Identification of marine algicidal Flavobacterium sp. 5 N-3 using multiple probes and whole-cell hybridization

ABSTRACT: We designed five 16S rRNA-targeted oligonucleotide probes (Sp probes) specific for Flavobacterium sp. 5 N-3, which inhibits the growth of red tide phytoplankton Gymnodinium mikimotoi (Dinophyceae). These probes were evaluated by whole-cell hybridization against 5 N-3 cells incubated under laboratory conditions. The fluorescence signal from the cell detected with Sp probe mix5, a mixture of the five probes, was 8.4-fold higher than that obtained with only one Sp probe (Sp01RF). The signal obtained by this method was strong enough to recognize 5 N-3 cells and count them under the epifluorescence microscope, while the signal was often undetectable when a single probe was used. Fluorescence intensities of cells at stationary phases and of 'starved' cells in sterile seawater using Sp probe mix5 were low but still sufficient for enumeration. These Sp probes did not hybridize with 11 strains from the Cytophaga/Flavobacteria/Bacteroides phylum and did react with strain 5 N-3 following whole-cell hybridization. These results show that 5 N-3 cells cultivated under our laboratory conditions can be detected by whole-cell hybridization with the five designed probes. These data also suggest that this technique may be useful for detection of an algicidal bacterium 5 N-3 in the natural environment.     

抗福美双假单胞菌株的NTG化学诱变及分子探针鉴定

利用微生物的抗药性筛选抗福美双的假单胞菌株Ｔ４６，然后通过亚硝基胍（ＮＴＧ）化学诱变获得了对福美双敏感的三株突变株Ｔ４６Ｎ１０、Ｔ４６Ｎ７和Ｔ４６Ｎ１７。利用这三个突变株作受体，通过基因克隆的方法筛选到了可使三个突变株恢复抗性的克隆，抗性基因分别被定位在７ｋｂ、２．５ｋｂ和２０ｋｂ的ＥｃｏＲⅠ片段上。将这三个克隆分别用（３２）Ｐ标记后制成分子探针，然后分别与三个突变菌株的总ＤＮＡ进行ＤＮＡ－ＤＮＡ分子杂交，结果表明，各突变株均存在与菌株Ｔ４６的抗福美双基因克隆的高度同源性，经结合形态、生理生化等分析后证实这三株突变株均源自于出发菌株Ｔ４６。     

用生物素标记核酸探针检测鸭瘟病毒DNA的研究

用生物素-11-脱氧尿苷三磷酸(Biotin-11-dUTP),通过缺口平移法标记提纯的鸭瘟病毒 DNA,制备生物素化鸭瘟病毒 DNA 全基因组探针;以斑点杂交检测固定在硝酸纤维膜上的样品鸭瘟病毒 DNA 同源序列,杂交后用亲和素-碱性磷酸酶孵育,底物显色,阳性反应呈蓝紫色斑点。试验结果表明,生物素标记核酸探针可检出10pg 提纯的鸭瘟病毒DNA,并检出稀释10~5倍和肝组织鸭瘟病毒 DNA;对鸡马立克氏病毒 DNA,鸡痘病毒DNA 和噬菌体 DNA 无杂交反应;对鸭瘟病毒弱毒 DNA 产生微弱杂交。该技术具有快速、敏感、特异和无放射污染等优点。     

μ值对γ透射法测定土壤含水量精度影响

水的质量吸收系数μ在γ透射法测定土壤含水量中起着重要的作用,它直接影响着含水量的测量精度。本文通过室内试验研究了影响μ值的各种因素,如探头屏蔽状况、探头与放射源间的距离,放射强度以及被探测物体的厚度等。和理论计算不同,对同一确定的材料,μ值的测量结果并不总是常数(依赖于上述诸因素)。所以要得到土壤含水量的一个精确测量,首先要在同样条件下测定μ值。作为对试验的总结,本文给出一种合理测量μ值的方法和最佳工作条件。     

库尔勒香梨的苹果褪绿叶斑病毒cDNA探针检测技术研究

以库尔勒香梨叶片和皮层为材料,对两种植物总RNA提取方法进行了比较研究,从中筛选出了适合库尔勒香梨的提取方法;并利用RT-PCR反应体系成功合成了生物素标记的cDNA探针,在此基础上,对影响杂交灵敏度的主要因素进行了实验研究。结果表明,当探针浓度为400ng/mL,甲酰胺浓度为45%,42℃杂交反应6h,可获得最高灵敏度。Tween20的封闭效果比牛血清白蛋白好。对不同组织和不同提取方法提取的总RNA进行了杂交检测,并对库尔勒地区香梨带毒情况进行了检测。结果表明,不论幼叶、老叶、皮层及冷冻叶片均可出现杂交信号,两种提取方法提取的总RNA也都出现了杂交信号,库尔勒香梨样品有45%的带苹果褪绿叶斑病毒。     

