猪细小病毒检测基因芯片的构建及初步应用

本研究以猪细小病毒VP2基因为目的基因设计引物和探针,通过不对称PCR扩增Cy3标记的DNA片段与固定于芯片上的探针进行杂交,对杂交芯片进行扫描分析,根据荧光信号的强度来确定是否存在猪细小病毒。结果表明,采用浓度为5μmol/L的探针与PCR产物于47℃杂交1 h即可得到清晰的荧光信号,检测灵敏度可达34.5 ng/μL,同时用制备的基因芯片对临床20份疑似猪细小病毒病感染的病料进行检测,检测结果与PCR检测结果符合率达100%,表明基因芯片检侧技术是一种灵敏度高、特异好的检侧方法。该方法的建立可以快速有效地对猪细小病毒做出诊断,具有较好的应用前景。     

湖羊不同花纹皮肤组织差异表达基因的筛选

【目的】旨在了解中国特有的白色羔皮羊品种—湖羊不同花纹及其毛囊形成的分子遗传学机理。【方法】利用安捷伦基因芯片技术筛选初生湖羊大花和小花皮肤组织差异表达基因。【结果】差异表达分析显示,3对大花和小花组分别筛选出1 069、2 071和3 879个差异表达基因,共有137个共同基因;差异基因经GO分类显示,主要参与细胞分化、增殖、凋亡、发育、免疫应答、离子转运等生物学过程;另外,所验证的4个差异表达基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。【结论】筛选出了BMP7、MMP2、SNAI1、SFXN1、CDKNIC、MT3、POU1F1等对湖羊大花、小花性状形成可能具有重要影响的候选基因。     

科学出版社图书介绍

DNA小分子检测技术及其应用本书分七章介绍了荧光定量PCR技术、环介导等温扩增技术、焦磷酸测序技术、变性高效液相色谱技术、变性梯度凝胶电泳技术、肽核酸探针技术、基因芯片技术等DNA小分子检测技术及其应用。概述了每一项DNA小分子检测技术的产生及其发展,重点阐述了它们的原理、操作流程、应用进展及其发展前景,涵盖了相关领域的最新研究成果     

过量表达玉米ZmPto/ZmPti1基因对拟南芥基因的差异表达研究

利用拟南芥基因芯片检测ZmPto/ZmPti1共表达转基因拟南芥的基因表达情况,了解Pto/Pti1信号途径的下游组分,对Pto/Ptil的作用机制做进一步探讨.结果表明,与野生型株系比较上调表达两倍的基因有84条,与野生型株系比较下调表达两倍的基因有95条.在上调表达的基因中有9条与非生物逆境有关,其中有SOS系统中的SOS3、DREBIA、WRKY15等;有3条与生物逆境有关,分别为AT4G36010、AT5G01870、AT5G64120;与生长发育有关的有12条;与脂类吸收、转运、代谢相关的基因6条;转录因子9条.在下调表达的基因中与非生物逆境有关的基因有4条;与生物逆境有关的基因2条;发育调控的基因8条;转录因子2条.无论上调还是下调表达的基因中,都有很多未知功能的基因.ZmPto/ZmPti1同时过表达显著影响植物对非生物逆境的响应、生长发育等过程,同时对脂类的吸收、转运、代谢等过程也有显著影响.     

水稻籼粳杂交产生两系核不育株的初步研究

在水稻(Oryza sativa L.)两系核不育研究过程中,用S1325(母本,籼粳杂交偏籼材料)与9663-1(父本,粳型材料)杂交,在其杂交后代F_4中出现不育株,不育株花粉镜检为典败、套袋自交结实率为0,与同株系可育株杂交,其F_1可育株与不育株出现1∶1分离,与三系保持系杂交,其F_1结实正常,结实性表现完全恢复,不育株再生苗经21℃冷水处理,其花粉育性恢复正常并可正常结实,由此确定该不育株为两系不育株;又对双亲及其后代不育株进行6 K水稻全基因组芯片分析,排除不育株是来自外来花粉串粉的可能性,由此推测籼粳杂交后代可以产生新的两系核不育株。这是关于籼粳杂交可以创造新两系不育系的首次报道。     

