胁迫条件下毛竹miR164b及其靶基因PeNAC1表达研究

MicroRNAs(miRNAs)在植物生长发育以及抗逆等过程中起着重要的调控作用。miR164 作为植物特有的miRNA,其主要的靶基因是植物NAC转录因子。为揭示毛竹 miR164 对其靶基因的调控机制,通过茎环引物法和RT-PCR技术,从毛竹(Phyllostachys edulis)中克隆出miR164b成熟序列及其靶基因PeNAC1。序列分析表明miR164b的靶点位于PeNAC1 编码区,RLM-5'RACE PCR产物测序结果证实切割位点位于靶点的第10-11位碱基之间。组织特异性表达分析表明,毛竹 miR164b和PeNAC1在根、茎、叶及鞘中均表达,其中miR164b在根中表达丰度最高,在茎中表达丰度最低;而PeNAC1的表达丰度恰好与miR164b 相反。实时定量PCR结果显示,NaCl(250 mmol·L^-1)、低温(4℃)和强光(1 500 μmol·m^-2·s^-1)处理后毛竹叶片中 miR164b 的表达均明显下调,GA₃(100 μmol·L^-1)处理后 miR164b表达量明显上调;而在同样处理条件下,PeNAC1的表达恰好呈现出与其完全相反的趋势。由此表明,miR164b对靶基因PeNAC1 具有表达调控作用,可能与毛竹响应非生物胁迫的抗逆过程密切相关,这为利用miRNA开展竹子抗逆分子育种提供了参考。     

破骨细胞相关MicroRNA研究进展

MicroRNA(miRNA)是一种非编码蛋白RNA,其长度约为22nt,广泛存在于真核生物细胞中,在生物的生长、发育和疾病发生等生物学过程中发挥着重要作用。随着对miRNA研究的不断深入,其在骨代谢方面的研究也逐渐展开。作为体内唯一一种负责骨吸收的细胞,破骨细胞(OC)在机体骨组织生理及病理性过程中占有重要地位。OC的形成和分化受多种因素调节,研究发现多种miRNA对OC有着调控作用,如miR-21、miR-422a和miR-148a能够促进OC形成,miR-124、miR-155和miR-503则抑制OC形成,除此以外,某些miRNA还能通过OC调控肿瘤骨转移。对这些机制的研究将从另一个层面揭示代谢性骨病的病因,并对临床治疗提供指导。论文对miRNA在OC形成和分化过程中的作用及机制进行综述。     

miRNA在奶牛子宫内膜炎治疗靶点的研究进展

奶牛子宫内膜炎是奶牛常见的产后疾病,给奶牛养殖业造成了很大的损失,加之抗生素的滥用和耐药菌株的出现,使得寻求子宫内膜炎在分子层面的治疗方法更加迫切,本文就子宫内膜炎的病因、危害、诊断方法及miRNA作为治疗靶点进行阐述,以期为子宫内膜炎的治疗提供参考。     

微小RNA及其介导的竞争性内源RNA调控网络在意大利蜜蜂工蜂中肠发育过程中的潜在作用

【目的】微小RNA(micro RNA,miRNA)能够通过靶向结合导致m RNA的抑制或降解,从而对基因表达进行负调控。Mi RNA在昆虫的生长、发育、免疫和细胞生命活动调控方面扮演关键角色。本研究旨在对意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠的差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)及其调控网络进行深入分析,并结合前期在m RNA、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和环状RNA(circular RNA,circ RNA)组学层面的相关研究结果,系统解析中肠发育过程的miRNA差异表达谱及竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络介导的中肠发育机理。【方法】利用small RNA-seq技术对正常的意蜂7日龄和10日龄工蜂中肠(Am7和Am10)进行测序。将质控后的测序数据比对西方蜜蜂基因组,再将比对上的序列标签(tags)比对到miRBase数据库以鉴定已知miRNA。利用每百万标签序列(tags p...     

长牡蛎性腺中调控型非编码RNA的生物信息学

本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(mi RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析。结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U。测序分析获得2 302～2 349个注释lncRNA转录本,预测到20 083～24 114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0%、62.1%和8.9%;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低...     

