基于卷积神经网络的锌结合蛋白质作用位点预测方法研究

金属离子锌与蛋白质结合具有重要的生物学功能,传统的生物实验测定和机器学习预测方法具有成本太高、费时费力以及预测准确率低等问题.利用深度学习相关技术,基于蛋白质序列特征,设计基于深度卷积神经网络的锌结合蛋白质作用位点预测模型.实验结果表明:1)新提出的预测方法中马修斯相关系数(MCC)提高了近5％,其他性能如指标召回率、...     

甘蓝型春油菜早花位点加密及位点聚合创建优异早花资源

前期在甘蓝型春油菜NNDH群体中定位到cqDTFA7a和cqDTFC82个早花主效QTL,分别开发了与cqDTFA7a紧密连锁的SSR标记G1803、InDel标记IA7-4,以及与cqDTFC8紧密连锁的SSR标记S035。本研究在此基础上构建了早花QTL位点cqDTFC8的BC2F2群体,进一步对该位点加密,开发了与cqDTFC8紧密连锁的标记SNP11。利用开发的与两个位点紧密连锁的4个标记对93个甘蓝型春油菜自然资源进行早花基因型鉴定,从中筛选出含有cqDTFA7a位点的资源3164和2216,含有cqDTFC8位点的资源3484和2857,两位点资源之间两两正反杂交进行位点聚合。通过小孢子培养和标记辅助选择快速获得聚合DH系,筛选出性状优良且早花的聚合系与波里马细胞质雄性不育系配置杂交组合,连续2年多点进行测产试验,对聚合系利用价值进一步分析。cqDTFC8加密结果显示,该位点被定位于SNP11和SNP12区间中,与SNP11共分离。自然资源早花基因型鉴定结果显示,含有cqDTFA7a位点的单株50个,平均初花期58.1 d,含有cqDTFC8位点的单株16个,平均花期58....     

水稻淀粉合成代谢相关基因与千粒重QTLs的连锁分析

稻米淀粉的合成和积累是水稻千粒重形成的重要基础之一。在水稻千粒重QTLs定位分析基础上，对本研究克隆的14个水稻胚乳淀粉合成与积累相关基因及已报道的和预测的42个相关基因进行了电子定位分析，比较水稻淀粉合成代谢相关基因与千粒重QTLs的连锁关系。发现有38个基因位点与千粒重QTLs连锁，说明千粒重形成与胚乳淀粉积累与淀粉结构形成代谢密切相关。本研究结果将为进一步研究水稻产量形成的分子机理提供参考。     

根据个体间蛋白质多位点基因型的比较分析中国黄牛的遗传关系

现行群体间遗传距离的度量方法都以等位基因频率的计算为依据，这些方法的缺点之一是在位点不多，多态笥不高时要求群体有较大的取样个体数目，另外，这些方法所建造的树素图不能反映群体是由混血引起还是由长期进化引起这一问题，针对这些问题，本文提出了以个体间蛋白质多位点基因型比较为基础的群体间遗传距离和群体内基因杂合度的度量方法，以十个主要中国黄牛群体的遗传关系分析为例，比较圆满的解决了上面几个问题。     

多年生黑麦草叶片长度数量性状位点(QTLs)研究

选择固定有益等位基因,研究多年生黑麦草叶片长度数量性状位点,结果表明:与叶长最为相关的3个标记所表达的变异占表型总变异的50.9%(r2);在选择中如能将这3个标记最优化地组合在一起,其综合共同作用有望使叶片长度延长和缩短26 mm;鉴于供试材料在最初3个世代的群体选择中所估测到叶片长度的遗传力为0.32,这样在今后的选择工作中,即使只使用现有的两个标记,其效果亦优于传统的表型选择法.     

DNA甲基化标记及其在猪生产上的研究进展

<正>表观遗传学是在不影响DNA序列变化的前提下,而发生的可遗传基因表达的变化[1]。DNA甲基化是重要的表观遗传学现象之一,它的主要作用是通过与转录因子相互作用或者改变染色质的结构来抑制基因的表达[2],启动子区和转录起始位点的DNA的甲基化作用尤其突出,DNA甲基化参与生命体活动的很多过程,目前检测DNA甲基化     

牛肿瘤坏死因子样凋亡微弱诱导剂及其受体成纤维细胞生长因子诱导早期反应蛋白14的分子结构与特性研究

本试验分离了编码肿瘤坏死因子样凋亡微弱诱导剂(TWEAK)及其受体成纤维细胞生长因子诱导早期反应蛋白14(Fn14)的全长cDNA,用生物信息学分析其基因结构、功能、进化关系、并预测其结合位点及三维结构。实时定量PCR(Q-PCR)结果发现,TWEAK和FN14在牛的多种组织中为组成型表达。用酵母双杂交对牛TWEAK和Fn14的相互作用进行了分析,结果发现,TWEAK-FN14通路在进化上高度保守。这将有助于开展TWEAK/Fn14系统在这个重要动物模型中的生物学作用的研究从而对TWEAK和Fn14家族的分子进化进行更深入的了解。     

猪产仔数性状侯选基因的研究进展

综述了猪产仔数性状候选基因或数量性状位点 (QTL)的研究进展。结果表明视黄酸受体γ基因、视黄醇结合蛋白 4基因、osteopontin基因和催乳素受体基因对猪窝产仔数有显著影响。猪产仔数性状的QTL位于 4号、 6号、 8号、1 5号染色体上。     

NDV融合蛋白裂解位点基因的重组昆虫杆状病毒表达载体的构建与鉴定

将新城疫病毒（ＮＤＶ）Ｆ４６Ｅ９株和ＬａＳｏｔａＥ４株的融合蛋白裂解位点（Ｆｃ）基因从本实验室构建的重组质粒ｐＵＣＦ４６Ｆｃ和ｐＵＣＬａＦｃ中用ＥｃｏＲＩ和ＳａｌⅠ切出。将这２个毒株的Ｆｃ基因定向克隆入昆虫杆状病毒表达载体ｐＳＸＩＶＶＩ＋Ｘ３的ＥｃｏＲＩ和ＳａｌⅠ位点之间，获得２个毒株的Ｆｃ基因克隆ｐＸ３Ｆ４６Ｆｃ和ｐＸ３ＬａＦｃ。重组质粒用ＥｃｏＲＩ／ＳａｌⅠ、ＰｓｔⅠ酶切法、ＰＣＲ和核酸探针法进行了鉴定，证明插入的基因来自ｐＵＣＦ４６Ｆｃ和ｐＵ－ＣＬａＦｃ，插入的位置和方向都正确。这２个载体的构建为Ｆｃ基因在昆虫细胞系统的表达创造了条件。