栗疫病菌泛素核糖体L40融合蛋白基因的克隆与分析

用酿酒酵母(Saccharyomyces cerevisae)泛素融合蛋白基因从COGEME(Consortium for the functional genomics of microbial eukaryotes)植物病原菌EST(Expressed sequence tag)库中BLAST(Basic local alignment search tool)得到栗疫病菌的泛素融合蛋白EST,设计引物从栗疫病菌cDNA中克隆到该基因并测序,得到在进化上高度保守的基因,该基因开放阅读框为387 bp,编码128个氨基酸残基组成的泛素融合蛋白前体;由cDNA序列推定的氨基酸序列分析结果表明,泛素融合蛋白前体包括氮末端的泛素结构域(76个氨基酸残基)和碳末端的核糖体蛋白L40结构域(52个氨基酸残基).该蛋白为高碱性蛋白,碳末端含有一个"锌指"模式结构.与19个物种比较的结果表明,栗疫病菌与真菌泛素融合蛋白氨基酸序列相似度较高,具有高度的保守性.     

樱桃花变绿病植原体的分子鉴定

 植原体(phytoplasma)是一类没有细胞壁,不能人工培养,存在于植物筛管细胞中的类似植物病原细菌的原核生物。迄今为止,世界各地报道的1 000余种植物病害与植原体有关,引起的症状主要包括丛枝、黄化、花变绿、花变叶、花器退化等。     

西北旱区枣疯病植原体核糖体蛋白基因的生物信息学分析

枣疯病是枣树上的一种具有毁灭性的植原体病害,几乎分布于国内所有的枣树栽培区,造成了巨大的经济损失.对我国陕西、宁夏、甘肃3省枣疯病样品植原体核糖体蛋白基因进行克隆和测序,获得枣疯病植原体的核糖体基因片段为1 196bp,包含部分rps19,rpl22和rps3三个基因,其中rpl22和rps3大小分别354bp和753bp,分别编码118和251个氨基酸,且这两个基因为非重叠基因.序列同源性比较结果表明:我国陕西、宁夏、甘肃的枣疯病植原体的核糖体蛋白rp基因大小一致,归属于植原体16S rⅤ-B组;该植原体核糖体蛋白基因特性与樱桃致死黄化(CLY5)和桃树黄化印度分离株系(PY-In)植原体相似.首次报道了我国枣疯病核糖体蛋白基因rp基因的序列,把枣疯病植原体归到16S rⅤ-B组,为枣疯病植原体提供了新的分类依据.     

小麦蓝矮病植原体核糖体蛋白rpl22和rps3的生物信息学分析

【目的】将生物信息学方法应用于小麦蓝矮病植原体(WBD)的分类研究,确定了小麦蓝矮病植原体的分类地位。【方法】应用植原体核糖体蛋白(rp)基因通用引物对rpF1/rpR1,对WBD进行PCR扩增并得到特异片段,对特异片段进行测定及同源性分析。【结果】序列测定结果表明,WBDrp基因片段长1 240 bp,包含部分rps19基因和全部的rpl22和rps3基因,且后2个基因为重叠基因,分别编码129和252个氨基酸,rpl22和rps3蛋白的等电点分别为12.605和11.755。【结论】WBD与16SrⅠ-C亚组中三叶草绿变病(Clover phyllody)的KVE、KVG、CPh株系亲缘关系最近,核苷酸同源性依次为99.7%,99.6%和99.0%,WBD与KVE株系的rpl22和rps3基因编码的氨基酸同源性分别为100%和98%,因此将小麦蓝矮病植原体划归到16SrⅠ-C亚组。     