从江香猪lncGHR1基因的克隆、组织表达及超表达研究

目的预测靶向林麝(Moschus berezovskii) FASN、HMGCR和CYP11A1基因的miRNAs,为麝香的生物合成机制研究提供参考。方法通过林麝麝香的代谢组学测序,获取麝香中的主要化学组分,确定相应化学组分合成的关键酶;通过转录组测序获取林麝基因mRNA序列及miRNAs序列,利用自主编写的离线SWChen系统对调控关键酶基因表达的miRNA进行预测,并以人FSAN基因对系统准确性进行验证,同时以牛(Bos taurus)、山羊(Capra hircus)和绵羊(Ovis aries)预测结果进行比较和集合论分析,获取调控林麝基因的候选miRNAs。结果麝香的化学成分主要包括脂肪酸碳链类衍生物、芳香族、固醇类和甾类等衍生物质;预测调控FASN基因表达的miRNA主要为miR-24-3p和miR-30b-3p,调控HMGCR基因表达的为miR-29b、miR-146a、miR-181b-3p和miR-429家族,调控CYP11A1基因表达的为miR-532-3p和let-7家族,共同调控3个基因表达的主要为miR-205家族和miR-143家族。结论上述miRNAs为靶向调控林麝FASN、HMGCR和CYP11A1基因表达的候选miRNAs,对解析林麝麝香的生物合成机制具有参考价值。     

小麦miRNA启动子的基因组分析

MicroRNA(miRNA)是一类非编码RNA,与植物的生长发育及胁迫响应密切相关.为给小麦miRNA的转录调控以及新miRNA的预测提供参考依据,本研究通过小麦miRNA基因定位、启动子预测以及顺式作用元件鉴定等方法对小麦miRNA启动子进行了基因组分析,结果表明,小麦基因组中有105个pre-miRNA位于150...     

香青菜亚麻酸含量性状相关miRNA的鉴定

本研究旨在发掘香青菜(Brassica campestris ssp.chinensis L.Makino,NHCC)中影响亚麻酸含量的相关miRNA及其对应靶基因,探究它们的调控机制。以香青菜亚麻酸含量差异大的两个亚种‘绣花筋’和‘黑叶香青菜’的成熟叶片为材料,采用小RNA高通量测序来鉴定两个材料中差异表达的miRNA,预测其靶基因并进行基因功能注释。试验共鉴定得到miRNA 236个,包括159个已知miRNA,77个新的miRNA。筛选出差异表达的miRNA 63个,其中,以‘黑叶香青菜’为对照,上调的有28个,下调的有35个。差异表达的miRNA对应的靶基因中共6041个得到功能注释,其涉及的主要通路多个与脂肪酸代谢相关,如α-亚麻酸代谢、脂肪酸合成、不饱和脂肪酸的生物合成、脂肪酸降解等。差异表达miRNA的靶基因主要是一些亚麻酸合成或代谢重点的关键酶,如脂氧合酶(lipoxygenase,LOX)、3-酮酰基-CoA硫酶2(3-ketoacyl-CoA thiolase,KCS)等。香青菜通过对这些miRNA在不同品种中的差异表达负调控LOX等脂肪酸代谢关键基因和KCS等亚麻酸合成相关基因的表达,一方面减少亚麻酸的代谢损失,另一方面增加亚麻酸的合成量,从而引起亚麻酸含量的增高。     

分枝（瓜）列当寄生烟草过程中转移miRNA筛选及其功能预测

旨在明确分枝列当(Phelipanche aegyptiaca Pers.)与寄主之间是否存在miRNA转移，同时筛选出转移的miRNA并对其功能进行预测。以分枝列当-普通烟(Nicotiana tabacum Linn.)为研究体系，分别对寄生有分枝列当的烟草根部、寄生接触点和列当茎秆取样进行sRNA测序和分析。结果表明，烟草在被分枝列当寄生后，与对照相比，产生49个差异miRNA，包括17个已知miRNA和32个新预测的miRNA，其中30个miRNA显著下调表达，靶mRNA主要参与植物根系的生长和水杨酸的合成，19个miRNA显著上调表达，靶mRNA主要参与矿质元素吸收和积累及脱落酸的表达。筛选鉴定到3个烟草miRNA转移至分枝列当，靶基因主要参与植物抗逆和过敏性坏死反应；筛选鉴定到2个miRNA由分枝列当转移至烟草，其靶基因功能主要与水杨酸的产生和植物根系生长有关。表明miRNA在分枝列当寄生寄主时存在双向转移，从miRNA角度为分枝列当与烟草互作的分子机制研究提供了候选，也为分枝列当的防治提供了新思路。