鸟巢蕨转录组高通量测序及分析

采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对鸟巢蕨转录组（Asplenium nidus）进行测序,共获得29 254 595个序列读取片段（reads）,包含了5 908 586 517个碱基序列（bp）信息。对reads进行序列组装,共获得42 907个单基因簇（Unigene）,平均长度936 bp,序列信息达到了40.16 Mb。数据库中的序列同源性比较表明,24 993个Unigene与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨转录组中的Unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类51个分支,其中有大量的Unigene与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将Unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为24类。KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支。SSR位点查找发现,从42 907个Unigene中共找到6 067个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。针对这些序列,设计了20对引物进行了扩增效率和多态性检测,其中7对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。     

RNA干扰技术及其在寄生线虫基因功能研究中的应用

介绍了RNA干扰（RNAi）的概念、线虫中RNAi的作用机理、RNAi的三个分子特性，即可遗传性、转移性RNAi的放大效应和RNAi信号的传播特性。从模板dsRNA的获取、dsRNA的导入和线虫中RNAi效应的检测方法三个方面概述了应用RNAi技术研究线虫基因功能的试验方法和最新进展。     

中药植物川牛膝基因组从头测序及分析

川牛膝是我国重要大宗药材,但近年来品质退化严重,品种真伪混杂。为深入研究川牛膝有效成分积累的分子基础,采用第二代测序技术利用Illumina Hi-seq 2000测序平台对川牛膝进行全基因组测序,使用AByss进行初步组装,得到一个包含大量基因组序列信息的数据集,并对其进行重复序列及编码序列注释。在该测序结果基础上,初步预测得到川牛膝体内甾体合成途径,并对鉴定川牛膝真伪的SCAR分子标记进行了初步定位,为研究川牛膝主要有效成分杯苋甾酮的合成途径,改良川牛膝品质提供了基础。     

家蚕核型多角体病毒ie0基因对病毒复制和转录的影响

ie0基因是家蚕核型多角体病毒(BmNPV)的一个晚期基因,该基因编码氨基酸序列的高度保守性及多种结构域提示其在病毒感染过程中的重要性。利用Red同源重组技术,分别对BmNPV ie0基因编码不同结构域的序列以及完整序列进行敲除构建ie0缺失型病毒,以野生型病毒为对照,研究ie0序列完全或部分缺失对病毒转录、复制及对宿主细胞致病能力等方面的影响。结果表明ie0基因完整序列或编码各结构域的序列缺失后均会对病毒产生不同影响:宿主细胞中完全缺失型和部分缺失型病毒滴度均有不同程度降低;完全缺失型和部分缺失型病毒基因组的拷贝数均与野生型病毒无显著差异;部分缺失型病毒的晚期和极晚期基因转录水平变化与ie0基因完全缺失型病毒相一致,均显著低于野生型病毒,并且缺失锌指结构域编码序列的影响最为明显。MTT检测结果也显示ie0基因完全缺失后病毒对宿主细胞的致病能力有所下降。亚细胞定位显示IE0蛋白在细胞质、细胞核中均有分布,但主要位于细胞质。综上所述,ie0基因为BmNPV病毒增殖、基因组复制的非必需基因,但对病毒晚期和极晚期基因的转录具有调控作用,影响最为显著的为锌指结构域的编码序列,且该基因的缺失会导致病毒对宿主细胞的致病能力有所下降。     

一株河鲈源致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株的全基因组测序及比较基因组分析

致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌,其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治.本研究基于IlluminaPE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序,对测...     

植物DREB转录因子研究进展

DREB转录因子在植物的非生物逆境胁迫(干旱、低温、高盐)中起着举足轻重的作用。综述了植物DREB基因的结构、功能及其克隆,并对DREB基因在植物抗逆基因工程方面的应用及其今后的研究方向进行了预测和展望。     

植物TIR1/AFBs基因家族研究进展

TIR1/AFBs基因家族是一种存在于细胞核中的生长素受体,属于F-box蛋白基因中的一个小亚族。它们通过与相关生长素相结合活化转录因子来促进基因的表达,从而进行调控,是生长素信号转导过程中的关键部分。为了深入研究生长素信号转导机制,从TIR1/AFBs基因家族的发现与结构,家族成员表达模式的差异及对植物生长发育方面的调节等方面概括介绍了TIR1/AFBs基因家族的分子调控机制,总结了TIR1/AFBs基因的功能。最后探讨了TIR1/AFBs基因的研究方向。     

农谚注解

<正>“田间管理如绣花,功夫越细越到家”。庄稼人从事田间管理要做到一丝不苟,从播种到收获一环扣一环,环环紧扣,精细操作,才能获得好收成。“头年芝麻二年瓜,三年玉米长得大”。指轮作换茬的好处,无论种什么作物,连作2年以上,前茬作物吸收营养不同,土壤有效成分残缺或奇缺。如头年种芝麻,残留根系有利于第二年种瓜类作物,丰富的有机质含量,改良了土壤通透性,所以也有利于玉米生长。还有“豌豆小麦轮流种,九成     

德宏奶水牛PRL基因克隆、分子特征及组织差异表达分析

【目的】分离鉴定德宏奶水牛催乳素(prolactin,PRL)基因,并分析其分子特征和组织m RNA表达差异。【方法】采用PCR技术对德宏奶水牛PRL基因完整编码序列(CDS)进行分离鉴定,并利用生物信息学方法和半定量RT-PCR技术分别对水牛PRL进行分子特征以及泌乳期和非泌乳期的组织差异表达分析。【结果】水牛PRL基因CDS长690 bp,编码229个氨基酸。水牛PRL蛋白为亲水性分泌蛋白,无跨膜结构域,含有1个信号肽序列(AA1～30)、5种功能修饰位点和1个prolactin＿like结构域(AA32～229),且参与了JAK-STAT和PI3K-AKT-mTOR信号通路。PRL的转录区结构及其编码蛋白的结构和保守结构域在牛科物种中高度相似。水牛PRL基因在所检测的11个组织中均有表达,其中,在乳腺中的表达量呈泌乳期极显著高于非泌乳期(P<0.001)。【结论】水牛PRL与其他牛科物种的PRL功能一致。PRL参与JAK-STAT和PI3K-AKT-mTOR乳蛋白合成信号通路,且水牛PRL在乳腺和肺脏等多种组织中均发挥功能,推测其参与水牛乳蛋白和乳脂合成。