野生大麦ISSR-PCR反应体系的正交优化研究

利用SPSS建立正交试验体系,从Taq酶、Mg2+离子、dNTP、模板、引物的浓度5个水平对大麦ISSR反应体系进行优化,确定了适合大麦的快速高效ISSR反应体系。试验结果表明,在25μl反应体系中各反应成分为:0.5 U Taq酶,1μmol/L Mg2+,0.2μmol/LdNTP,0.3μmol/L引物,50 ng模板DNA。这一反应体系的建立对利用ISSR-PCR进行大麦种质资源的分类和新基因资源的挖掘打下了坚实的基础。     

龙眼ISSR反应体系的建立和优化

对影响龙眼ISSR-PCR扩增反应的各个参数进行优化,建立适合龙眼的ISSR反应体系:PCR反应体积为20μl,其中模板DNA 25ng,引物0.2μmol/L,dNTP 100μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5U,MgCl2 2.5mmol/L,10×PCR缓冲液2.0μl;扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性1min,退火温度1min,72℃延伸90s,40个循环;72℃延伸7min。     

浙江仙居长叶榧自然居群遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对中国特有树种长叶榧的遗传多样性和遗传分化进行分析.用10个引物对浙江省仙居县的5个长叶榧居群共100个样品进行扩增,共测到136个位点,其中多态位点72个,多态位点百分率（P）为52.97%.长叶榧总的Shannon信息指数(I)为0.269 1,Nei指数（h）为0.175 8,表明种水平的遗传多样性较高,而居群水平的遗传多样性较低,P平均为28.09%,I平均为0.138 9,h平均为0.091 2.AMOVA分子差异分析表明长叶榧居群间遗传分化程度高,45.72%的变异存在于居群间,54.28%的变异存在于居群内,居群间的基因分化系数（Gst）为0.489 1.长叶榧居群间的基因流很低,为0.522 4.瓶颈效应、居群隔离和遗传漂变可能是造成长叶榧居群低遗传多样性和居群间较高遗传分化的主要原因.5个居群间的平均遗传距离为0.128 0.利用算权平均数法（UPGMA）对长叶榧居群进行聚类,结果可分为两大类群:下辽和龙潭坑2个居群组成一个类群;石舍与石长坑居群先聚在一起,再与夹坟坑居群组成另一个类群.      

太子参ISSR反应体系的优化

通过单因子试验和正交设计,对影响太子参ISSR-PCR扩增效果的因素,如模板DNA浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度、退火温度、延伸时间和循环数进行优化。确立了可用于太子参ISSR-PCR分析最适宜的反应体系:20μL反应体系中含80 ng模板DNA,0.5U Taq酶,0.4μmol·L~(-1)引物,0.18 mmol·L~(-1)dNTPs;PCR扩增延伸时间为70 s,循环数为35。稳定性试验表明,该体系能在不同太子参品种中扩增出清晰明亮、稳定性、多态性好的条带。     

中国部分地区冠耳霉的遗传多样性研究

为研究来自我国不同地区冠耳霉菌株的遗传多样性,用RAPD和ISSR分子标记,对来自中国安徽、山东、贵州、山西和陕西5省的131个冠耳霉菌株(Conidiobolus coronatus)进行遗传多样性分析。筛出的4个RAPD引物和3个ISSR引物共扩增出131条带,其中多态性条带为129条,多态性比率为98.4%,遗传相似性系数范围在0.59~0.99之间,说明受试的冠耳霉具有较为丰富的遗传多样性。利用RAPD和ISSR标记的结果,采用UPGMA聚类分析方法可将绝大多数供试材料分为4大类群。根据所划分的类群,发现冠耳霉之间的亲缘关系与地理来源存在一定的相关性。研究表明,RAPD和ISSR标记可用于冠耳霉遗传多样性的研究。     

黑穗醋栗品种亲缘关系的ISSR分析

 采用ISSR标记技术对39个黑穗醋栗品种的亲缘关系进行分析。结果表明：13条ISSR引物扩增的总带数（A）从3到11条不等,平均扩增出6.77条带,平均多态性带百分比（P）为64.37%。聚类分析显示,在相似性系数为0.8496处将39个黑穗醋栗品种分为5组。第Ⅰ组包含8个起源国家的品种,说明世界各国之间基因交流较为频繁。‘Ben Lomond’和‘Kantata’同其他品种的遗传距离较远,两者又有诸多优良农艺性状,可作为黑穗醋栗的优良育种材料。     

广西龙荔遗传多样性的ISSR分析

选用l2条ISSR引物组合分析了广西67个龙荔单株和10个龙眼品种（单株）、12个荔枝品种以及l0个野生荔枝单株的遗传多样性,均得到了清晰指纹。在所扩增的151条ISSR主带中,有127条具有多态性,多态性比率占84.11%。所用引物可将供试的品种（单株）区分开来。供试龙荔单株的遗传相似系数在0.61~0.97,表明广...     

Analysis of Genetic Diversity and Relationships in Waxy Rice (Oryza sativa L.) using AFLP and ISSR Markers

Opaque endosperm is the main phenotypic indicator for waxy rice, but other phenotypic and genotypic variation among waxy rice accessions has largely been ignored. Previous studies showed that wide diversity in starch physiochemical properties exists in both indica and japonica waxy rices, especially for starch gelatinization temperature (GT) which could be divided into a high- and a low-GT group. In the present study, amplified fragment length polymorphism (AFLP) and inter-simple sequence repeat (ISSR) molecular markers were employed to examine genetic diversity and relationships of 56 waxy rice accessions. A total of 358 AFLP fragments were amplified with five primer combinations, showing a high level of polymorphism (78.3%). A total of 190 ISSR bands were generated with a single primer and a primer pair, showing a very high level of polymorphism (92.2%). The genetic distance matrices obtained from the two sets of markers were significantly correlated (r = 0.731, P = 0.004). The dendrogram generated with combined AFLP and ISSR markers could clearly differentiate the indica and japonica groups. Newly released varieties and breeding lines within each subspecies tended to be clustered together, whereas landraces were more distantly placed in the dendrogram. Only one AFLP band was found specific to the indica type, while no specific bands were found for starch GT. The implications for the conservation and breeding of waxy rice are discussed.     

马蹄金ISSR反应体系的正交优化

以CTAB法提取的马蹄金叶片DNA为模板,应用L16(45)正交表系统分析了DNA、Mg2+、dNTP、Taq酶、引物5种ISSR反应成分浓度变化对扩增结果的影响。量化分析结果表明:Taq酶、dNTP不同水平对PCR反应结果有显著影响,正交设计可以应用于ISSR-PCR反应体系的建立,用这种方法建立的马蹄金IS-SR优化反应体系为:1×buffer,25ng模板DNA,1.75mmol/LMg2+,225μmol/LdNTP,0.9μmol/L引物,1.25UTaqDNA聚合酶,总体积20μl。这一优化系统的建立为今后利用ISSR标记技术,研究马蹄金的地理变异提供一个标准化程序。     

红河大翼橙的遗传多样性分析*

 在100个随机引物中选取了13个可扩增出多态性产物的引物,对红河大翼橙6个居群的120个体进行了ISSR扩增,试验结果表明,红河大翼橙居群之间表现出较高水平的遗传分化,为柑橘遗传资源利用和保护方面提供了分子水平上的依据。