苜蓿黄萎病菌中国菌株生物学特性研究

为了解我国苜蓿黄萎病菌的生物学特性,于2007-2008年间对苜蓿黄萎病菌进行了分离、鉴定及生物学特性研究。采用常规组织分离法从新疆伊犁地区新源县苜蓿黄萎病标样中分离到一种真菌(VA001),依据Koch′s法则,并结合形态学、培养特性及ITS序列分析,鉴定为黑白轮枝菌(Verticillium albo-atrum Reinke et Berthold)。适合该菌生长的培养基有甜瓜培养基、马铃薯蔗糖培养基、马铃薯培养基,适合产孢的培养基有马铃薯葡萄糖培养基、甜瓜培养基、梅干培养基。在碳源和氮源中,麦芽糖(Maltose)、乳糖(Lactose)、甘露醇(Mannitolum)、赖氨酸(Lysine)、牛肉膏(Beef extract)、氨基乙酸(Aminoacetic acid)、组氨酸(Histidine)有利于病菌的生长;蔗糖(Sugar)、果糖(Fructose)、乳糖(Lactose)、硝酸钠(Sodium nitrate)、丙氨酸(Alanine)有利于病菌的产孢。苜蓿黄萎菌生长和产孢的适宜pH值为7.0-9.5,温度为25℃。     

桑黄化型萎缩病植原体核糖体蛋白基因操纵子片段序列的扩增与分析

采用PCR技术对桑树黄化型萎缩病植原体核糖体蛋白基因操纵子的部分基因进行扩增,并对扩增片段进行测序及序列分析。结果表明,利用rpF/rpR引物对扩增得到桑黄化型萎缩病植原体核糖体蛋白基因操纵子片段大小为1240bp（GenBank登录号为GQ373255）,该片段包含rps19 基因部分序列,rpl22 和 rps3 基因的全部序列。相似性分析表明,该片段的核苷酸序列与16SrⅠ-rp亚组中各代表植原体的rp基因核苷酸序列的相似性为96.6-99.9%。构建的进化树表明,桑黄化型萎缩病植原体与报道的桑萎缩病植原体（MD）聚类为一个rp亚组,即rpI-B亚组。     

枣结果枝核糖体蛋白的生物信息学分析

应用生物信息学的方法对枣(Ziziphus jujuba Mill.)生长初期结果枝的cDNA文库ESTs进行了功能注释,查找核糖体蛋白基因,并对其氨基酸序列组成、基本理化性质、蛋白质二级结构、疏水性/亲水性及潜在磷酸化位点等进行了初步分析预测,旨在了解其结构特征,进而发掘枣树的优良基因。结果表明,625个ESTs中,有397个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复ESTs 77个);将320条ESTs通过KEGG数据库进行代谢分析,得到123条ESTs的62个代谢途径。对获得的枣树24个核糖体蛋白进行分析发现,其分子量在6 931.12～32 764.44之间,α-螺旋和无规则卷曲是其主要的结构元件,多肽链都表现为亲水性,磷酸化潜在位点普遍存在于核糖体蛋白多肽链中;并构建了24个核糖体蛋白的进化树,对其分子进化进行了探讨。     

Isolation and molecular characterization of entomopathogenic nematode,Heterorhabditis sp. from an arable land in Nigeria

The occurrence of entomopathogenic nematodes(EPNs) in arable soil samples from Nigeria was investigated using Baermann extraction tray and insect-bait(White's trap) techniques. Isolates were tested for infectivity using the larvae of Galleria mellonella(greater moth) and Tenebrio molitor(mealworm). The study revealed a new species of Heterorhabditis(MT371593) in soil samples that were randomly collected from an arable farmland cultivated with cassava TMS-30572 at the Teaching and Research Farm of Landmark University, Nigeria. Amplification of the internal transcribed spacer region(ITS) of the ribosomal DNA produced a nucleotide sequence of 933 base pairs(bp). A BLASTN search of Gen Bank showed that the sequence of the Nigerian isolate is identical at 99% similarity to that of Heterorhabditis sp. from Thailand. Infectivity test of the isolate showed 100% mortality against T. molitor larvae within 48 h of exposure while only 80% mortality was recorded for G. mellonella after 1 week of exposure. This is the first account of Heterorhabditis sp. in Nigeria. The varying degrees of infectivity against mealworm and greater moth observed in this study proved that the Nigerian isolate of Heterorhabditis sp. could potentially be an attractive option in the management of insect pests of cash crops.