基于InDel分子标记的云南地方稻籼粳属性与表型性状相关分析

[目的]明确云南地方稻资源的籼粳属性及籼粳基因频率与表型性状间的相关性,为有效利用云南地方稻资源改良水稻品种提供理论依据.[方法]利用39对InDel籼粳特异性标记对来自云南12个地州69个县区的406份云南地方稻资源进行籼粳属性分析,通过计算云南地方稻资源在39个InDel位点上的籼粳基因频率,确定其籼粳类型;并对倒伏性、芒长、颖尖色、谷粒形状、株高、穗颈长、穗长、有效穗数、剑叶长、剑叶宽、每穗总粒数、每穗实粒数、一次枝梗数、二次枝梗数、千粒重、结实率、谷粒长和谷粒宽等18个表型性状进行调查,分析籼粳基因频率与表型性状的相关性.[结果]406份云南地方稻资源中有303份籼型稻(典型籼稻、籼稻和偏籼),占74.63%,其中典型籼稻77份、籼稻214份、偏籼12份;中间型资源11份,占2.71%;粳型稻(典型粳稻、粳稻和偏粳)有92份,占22.66%,其中典型粳稻36份、粳稻54份、偏粳2份.籼粳基因频率与表型性状的相关分析结果表明,粳型基因频率与穗颈长、谷粒宽、芒长、穎尖色、穗长、剑叶长、每穗总粒数、一次枝梗数、二次枝梗数、谷粒长和谷粒形状等11个表型性状呈极显著相关(P<0.01,下同),其中与谷粒宽(r=0.374)的正相关性最高,与谷粒形状(r=-0.429)的负相关性最高.[结论]云南地方稻资源存在明显的籼粳分化,InDel分子指数法所划分的7种籼粳类型在406份资源中均有出现,且其籼粳属性的分化与多个表型性状存在极显著相关性,尤其与谷粒宽(极显著正相关)和谷粒形状(极显著负相关)的相关性最高.因此,利用云南地方稻资源进行籼、粳稻定向改良及选育时应综合考虑谷粒宽和谷粒形状2个表型性状.     

瑞昌山药遗传多样性及块茎品质变异分析

瑞昌山药是江西省地方名优山药品种,由于长期进行无性繁殖和种植户自留种,品种混杂退化严重,极大影响了瑞昌山药资源保护和可持续利用。对从瑞昌市不同产地收集的12份栽培种和2份野生种瑞昌山药资源进行遗传多样性和块茎营养品质分析。结果表明,12对SRAP引物和11对SSR引物在所有材料中共扩增出50条多态性条带。不同产地材料间存在一定的遗传差异,遗传相似系数在0.415～0.964之间。UPGMA聚类分析表明,当遗传相似系数为0.530时,可将14份瑞昌山药材料分为两类,第Ⅰ类包括12份栽培种,第Ⅱ类包括2份野生种;当遗传系数为0.735时,可将12份栽培种分为3个亚类。品质分析结果表明,不同产地瑞昌山药材料品质指标间的变异系数差异较大,其中纤维素的变化范围最大,变异系数为54.28%,还原性糖的变异系数最小。主成分分析结果表明,瑞昌夏畈镇产地的山药品质较优,适于进一步系统选优和提纯复壮。     

利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子纯度

利用SSR分子标记技术对西瓜‘W1806’与甜瓜‘M1805’各3个批次及其亲本间的多态性进行引物筛选和种子的纯度鉴定。结果表明,在28对西瓜的SSR引物中,有5对引物在西瓜‘W1806’的F1代与亲本之间有很好的多态性。其中BVWS00839引物特异性好,条带清晰,父母本条带间隔明显,即作为3个批次的西瓜纯度鉴定的引物,其鉴定纯度分别为99.47%、98.96%和97.92%;在18对甜瓜的SSR引物中,只有1对CMBR052引物在F1代扩出的条带为典型的双亲互补型条带,故用该引物对甜瓜进行纯度鉴定,其纯度分别为97.90%、96.80%和97.40%。与田间鉴定结果的吻合率都在98%以上。这2个材料的吻合率说明SSR分子标记技术对西瓜和甜瓜纯度鉴定结果都是可靠的。     

