血清1型鸭甲型肝炎病毒实时定量PCR检测方法的建立与初步应用

为建立了一种可检测血清1型鸭甲型肝炎病毒（DHAV-1）的实时定量PCR方法,根据GenBank中DHAV-1 5,非编码区的保守区,设计合成1对引物和1条TaqMan探针,以构建的重组质粒作为标准品,绘制标准曲线,并对所建立方法进行了特异性、敏感性和可重复性试验以及临床病料检测初步应用。结果,该方法与血清3型鸭甲型肝炎病毒、鸭瘟病毒、新城疫病毒、禽流感病毒、呼肠孤病毒、传染性支气管炎病毒等无交叉反应性;最低可以检测到10copies/μL;组内和组间变异系数均小于3%;临床病料的检测结果与测序检测结果一致。结果表明,所建立的实时定量检测方法具有特异、敏感、稳定等优点,可用于DHAV-1的快速检测与定量分析。     

牛轮状病毒TaqMan实时荧光RT-PCR 快速检测方法的建立

本研究按照牛轮状病毒(BRV)结构蛋白VP6基因序列,设计合成引物和探针,经各反应条件的优化,建立了BRV TaqMan实时荧光定量RT-PCR技术。对BRV进行了特异性、敏感性和重复性试验。结果表明,TaqMan实时荧光RT-PCR最低可检测到100个拷贝病毒RNA;与牛病毒性腹泻病毒(BVD)、猪瘟病毒(CSFV)、牛结核杆菌(MB)和牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)不发生交叉反应;所制作的标准曲线在10²~10⁹拷贝/μL浓度范围内有极好的线性关系且线性范围宽,相关系数为0.997;与常规的RT-PCR相比,该方法具有快速、特异、敏感、重复性好、可同时检测大量样品等优点。可对样品中微量BRV进行准确检测,对BRV的诊断有重要意义。     

First Report on the Frequency and Molecular Detection of Neuropathogenic EHV-1 in Turkey

There has been an increase in outbreaks of neuropathogenic equine herpesvirus-1 (EHV-1) in the United States and Europe. However, the presence and frequency of neuropathogenic EHV-1 in Turkish horses are not known at present. This study aimed to investigate the frequency of EHV-1 and neuropathogenic strains of EHV-1 in the Marmara Region of Turkey. Samples were analyzed for the presence of EHV-1 and neuropathogenic EHV-1 by real-time PCR TaqMan probe assays. Overall detection rate of EHV-1 was 45.5% (51 of 112). The detection rates were 70.5% (24 of 34) in aborted fetuses, 53.3% (8 of 15) in neonatal deads, 66.6% (4 of 6) in foals, 40% (2 of 5) in dead mares, and 25% (13 of 52) in living mares. Overall detection rate of neuropathogenic EHV-1 was 7.8% (4 of 51), and the real-time PCR results were confirmed by sequencing. Neuropathogenic strains of EHV-1 were detected in the brain and lung of two mares with neurological disease but without a history of abortion, in the brain of a foal that died of respiratory disorder, and in the nasal swab from a mare with a history of abortion. On histopathology, nonpurulent meningoencephalitis, hemorrhages, and vasculitis were seen in the brain. In conclusion, results of this study indicated, for the first time, that the neuropathogenic EHV-1 is circulating in the Marmara Region of Turkey. The results of this study also show that the current risk for non-neuropathogenic strains is high, whereas risk for the neuropathogenic EHV-1-G₂₂₅₄ strain seems to be low. As outbreaks of EHV-1 continue in the Marmara region of Turkey, surveillance for neuropathogenic EHV-1 genotype should be maintained.     

猪捷申病毒TaqMan实时定量RT-PCR方法的建立

为建立猪捷申病毒(PTV)的早期检测及定量分析方法,本研究基于PTV 11个血清型基因组5′端非编码区保守序列,设计引物和TaqMan探针,建立了检测PTV的TaqMan实时定量RT-PCR方法.应用该方法对PTV、猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒以及猪瘟病毒进行特异性试验,结果除PTV为阳性外其它均为阴性;针对PTV最低可检测到10个拷贝;批内、批间重复试验的变异系数均小于3％.应用建立的方法与病毒分离方法分别对91份临床样品进行检测,检出率分别为79.12％和57.14％,两者的符合率是78.02％.经临床应用表明,该实时定量RT-PCR方法可为PTV的早期诊断及定量分析提供技术手段.     

