赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析

[目的]找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据.[方法]采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析.[结果]在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exonl-C829T、Exon1-C921T、Intron 1-A 1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G(非编码区).利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因mRNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加.赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65%、55.31%、3.41%和14.63%.[结论]Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一.     

关中母马血清白蛋白位点与受胎率关系的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，测定了３８匹关中母马血清白蛋白遗传多态性，结果证实了ＡＬｂ位点不同基因型与受胎率的关系，发现ＢＢ型母马的第１个情期受胎率极显著的高于ＡＡ型和ＡＢ型；Ｂ基因为优势基因，Ｂ基因对Ａ基因的替代效应为８．３６％，最后制定出优势基因Ｂ对基因型育种值的回归方程。     

Cre/loxP定位重组系统在植物雄不育和杂种优势中的利用研究

Cre—loxP是来源于噬菌体P1的一种位点特异性重组系统。目前，它已广泛应用于基因功能鉴定，动植物及微生物基因组的修饰以及基因的表达和调控。雄性不育系在杂种优势的利用中具有重要意义。本实验是以Cre—loxP系统调控细胞毒素基因barnase在植物雄性器官发育的特异时期在特异组织表达，从而达到控制植物育性的目的。1．在本实验中，通过PCR方法克隆了解淀粉芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens的barnase基因，及其抑制因子barstar的DNA序列，同时，构建成功双元表达载体及基因枪转化载体，并已获得经分子险测呈阳性的小麦植株。2．osg6B是来源于水稻花药绒毡层的特异性的启动子，它在小孢子发育的四分体时期至单核花粉期在花药绒毡层中特异启动基因的表达，它具有较为严紧的时空特异性。以osg6B为启动子，构建了一组受控于Cre／loxP位点特异性重组系统的适用于基因枪法转化小麦的载体系统。其中，转不育基因(og6B—barnase)小麦植株生长正常，但开花后，花粉量明显减少，自交不能得到正常种子。进行花粉活力检测发现，转基因小麦大部分花粉表现为败育。花粉离体萌发试验表明，转不育基因小麦的花粉离体萌发率极低，几近败育。说明以osg6B驱动barnase在小麦花药中的表达可以导致雄性不育。3．以osg6B为启动子，构建了一组受控于Cre／loxP的用于控制双子叶植物育性的双元表达载体系统。以转cre基因的烟草作为受体，以含阻断序列的质粒农杆菌进行二次转化。二次转化株营养生长正常，但开花期花器官表现异常。具体表现为花瓣异常开裂或不开裂，花丝变短或粘连，花药提早萎蔫或异常开裂。推测这种现象的出现与启动子的组织特异性或barnase的渗露表达有关。4．二次转化株花粉染色因不同株系出现全部败育、部分不育和多数可育的情况。花粉离体萌发实验也得到了相似的结果。这说明通过筛选，利用Cre／loxP得到完全不育的植物株系是完全可行的。5．获得了9个barnase的突变体，初步推测第十四位氨基酸及第八十位氨基酸与核糖核酸酶活性有关。同时，发现barnase的第316位核苷酸序列为易突变位点，自然发生的突变多插入一个C，从而产生终止位点的改变。这或许会为今后barnase的克隆与利用提供一些参考。     

Hapseeker:一个分析单倍型的C++程序(英文)

The C++ program: Hapseeker was developed to analyze DNA or RNA sequence, besides, Hapseeker could be used to identify haplotype, calculate frequency of each haplotype as well as find variable site quickly. Moreover, Hapseeker had many advantages such as simple operation, rapid running speed and high accuracy.     