猪胸膜肺炎放线杆菌、肺炎支原体和多杀性巴氏杆菌联合检测芯片的研制及应用

本研究旨在建立联合检测胸膜肺炎放线杆菌、猪肺炎支原体和多杀性巴氏杆菌的DNA芯片.用7个从3种病菌基因组中扩增出的不同特异性靶DNA制作基因芯片,并对芯片的靶DNA和探针浓度、杂交温度、重复性、特异性和灵敏度进行了研究.结果表明,检测芯片的特异性强,能与测试的李氏放线杆菌、猪鼻支原体和副猪嗜血杆菌等9种病原区分;灵敏度高,在50μL标记反应体系中,能检测到10～50 pg基组DNA,芯片可重复利用.用芯片对44株目标菌的不同型标准菌株、分离株和疫苗株进行了检测.其信号值≥1 000,信号噪音比(SNR)≥6.用芯片对45头病猪和97头健康猪的临床样品选择培养物进行了检测,其检出率分别为多杀性巴氏杆菌71.1%和49.5%、胸膜肺炎放线杆菌42.2%和26.8%、猪肺炎支原体20%和22.7%,混合感染率分别为42.2%和24.7%.在检测临床样品时,芯片法与PCR的符合率为97.8%～100%,与分离鉴定法的符合率为87.6%～95.6%.研究表明,研制的芯片特异性强、敏感性高、可重复使用,是一种能有效用于胸膜肺炎放线杆菌、猪多杀性巴氏杆菌和猪肺炎支原体鉴定和联合检测的新工具.     

与棉纤维发育相关基因GhSAMS、GhNLP的克隆、鉴定与定位

 【目的】克隆陆地棉纤维伸长发育相关的基因,并做初步功能验证。【方法】以陆地棉李氏超短纤维突变体Li1li1自交后代野生型li1li1和超短纤维突变体Li1li1开花后4 d的胚珠纤维复合体为探针,通过基因芯片筛选优质材料7235棉纤维伸长、次生壁加厚不同发育时期混合cDNA文库,分离出两个在两种材料中差异表达的cDNA序列。【结果】测序结果表明,两个cDNA均为完整的基因序列,分别命名为GhSAMS（GenBank登录号：EF643509）,GhNLP（GenBank登录号：EF643508）。RT-PCR分析表明：开花后4 d,GhSAMS、GhNLP在陆地棉李氏野生型li1li1纤维中的表达量低于无纤维突变Li1li1。Southern杂交结果表明两个基因在陆地棉基因组中都存在少数拷贝。利用本实验室陆地棉遗传标准系TM-1和海岛棉海7124培育的140个BC1作图群体,将GhSAMS和GhNLP分别定位在染色体14（D2）和19（D5）上。【结论】克隆了两个棉纤维伸长发育相关基因GhSAMS和GhNLP,推测其高表达阻止纤维伸长生长,为进一步分析功能和用于分子育种打下基础。     

类固醇代谢相关基因在大鼠肝再生中表达模式和作用分析

为在基因转录水平了解类固醇代谢相关基因在大鼠肝再生(Liver regeneration,LR)中作用,文章通过搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得了参与上述代谢活动的基因,用基因芯片检测了它们在大鼠再生肝中表达情况,初步证实上述基因中83个基因与肝再生相关.肝再生启动(PH后0.5～4 h)、G0/GI过渡(PH后4...     

基因芯片技术在植物中的应用研究进展

基因芯片又称DNA芯片或生物芯片,是以预先设计好的方式将大量的生物信息密码固定在固相载体上组成的密集分子阵列,基因芯片的原型是20世纪80年代中期提出的,是随着人类基因组计划的进展而发展起来的具有广阔应用前景的生物技术之一.简述了基因芯片技术的定义、原理、分类、基因芯片的制作流程以及基因芯片技术在植物研究中各个方面的应用,并对未来的发展前景进行了展望.     

一种基因芯片图像滤波混合法

对基因芯片的表达数据进行分析，有助于获得基因的表达谱与功能之间的关联信息，而基因芯片图像的滤波方法，对于获得高质量的基因表达数据具有重要的意义。本文采用小波和中值滤波混合法对基因芯片图像去噪，采用的小波硬门限阈值量化法去噪预先处理了基因芯片图像的部分高频噪声，避免了图像有用信号湮灭；而中值滤波法弥补了小波分析中的噪声指数较高的局限性。与传统的基因芯片图像滤波方法进行对比实验，结果表明，该方法能够在有效去除基因芯片图像噪声的同时，很好地保持图像的边缘和细节信息。