氘标记稻瘟酯的合成及其杀菌活性

氘标记农药作为探针或者内标在农药代谢、毒理研究或者农药残留分析中发挥着重要作用。由于动力学同位素效应,C-D键比C-H键更为稳定,因此氘标记农药可能具有更长的半衰期,以及对非靶标生物更小的毒性。稻瘟酯是一种对水稻恶苗病和稻瘟病有良好防治效果的农用杀菌剂。本项研究利用单电子转移还原氘化反应和氘标记中间体,成功合成了4个不同位点被选择性氘代的稻瘟酯,其中3个化合物未见文献报道,并对其进行了杀菌活性测试。离体杀菌活性测试结果显示,上述4种氘代稻瘟酯对水稻稻瘟病菌和水稻恶苗病菌均具有良好的生物活性,与未被标记的稻瘟酯无显著差异。氘标记稻瘟酯未来可作为代谢、毒理研究的探针及农药残留分析中的内标。     

分子标记辅助选择改良水稻恢复系香5的病虫抗性

香5是由湖北省农科院选育的优质两系杂交稻恢复系,所配组合广两优5号(广占63-4S/香5)于2013年通过了湖北省审定.利用回交和分子标记辅助选择技术,将供体亲本MD12086-1351中的抗稻瘟病基因Pi9、抗褐飞虱基因Bph14、Bph15和抗白叶枯病基因Xa23渗入到香5背景中,育成了3个同时携带Pi9、Bph14、Bph15和Xa23基因的新株系.鉴定结果表明,新株系的叶瘟抗性明显提高,穗颈瘟抗性部分提高,苗期抗褐飞虱,分蘖盛期高抗白叶枯病;产量、主要农艺性状、香味和稻米品质主要指标与香5相似.新株系所配的组合在产量、主要农艺性状上与香5所配的组合相似.表明新株系可以作为香5的替代系用于培育抗稻瘟病、抗褐飞虱和抗白叶枯病的两系杂交稻新组合.     

中国樱桃InDel标记开发及其在蔷薇科果树中通用性评价

对栽培和野生中国樱桃进行De novo基因组测序和比对,在全基因组范围内检测筛选出50 617个InDel位点,并挑选均匀分布的200个标记进行验证,其中,27个标记在中国樱桃种内表现出多态性。利用多态性标记,对不同来源的192份中国樱桃（168份栽培和24份野生）种质进行基因型分型,共检测到60个等位基因（N_a）,平均每个标记2.2个;基因多样性指数（H_s）为0.010 ~ 0.500,平均0.239;多态性信息含量（PIC）为0.010 ~ 0.375,平均0.198,表明中国樱桃遗传基础相对狭窄。根据聚类结果和地理分布将192份中国樱桃种质大致划分为5个群体。筛选出在蔷薇科李亚科樱属、李属、桃属、杏属、苹果亚科梨属、苹果属和蔷薇亚科草莓属、悬钩子属等重要果树共8个属156个个体中表现出较好通用性标记34个。物种与中国樱桃亲缘关系越近,InDel标记的多态性越高。     

