青海本地黄牛乳蛋白的多态性

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法对 84头青海本地黄牛的 4种乳蛋白多态性进行了研究。结果发现 :( 1 )α -乳白蛋白、β-乳球蛋白、αs1-酪蛋白和 β-酪蛋白等 4种乳蛋白都存在多态性 ;( 2 ) 4种乳蛋白的平均基因杂合度为 0 .2 0 0 8;平均基因均质度指数为 0 .62 82 ,平均有效等位基因数为 1 .2 869;( 3 )在青海本地黄牛中发现一个新等位基因αs1-CNE     

Genome-wide association mapping of starch granule size distribution in common wheat

Starch is a crucial component in wheat endosperm and plays an important role in processing quality. Endosperm of matured wheat grains contains two distinct starch granules (SG), referred to as larger A- and smaller B-granules. In the present study, 166 Chinese bread wheat cultivars planted in four environments were characterized for variation in SG size. A genome-wide association study (GWAS) using the 90 K SNP assay identified 23 loci for percentage volumes of A- and B-granules, and 25 loci for the ratio of A-/B-granules volumes, distributing on 15 chromosomes. Fifteen MTAs were associated with both the percentage volumes of A-, B-granules and the ratio of A-/B-granules volumes. MTAs IWB34623 and IWA3693 on chromosome 7A and IWB22624 and IWA4574 on chromosome 7B associated with the percentage volumes of A- and B-granules consistently identified in multiple environments were considered to be stable. Linear regression analysis showed a significantly negative correlation of the number of favorable alleles with the percentage volumes of A-granules and a significantly positive correlation between the number of favorable alleles and the percentage volumes of B-granules, respectively. The loci identified in this study and associated markers could provide basis for manipulating SG size to obtain superior noodle quality in wheat.     

栽培大豆农艺性状的关联分析及优异等位变异挖掘

【目的】发掘大豆农艺性状稳定表达的QTL、优异等位变异及其携带优异等位变异的载体材料,为大豆分子标记辅助选择和分子设计育种等后续研究提供重要依据。【方法】利用大豆基因组上均匀分布的135对SSR引物对通过分层随机抽取的6大生态区的257个栽培大豆品种进行全基因组扫描以获得分子标记信息,2009年和2010年在南京农业大学江浦农场对供试群体株高、分枝数、主茎节数、茎粗和单株荚数进行表型鉴定以获得数量性状表型观测值,用广义线性模型、优化压缩混合线性模型和上位性关联分析3种方法,实施农艺性状表型与SSR标记基因型间的关联分析。【结果】供试品种株高、分枝数、主茎节数、茎粗和单株荚数变异系数介于24.62%-52.34%,品种间和品种与环境互作差异极显著;广义线性模型、优化压缩混合线性模型和上位性关联分析3种方法分别检测到年份间稳定表达的上述5性状的47、11和58个QTL,其中,2种方法间和3种方法间分别有34和4个共同QTL,上位性关联分析检测到1对上位性QTL和32个环境互作QTL;检测得到的主效QTL中,有18个主效QTL与前人鉴定的QTL位置一致或紧密连锁;发掘了一批农艺性状的优异等位基因及携带优异等位基因的载体材料,其中,satt669-145bp、satt102-154bp、satt382-395 bp和satt534-161bp分别是主茎节数、分枝数、茎粗和株高的增效效应最大的等位基因,其载体材料分别为白花豆、合肥两塘焦双青豆、油葫芦和浦霞大豆。【结论】检测到年份间或方法间稳定表达的株高、分枝数、主茎节数、茎粗和单株荚数5个农艺性状的107个主效 QTL。     

5个紫菜属物种丝状体的微卫星初步遗传分析

文章利用68对微卫星引物对坛紫菜（Porphyra haitanensis）、半叶紫菜（P.katadai）、条斑紫菜（P.yezoensis）、少精紫菜（P.oligospermatangia）和皱紫菜（P.crispata）5个紫菜属物种的丝状体进行初步的遗传分析,共筛选出20对高多态性适用引物,在10份紫菜丝状体样品扩增位点的多态性比例为95.24%,每对引物可扩增的等位基因位点数为1.22～4.05,平均为2.37;各样品之间的遗传多样性指数为0.254 6～0.899 4;不同物种的遗传距离为0.106 0～1.406 6,同一物种的丝状体材料优先聚类为一支,表明筛选出的微卫星引物具有良好的遗传分辨能力。     

大豆种子活力相关性状优异等位变异的发掘

发掘与大豆种子活力性状相关联的标记及优异等位变异是选育高活力品种的基础。本研究利用标准发芽实验对我国北方地区174份大豆品种7个种子活力相关性状进行连续两年（2018-2019年）的表型鉴定,并结合覆盖大豆20条染色体上的210对SSR标记进行表型和标记的关联分析。结果表明：供试品种表型变异系数为15.58%～38.31%。将群体划分为2个亚群,检测到27个与活力性状相关联的标记,累计60个（次）,其中24个SSR标记在两年共同被检测到,对表型变异解释率为2.68%～23.60%,Sat-267对苗长的表型变异解释率最高,为23.60%,Satt250对发芽势的表型变异解释率为23.15%;标记Satt311、Satt250、Satt606、Satt-267与两个以上的活力性状关联。共获得108个增效优异等位变异及相应的载体材料,其中Satt250-217bp对侧根长的增效值最大,并对发芽势也具有增效作用;典型载体材料北疆1号和合农75号携带了两个以上活力性状的最大增效等位变异。     