热触发式流量／液位开关的研制

热触发式流量／液位开关是一种监控流量或液位变化的传感器，主要是在探头部分使用了测温元件以及一个用来加热测温元件的低功率加热经的响应时间可以小到２ｓ，于各种液体或气体，可以在一定的介质，压力，温度或粘率范围内使用。     

水稻籽粒不同部位P与Al、Cd、Pb含量的关系

利用环境扫描电镜结合X射线电子探针显微分析技术,研究了水稻籽粒不同部位P与Al、Cd、Pb含量的关系.结果表明:金属元素Al、Cd、Pb和其他矿质元素一样,也在糊粉层中积累最多;水稻籽粒中P的积累与Al、Cd、Pb的富集有密切关系;其中,籽粒不同部位P与Al的含量存在极显著的正相关关系,而Pb和Cd的含量并不随着P含量的增加而增加,其变化幅度较小.说明P对Al的富集具有促进作用.     

产蛋下降综合征（EDS－76）病毒DNA探针的制备及应用研究

用纯化的产蛋下降综合征（ＥＤＳ－７６）病毒（Ｈ９１毒株）悬液提取的核酸，经琼脂糖凝胶电泳只出现１条分子量较大、背景清晰的核酸带。用ＢａｍＨＩ酶消化产生４个片段，大小分别为１７ｋｂ、１０ｋｂ、４．０ｋｂ和２．０ｋｂ。将其中的２．０ｋｂ片段克隆进ｐＵＣ１８ＤＮＡ载体中，重组质粒ＤＮＡ用ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ标记作为ＤＮＡ探针，在ｄｏｔｂｌｏｔ中该探针不与鹅胚尿囊液核酸抽提物、马立克氏病病毒（ＭＤＶ）ＤＮＡ、鸡传染性贫血病毒（ＣＡＶ）ＤＮＡ、ＳＰＦ鸡基因组ＤＮＡ等核酸反应，只与３株ＥＤＳ病毒（ＥＤＳ标准毒株ＡＶ－１２７、ＥＤＳＨ９１毒株和从健康鹅体中分离的ＥＤＳＹ８１毒株）ＤＮＡ呈阳性反应。人工感染产蛋母鸡和雏鸡后２４ｈ即可用该探针从泄殖腔棉拭子样品中检测出ＥＤＳ病毒ＤＮＡ，在感染后３５ｈ仍能从部分感染鸡样品中检出。对部分探针检测阳性鸡的泄殖腔棉拭子样品用ＳＰＦ鸡胚分离病毒，并用ＨＡ和ＨＩ试验检测分离病毒的特异性；在感染过程中，同时检测了血清中ＨＩ抗体的消长情况。结果表明，人工感染鸡排毒至少可以维持２个月左右，而且血清中ＨＩ抗体即使很高，也不能阻止感染鸡的排毒。     

H3亚型猪流感病毒荧光定量PCR检测方法的建立

通过RT-PCR方法克隆了H3亚型猪流感病毒HA基因一段靶序列,构建重组质粒作为标准阳性模板.根据GenBank中的H3亚型猪流感病毒HA基因保守序列设计了用于FQ-PCR的1对引物和1条TaqMan探针.通过条件优化,以10倍系列稀释的质粒为标准品进行荧光定量PCR扩增,并制作标准曲线,建立了检测H3亚型猪流感的荧光定量PCR方法.结果表明,该方法检测灵敏度可达1.0×100拷贝/μL,线性范围为109～100,达10个数量级;对起始浓度为1.0×109、1.0×108、1.0×107拷贝/μL的标准品的最终实际测得值(Ct)分别为13.68,18.21和20.57;变异系数分别为0.31%、0.17%和0.12%,均小于5%,说明此方法具有良好的准确性和重现性.对阳性组织病料的检测表明,该方法的检测灵敏度高出常规PCR,与套式PCR具有相近的灵敏度.     

基因探针和PCR对鲤吉陶单极虫的检测

采用液氮冷冻研磨法破碎吉陶单极虫（Ｔｈｅｌｏｈａｎｅｌｕｓｋｉｔａｕｅｉ）孢子，按常规法提取其基因组ＤＮＡ。取ＤＮＡＥｃｏＲＩ消化产物，采用低熔点琼脂糖回收法制备大（３．０～１５．０ｋｂ）、小（０．５～３．０ｋｂ）片段，将其克隆于ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔｋｓＥｃｏＲＩ位点，经α－互补现象、酶切鉴定和虫体ＤＮＡ生物素标记探针筛选，构建了含２３个克隆的基因文库，克隆片段介于０．９～６．８ｋｂ之间；经阳性克隆标记筛选及特性分析，制备了长度为０．９ｋｂ（１９号质粒克隆片段）的探针，该探针具有较强的敏感性和特异性。对该探针两端ＤＮＡ序列进行分析，设计出１对引物。上游引物序列为：５′ＴＴＴＣＧＡＡＣＣＣＧＣＡＣＡＡＣＡＡＧ３′，下游引物序列为：５′ＴＧＡＧＴＧＧＡＴＡＧ－ＴＡＴＣＧＣＴＧＣ３′。应用该对引物对虫体进行了检测