物微生物研究中的应用

介绍了基因芯片技术及其在动物微生物研究中病原体检测和分型、致病机理、宿主与病原体的相互影响以及耐药性检测等方面的应用情况,分析了限制该技术应用和发展的主要问题,并对其应用前景作了展望。     

基于嗅觉可视技术的醋醅理化指标分析

通过分析56个不同发酵池种子醋醅乙醇脱氢酶(ADH)的活性与56个对应接种池的不挥发酸和总酸的关系,得出将种子ADH活性控制在600~700 U/m L时,被接种池的醋醅品质较高。利用嗅觉可视化技术结合误差反向传播人工神经网络(BP-ANN)模型,快速检测种子ADH活性和预测被接种池不挥发酸及总酸质量分数。结果表明,BP-ANN模型预测ADH、不挥发酸、总酸的相关系数分别为0.781 6、0.844 7和0.946 3。因此,嗅觉可视化技术结合BP-ANN可有效预测醋酸发酵过程中的理化指标。     

Ⅰ群禽腺病毒液相基因芯片检测方法的建立

为了建立一种快速、特异、灵敏的检测I群禽腺病毒的液相基因芯片方法。根据Hexon基因序列设计特异引物,上游引物5'端加TAG序列,下游引物5'端加生物素,进行PCR扩增,将扩增产物与链霉素亲和蛋白、磁珠37℃孵育30 min,通过Luminex200仪器分析。用所建立的液相基因芯片方法进行特异性、灵敏度、重复性及病料样品的检测。结果该方法的特异性强;检测的敏感性可达1×102copies/μL;批内批间的变异系数都在5%以下;检测结果与SYBR Green I荧光PCR方法 100%相符。表明建立的液相基因芯片方法特异性好、灵敏高、重复性好,可用于I群禽腺病毒的检测。     

基于景观视觉敏感度的棋盘山生态旅游适宜性评价

生态旅游开发适宜性评价是旅游资源开发的基础。基于GIS空间分析功能,采用因子叠加法和景观可视敏感度法评价棋盘山生态旅游开发适宜性。采用坡度、距离水库的远近、土地利用、水库景观可视敏感度和河流景观可视敏感度作为单因子,综合评价了研究区的生态旅游开发适宜性,将适宜性分为很适宜、适宜、较不适宜、不适宜和很不适宜5类。结果表明,最适宜生态旅游用地和适宜生态旅游用地占研究区的42.79%,说明本区的生态旅游资源丰富,适宜进行生态旅游开发。较不适宜区占研究区的比重最大(30.76%),这些区域可以作为潜在旅游开发区,如果管理措施得当,将会转变为可利用资源,否则将会使生态环境恶化,进而可能影响到现有生态旅游资源的开发和利用。同时也提出在资源开发的同时,也要注意保护环境,使其发挥最大的景观价值。     

我国首个甲型H1N1流感病毒耐药分析基因芯片问世

<正>我国首个专门针对甲型H1N1流感病毒抗药性的基因确诊和耐药性分析的基因芯片,5月15日在军事医学科学院放射与辐射医学研究所研制成功。据介绍,这种芯片采用了具有自主知识产权的纳米标记信号放大技术,在准确检测到甲型H1N1流感病毒     

基因芯片的技术原理及在动植物研究上的应用

基因芯片是常见的生物芯片之一。综述了基因芯片的作用原理及其在动植物研究方面的应用。     

猪伪狂犬病、猪细小病毒病和猪流行性乙型脑炎检测基因芯片的制备及检测方法研究

对猪伪狂犬病(Pseudorabies virus,PRV)、猪细小病毒病(Porcine parvovirus,PPV)和猪流行性乙型脑炎(Japanese encephalitis virus,JEV)检测基因芯片的制备及该芯片的检测方法进行了研究。试验克隆和鉴定了16个芯片靶基因,经筛选,取其中13个靶基因PRV gB、gG、TK和gE;PPV NS2、NS3、VP1和VP2以及JEV C、PrM/M、E、NS1和NS5制备PRV、PPV和JEV检测基因芯片,基因芯片点样系统SpotArrayTM 24将靶基因点样于氨基化玻片表面,靶基因最佳点样浓度为200 ng/μL,探针扩增标记反应体系中,Cy3-dCTP使用终浓度为2.5μmol/L,芯片杂交温度可在44℃～60℃之间任意选择。以PRRSV、CSFV、PCV1、PCV2、TGEV、HPS、PAP、E.coli和S.pp菌毒株DNA或CDNA为模板标记制备的探针均不与PRV、PPV、和JEV检测基因芯片杂交,芯片检测的灵敏度为3 pg/μL,芯片批间重复性好,同一张芯片可进行至少10次的重复杂交。该方法对8株PRV、5株PPV和JEV SA14-14-2单独或混合样品检测均为阳性,可区分伪狂犬病病毒野毒和基因缺失疫苗毒,对20份临床样品单独或混合感染的检出率分别为:单独感染PRV检出率15%(3/20),PPV 5%(1/20),JEV 0%(0/20);PRV和PPV混合感染检出率15%(3/20),PRV和JEV混合感染检出率5%(1/20),JEV和PPV混合感染检出率5%(1/20),三者混合感染的检出率5%(1/20)。与PRV、PPV和JEV多重PCR检测方法比较,芯片检测的灵敏度大大提高,同时可区分PRV野毒和基因缺失疫苗毒,对20份临床样品的检出率一致。