探讨微卫星作为地方山羊品种生长性状的遗传标记

采用微卫星技术及最小二乘拟合线性模型，利用崂山奶山羊、济宁青山羊、鲁北白山羊和莱芜黑山羊4个地方山羊品种中的10个多态性微卫星基因座，分析了微卫星基因座及其等位基因对山羊生长性状的关联效应。结果表明：与品种、性别和年龄等因子比较，标记因子对山羊体重和体尺性状的影响较小，但发现BM6404、BM1818、BM812和BM6444基因座对体重有显著影响（P〈0．05或P〈0．01），BM6404、BM1818、BMS12484、MAF70基因座对主要体尺性状有显著影响（P〈0．05或P〈O．01）。BM6404基因座的等位基因130可能对山羊的胸围、体高、尻宽均有正效应；120对胸围有较强的负效应，而对体高、尻长则有较强的正效应；168对尻长、尻宽均表现为负效应。MAF70基因座的等位基因142对体长有正效应，178对体长有负效应。BMS1248基因座的等位基因128对管围有正效应。     

Genetic polymorphism of bovine beta-casein gene in Japanese dairy farm herds

The aim of this study was to investigate beta-casein polymorphism among 320 Japanese cows sampled from eight dairy farms. We used a newly-developed genotyping method that involved collecting DNA from hairs and a Cycleave polymerase chain reaction (PCR) assay to detect the A1, A2, and B variants. Results revealed the presence of five genotypes (A1A1, A2A2, A1A2, A1B, and A2B). We found that the most common genotype was A2A2 (0.42), followed by A1A2 (0.39) and A1A1 (0.11). The A1B and A2B genotypes were less frequent (<0.05). The frequencies of alleles A1, A2, and B were calculated to be 0.32, 0.64, and 0.04, respectively. Our study is the first to show the current status of beta-casein polymorphisms in Japanese dairy farms. Given the adverse effects of A1 beta-casein on human health, attempts have been made to develop herds consisting solely of A2A2 cows. Our study provides a reference for improving cow populations in Japanese dairy farms. The Cycleave PCR-based assay we developed here can be used for rapid and reliable genotyping of bovine beta-casein.     

甜瓜果实可溶性固形物含量的关联作图及优异等位变异发掘

从国家西瓜甜瓜种质中期库(郑州)中抽取192份有代表性的甜瓜种质,于2013、2014和2015年分别测定成熟果实可溶性固形物含量(soluble solid content,SSC),采用在甜瓜染色体上均匀分布的104个SSR标记对SSC进行关联作图,发掘显著性关联位点及优异等位变异。结果表明,192份甜瓜种质果实的SSC变异明显,可划分为2个亚群,即薄皮种质亚群和厚皮种质亚群。应用一般线性模型(general linear model,GLM)和混合线性模型(mixed linear model,MLM),共检测到与SSC相关的16个位点,分布在10条染色体上,其中第9染色体的关联位点数最多。6个位点在2个年份稳定表达,3个位点在3个年份均稳定表达,7个位点与已报道的QTL定位结果一致。共检出8个表型解释率高且稳定表达的SSR位点,其等位变异的表型效应变幅为–5.87~4.06。等位变异CMATN22-166的增效作用最明显,平均效应为2.56,典型承载种质为伊丽莎白;CMCTTN166-157的减效作用最明显,平均效应为–5.16,典型承载种质为印度地方种质PI163206。5个优异等位变异是优势等位变异,3个是低频率(0.3)的优异等位变异。     

水稻6个异交相关性状的SSR关联分析

从水稻核心种质和栽培品种中选取95个品种构成品种总群体,调查该群体6个异交相关性状。选用分布在水稻12条染色体上的93个SSR标记对这95个品种进行基因型鉴定。采用TASSEL软件中一般线性模型对标记与性状间的关联进行分析,发掘有利等位变异和相应载体品种。结果表明:品种总群体中6个异交性状的变异系数为9.9%～62.9%。共检测到22个与异交性状相关联的SSR分子标记,其中8个与剑叶角度相关联,2个与花丝长度相关联,4个与花药长度相关联,1个与柱头长度相关联,3个与柱头外露率相关联,9个与开颖角度相关联。发掘了一批携有优良等位变异且效应值较大的载体品种。携有RM480-197 bp和RM535-170 bp条带的‘无芒早稻’分别对增加剑叶角度和花丝长度效应最大。携有RM311-162bp条带的‘敲冰黄’对增加花药长度效应最大。携有RM498-187 bp条带的‘滇屯502选早’对增加柱头长度效应最大。携有RM206-150 bp条带的‘徐稻5号’对提高柱头外露率效应最大。携有RM311-159 bp条带的‘小白野稻’对增加开颖角度效应最大。这些有利等位变异及其载体品种可用作水稻异交性状遗传改良的亲本。     

籼粳稻F1花粉不育性等位基因的基因型和分化度

以台中６５及其等基因Ｆ１不育系为遗传传测验种，测定了栽培稻４个籼型品种１０个粳型品种在Ｓ－Ｅ２和Ｓ－Ｅ５基因座上的Ｆ１花粉不育基因型和分化度，结果表明，在这两个基因在座上，籼型品种和粳型品种分别带有高频率，高分化度的Ｓ和Ｓ基因。试验结果支持了单基因座子体－配子体互作模式对杂种不育性的解释，并为栽培稻籼粳亚种的分类提供了新依据。