西瓜抗枯萎病基因同源序列的克隆与分析

本研究根据已克隆的抗枯萎病基因的NBS保守结构域设计了22条上游简并引物和17条下游简并引物,以西瓜抗枯萎病种质PI296341-FR和感枯萎病品种97103为材料,获得了7条来自基因组DNA的RGA序列（GenBank登录号：DQ156558-DQ156564）,均含有NBS保守区的P-环、kinase-2或kinase-3等抗病基因的特征序列结构,所编码的氨基酸序列与已知抗枯萎病基因Fom-2、I2C-1、I2C-2和I2等编码的氨基酸序列表现出11%～72%的同源性,其中来自PI296341-FR的RGA序列175R1与甜瓜抗枯萎病基因Fom-2的同源性最高,为72%。来自PI296341-FR与97103的RGA序列之间同源性较高（73%～97%）,证明了抗病基因在进化上的保守性。     

藏猪与大约克夏猪Mx1基因CDS区多态性及生物信息学分析

为了解藏猪与大约克夏猪Mx1基因编码序列(coding sequence, CDS)多态性,试验选择健康的成年(180日龄以上)大约克夏猪20头和藏猪30头为试验动物,采用PCR法扩增两个猪群的Mx1基因CDS区,测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs),采用生物信息学方法分析Mx1基因CDS区编码蛋白质的理化性质、疏水性、磷酸化位点、二级结构、三级结构和与其他蛋白质的相互作用,分析SNPs位点对Mx1基因编码蛋白的上述指标的影响。结果表明：在藏猪Mx1基因CDS区存在C867G、A923C、A1241G和C1324A 4个SNP位点,在大约克夏猪中存在A1241G和C1324A 2个SNP位点;其中C867G、A923C和A1241G位点属于错义突变,分别使第289位由天冬氨酸变为谷氨酸,第308位由谷氨酸变为丙氨酸,第414位由赖氨酸变为精氨酸;C1324A为同义突变。Mx1基因CDS区共编码663个氨基酸,编码蛋白质呈酸性、亲水性,二级结构以α螺旋为主;共有55个磷酸化位点,其中有37个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,13...     

首次发现猪产仔基因点

只需对基因点进行检测．就可以分辨出哪头母猪天生是英雄母亲。哪头母猪很难高产稳产。武汉市农科院畜牧兽医科研所张淑君博士历经3年，通过研究多个品种母猪的基因位点与母猪产仔数量、仔猪生长情况之间的关系．在世界上首次发现2个与产仔数量相关的分子标记。即ES—RB和SWR1101。     

禽流感病0毒血凝素保守氨基酸对其受体结合位点的影响

采用PCR定点突变技术,对H5N1亚型禽流感病毒的血凝素HA基因受体结合位点相关的保守氨基酸分别进行以下位点的定点突变:35位K→R、45位D→N、98位Y→F、193位K→R和267位A→T,构建突变表达载体pCI-HA,转染293T细胞进行瞬时表达.流式细胞检测结果显示:193位K→R的突变体的HA的表达显著增加;98位Y→F突变体的HA的表达受到显著抑制.同时,血球吸附试验表明,同→HA突变体吸附鸡红细胞和马红细胞时,显示出不同的红细胞吸附能力.因此,受体结合位点相关的193位和98位的保守氨基酸不仅对受体结合位点结构域的形成有影响,它们还在决定AIV感染的宿主特异性中具有重要的作用.     

马立克氏病病毒可关闭宿主抗肿瘤调控基因表达

英国爱丁堡大学的科学家针对马立克氏病病毒(MDV)的基因表达,研究了鸡的抗性和敏感品系针对MDV的宿主反应,2个品系间的内在差异表达以及宿主感染后病毒基因表达变化。研究人员在MDV感染4d后发现了一个新的发病机制,包括HIC1在内的转录因子结合位点出现基因表达下调。     

扬州江都区鸡白丽沙门菌的基因型及耐药性分析

试验旨在研究扬州江都区鸡白痢的流行情况以及菌株的耐药情况.采用沙门菌属特异性PCR、血清学试验、鸡白痢沙门菌/鸡伤寒沙门菌鉴别PCR、多位点序列分型等方法以及药敏试验,对临床分离的疑似鸡白痢沙门菌进行了系统鉴定.结果 表明:经属特异性PCR方法鉴定59株沙门菌的血清型均为9,12:-:-;鉴别PCR显示,59株菌均为鸡...