基于荧光SSR标记的毛白杨核心种质构建

  目的  研究毛白杨核心种质的取样策略,在进行相应的遗传分析基础上,构建核心种质,分析其遗传多样性,为毛白杨种质资源库建设、引种和新品种选育提供科学依据,亦为其他树种核心种质构建提供参考。  方法  基于16对荧光SSR引物,利用毛细管电泳技术分析272份毛白杨和白杨杂种种质不同取样比例的遗传多样性参数。根据期望杂合度,计算每个样品对总体遗传多样性的贡献值,然后对所有样品根据贡献值从大到小进行排序。通过比较贡献率最高的前50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%和15%取样比例获得的平均有效等位基因数（Ne）、平均Shannon信息指数（I）、平均期望杂合度（He）等,分析核心种质的代表性,确定其合适的取样比例。  结果  随着取样比例的降低,Ne、I和He值均在升高,均大于原始种质相应数值,而且He值均大于0.5,表明具有丰富的遗传多样性,而原始种质的He值小于0.5。按照25%取样比例,得到前68名种质,其中包含18份杂种种质以及所有省份选出的部分优异种质。所得到的Ne、I和He分别是2.761、1.094和0.539,均大于原始种质的相应值2.075、0.825和0.432。t检测结果表明,核心种质与原始种质的遗传多样性无显著差异,表明这68份种质在遗传多样性方面具有可靠的代表性,可以作为核心种质。北京的种质与河北的种质遗传一致度最高,为0.997;与山西次之,为0.990。  结论  毛白杨核心种质的最佳取样比例是25%,最佳取样范围为20% ~ 40%,如果种质资源数目较大,可以适当降低至15%,如果基数较小,可以升高至45%。He、Ne、I等均表明这些核心种质具有丰富的遗传多样性。杂种种质遗传变异丰富,聚合了亲本的优良等位基因,首次从分子水平证明了杂种种质是毛白杨遗传改良的重要育种资源。建议相关部门或者育种者要高度重视白杨杂种种质的收集、保存和再利用。      

39个木槿品种亲缘关系SRAP分析

【目的】从分子水平确定39个品种木槿亲缘关系,为木槿品种鉴定、品种保护及杂交育种提供理论依据。【方法】使用SRAP法扩增39个木槿(Hibiscus syriacus)品种DNA条带,根据人工读带结果,利用UPGMA法进行聚类分析,得出了39份木槿样本的亲缘关系。【结果】从256对SRAP引物中筛选了10对引物组合,共扩增88条条带,平均每对引物组合扩增8.8条条带,其中多态性条带共72条,多态位点百分率(PPB)为81.81%。39个木槿品种等位基因数(N_a)为1.181 0,有效等位基因数(N_e)值为1.597 0,Nei's基因多样性指数(H)为0.332 8,Shannon's信息指数(I)为0.428 7。在遗传距离为0.759处,39份木槿样本被分为5类。【结论】不同木槿变型及变种之间的遗传距离较远,不同木槿品种之间遗传距离相对较近,木槿亲缘关系远近与木槿表型性状之间存在一定联系。     

桃流胶病研究进展

桃流胶病是影响桃产业健康发展的重要因素之一,危害桃树枝干及果实,严重时导致树体整株死亡,给我国及世界桃产业造成严重危害。桃流胶病分为侵染性真菌病害和生理性病害两种,主要发生在高温高湿地区,在我国长江以南地区尤为严重。因其发病原因复杂,目前仍存在防治难、效果差的问题,重茬或管理粗放的果园发病率可达90%以上,可造成桃产量降低40%左右。本文综述了桃流胶病的发病症状、发病规律、病原菌分离鉴定及抗病机理研究,指出了选育抗流胶病新品种及分子标记辅助育种技术在未来桃育种中的重要性。     

InDel标记及其在食用菌研究中的应用与展望

InDel分子标记是指同一物种不同个体或亲缘关系较近物种的同源序列或基因组相同位点的序列中存在不同数量碱基的插入(insertion)或缺失(deletion)。InDel具有数量多、扩增产物稳定、多态性高、易于检测等优点,目前在农作物分子标记辅助育种研究中已取得了重要进展,但在食用菌研究中报道较少。综述InDel标记的产生机制和特点,及其在食用菌中构建遗传图谱的应用,对性状和基因进行标记、定位以及遗传多样性研究,并展望其发展和应用前景。