黄秋葵基因组DNA提取及鉴定

黄秋葵细胞内含有丰富的果胶类多糖等次生物质,降低了从中提取总DNA的产量和质量。为了获得高质量的基因组DNA,采用改进的十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法进行提取,并对总DNA进行了纯度和浓度的鉴定。结果表明,改良的CTAB法可有效去除次生物质对DNA的干扰,降低DNA的粘稠度,样品DNA的质量和纯度较高,可用于随机扩增多态性DNA（RAPD）扩增等分子标记分析。     

甘蓝型油菜与黑芥种间杂种基因组亲缘关系研究

以甘蓝型油菜和黑芥为亲本,采用人工杂交并结合胚培养合成了A、B、C三基因组杂种。基因组原位杂交结果显示,在花粉母细胞减数分裂终变期,B基因组染色体以0.41~0.90的频率形成同配二价体,A、C基因组染色体以4.25~5.94频率形成二价体,B基因组与A、C基因组间形成异配二价体的频率在0.96~1.65之间,B基因组与A、C基因有较远的亲缘关系;减数分裂后期I染色体分离极不规律;B基因组染色体分离表现为多样性,2∶6极端分离方式以19%的比例出现;落后染色体、染色体桥及非四分孢子都在减数分裂过程中出现,极端异常的减数分裂是导致花粉不育的重要原因。     

山东小毛驴全基因组选择信号检测

为研究不同驴品种间的群体分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘山东小毛驴(SDL)重要性状相关的候选基因,基于山东小毛驴和德州驴的三粉类群(DZS)、德州驴的乌头类群(DZW)、广灵驴(GL)以及华北驴(NC)等5个驴群体共计60个个体全基因组重测序数据,利用群体遗传分化系数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)...     

鱼类弹状病毒分子生物学研究动态

鱼类弹状病毒(Fish rhabdovirus)是一类引起鱼及其他水生动物致死性和流行性病害的重要病毒病原。对鱼类弹状病毒基因组的结构和功能研究,是深入探讨这类病毒感染和致病机理、研制病毒疫苗及诊断试剂的理论基础。本文就鱼类弹状病毒的基因组结构,包括N基因、P基因、M基因、G基因、NV基因、L基因及编码的相应蛋白、3′前导区和5′拖尾区、基因连接区等的组成及功能的研究进展作一综述,旨为抗病毒疫苗的研制及建立准确高效的检测方法提供借鉴。     

杨梅全基因组的GATA转录因子鉴定、功能及进化分析

对杨梅GATA转录因子进行全基因组鉴定,并预测其理化特性、染色体定位、基因结构、蛋白保守序列等基本特征.结果表明,26个GATA转录因子随机分布在8条染色体上,共分为4个亚家族,并且各亚家族的成员在保守基序、结构域及基因结构上均存在一定的差异性.物种共线性结果表明,基因复制和片段性的重复事件可能是部分MrGATA演变的主要驱动力,MrGATA在不同组织和发育时期的表达数据说明各亚家族之间也存在功能上的差异.根据顺式作用元件及表达模式推测了GATA转录因子家族成员的功能.这些数据为探究杨梅MrGATA功能以及分子育种提供了依据.     

重寄生拟盘多毛孢cr013菌株聚酮合酶基因的多样性分析

本研究通过基因组挖掘的方式首次从重寄生拟盘多毛孢cr013菌株中获得了聚酮合酶(polyketide syn-thase,PKS)基因,并利用NCBI、CDD、Clustal W、MEGA 7.0等生物信息软件对获得的PKS基因进行功能预测,挑选相似性较高、结构和功能已知的非还原型crPKS3基因和还原型crPKS12...     

一株河鲈源致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株的全基因组测序及比较基因组分析

致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌,其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治.本研究基于IlluminaPE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序,对测...     

宏基因组测序技术在入海排污口污水监测中的研究进展

陆源污染主要通过入海排污口排入海洋,入海排污口排放的污水严重损害海洋生态安全,因此,加强入海排污口的污水监测非常重要。入海排污口污水主要包含化学污染物和生物污染物两大类,其中,生物污染物包括致病性细菌、病毒、有毒藻类和抗生素抗性基因(ARGs)等。近年来,生物污染物的种类和排放量不断增多,其检测要求和难度亦越来越大,客观上要求研发一种涵盖以上所有生物污染物的检测技术。宏基因组测序技术可以检测特定环境下所有生物遗传物质的丰度变化,是污水监测的理想解决方案。本文阐述了宏基因组测序技术的发展历程,从污水中致病性细菌、病毒、有毒藻类和ARGs的丰度与动态变化角度,综述了宏基因组测序技术在入海排污口污水中生物污染物监测的应用进展,结合团队前期研究和工作实践,重点阐述了基于宏基因组测序技术的入海排污口污水风险评估工作流程,并针对目前研究中存在的问题,提出了基于绝对定量宏基因组测序技术和定量预测模型,实时预测相关疾病的疫情规模,从而构建污水监测预警体系,以期为保障公共卫生安全和海洋生态环境安全提供理论参考和技术支撑。     

新型鸭肝炎病毒FS株全基因组序列分析

本试验参考GenBank中已公布的新型鸭肝炎病毒全基因组序列,应用Primer Premier5．O软件,在序列保守区域分别设计了7对引物,通过RT-PCR方法对本实验室已鉴别纯化的新型鸭肝炎病毒Fs株进行了分段扩增,经过测序拼接整理,获得Fs株全基因组序列（GenBank中登录号为EU877916）。序列分析表明,Fs株全长7792个碱基,一个大的开放阅读框编码2251aa。将各基因与国内外已发表的新型鸭肝炎病毒参考毒株进行相似性分析,结果表明,与G株（GenBank登录号为EU755009）核苷酸相似性最高,为99．2％,而FS株与G株和C—GY株（GenBank登录号为EU352805）的氨基酸相似性最高,均为99．6％,与DHV—HS株和DHV-HSS株的相似性最低,均为83．6％。系统发育树分析发现,与G株亲缘关系最近。     

一株石油降解菌Aquabacterium olei NBRC 110486的基因组完成图及分析

Aquabacterium olei RBRC 110486是一种新发现的具有降解石油能力的革兰氏阴性菌.为进一步探究该菌株降解石油的分子机制,挖掘菌株可能存在的生物功能,本研究使用PacBio高通量测序技术对其进行全基因组测序,基于完成图进行基因预测、功能注释以及次级代谢产物合成基因簇预测.该菌株基因组大小为3890...