新疆棉田根际土壤真菌荧光PCR技术定量及其时空动态分析

【目的】研究新疆棉花黄萎病病株根际土壤真菌数量的时空动态变化,及棉花根际土壤真菌与黄萎病病原菌数量的相关性。【方法】用荧光定量PCR方法,测定新疆不同植棉区及其不同生育时期棉田根际土壤真菌总量和棉花黄萎病病原菌数量进行测定,分析棉花黄萎病病株根际土壤真菌数量在不同植棉区和不同生育时期的变化趋势,及棉花根际土壤真菌与棉花黄萎病病原菌数量的相关性。【结果】新疆不同植棉区的棉花在不同生育期其病株根际土壤真菌数量表现出不同变化趋势。哈密棉花病株吐絮期根际土壤真菌最大值达 6.16×10⁴ copies/g FRW;库尔勒棉花病株根际土壤真菌在苗期达到最大为4.23×10⁴ copies/g FRW;阿拉尔棉花病株根际土壤真菌在苗期至蕾期逐渐增加,随后逐渐减小,在吐絮期达到最小值为1.41×10^-4copies/g FRW。北疆精河和东疆哈密棉花根际土壤真菌数量与黄萎病病原菌数量的PCC分别高达0.989和0.993,呈显著正相关。南疆图木舒克棉花根际土壤真菌数量与黄萎病病原菌数量的PCC为0.880,呈正相关。【结论】新疆棉花黄萎病病株根际土壤真菌含量较高,在不同采样区和不同生育期,其根际土壤真菌总量均呈波动性变化。从棉花的四个生育期(苗期、蕾期、花铃期、吐絮期)来看,棉花病株根际土壤真菌数量最大值出现在吐絮期。新疆棉花病株根际土壤真菌数量的空间变化是东疆大于南疆大于北疆。在不同生态区,棉花根际土壤真菌和棉花黄萎病病原菌之间表现为正相关,而在不同发育期则表现为负相关。     

TaqMan探针双重实时荧光定量PCR法同步检测兰花中的建兰花叶病毒和齿兰环斑病毒

为建立一种同步定量检测建兰花叶病毒(cymbidium mosaic virus,CymMV)和齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV)的高效检测方法,本研究根据CymMV和ORSV CP基因高度保守区分别设计引物和探针并筛选,获得156 bp和148 bp的靶标序列及对应的最优特异性引物探针组合,建立了基于TaqMan探针的双重实时荧光定量PCR方法。该方法最低检出限为1拷贝或6.2×10-3fg,最低稳定检出限为10拷贝或6.2×10-2 fg,是RT-PCR的10~100倍;构建的标准曲线线性关系良好,扩增效率分别为97.7%和100.2%,相关系数R2分别为1.000和0.999;对其他5种常见病毒均无扩增曲线,检测特异性强;批组内与批组间重复性试验Ct值变异系数≤0.60%,重复性和稳定性好。利用该方法和基因芯片法分别对4个种属的66个兰花样品进行方法验证,该方法相较于基因芯片法检出率提高了53.85%(CymMV)和162.5%(ORSV)。综上所述,本方法可同时高通量检测CymMV和ORSV 2种病毒靶基因,结果可靠,应用前景广阔,可为开展病毒精准鉴定、科学防控以及从源头遏制病毒传播提供技术支撑。     

一种高效的苹果褪绿叶斑病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法

为建立一种检测苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ACLSV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以构建的ACLSV-cp重组质粒为阳性标准品绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。结果显示,以ACLSV-cp重组质粒为标准品建立的标准曲线相关系数达0.999,扩增效率为103.7%;建立的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法特异性好,与苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)均无交叉反应;灵敏度为100拷贝/μL,比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于0.84%。表明Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法具有特异性强、灵敏性高、重复性好的优点,适用于实际样品中ACLSV的快速准确检测。     

菠萝凋萎相关病毒–2实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

菠萝凋萎相关病毒（Pineapple mealybug wilt associated virus-2,PMWaV-2）是引起的菠萝凋萎病（Mealybug wilt of pineapple,MWP）的重要病原。本研究中根据PMWaV-2外壳蛋白基因序列设计特异性引物和探针,建立基于TaqMan探针的实时荧光定量RT-PCR检测方法。该方法能高灵敏检测出阳性样品,对阴性样品及空白对照均无荧光反应;灵敏度比普通PCR高100倍;重复性试验表明批内和批间变异系数均在1.85%以内,表明本方法是一种操作简便、特异性强、灵敏度高、重复性较好的PMWaV-2定量检测方法。     

鸡传染性贫血病病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据鸡传染性贫血病病毒(chicken infectious anemia virus,CAV)基因组保守区域设计1对特异性引物和探针,通过优化反应条件,建立了一种快速检测CAV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,同时验证其特异性、灵敏性和重复性.本试验建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度可达1.8×10¹拷贝/μL,远高于常规PCR方法;并与禽类其他病毒性疾病无交叉反应,具有高特异性.用分离的病毒人工感染1日龄SPF雏鸡,14日龄剖检,对感染鸡体内各器官的病毒分布及载量进行检测,结果表明,在脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸腺、法氏囊和血清中均可检测到病毒,肝脏、胸腺病毒载量明显高于其他组织.本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可同时检测大量临床样品,适用于CAV的诊断与流行病学分析.     

实时荧光定量PCR法检测对虾皮下和造血器官坏死病毒

应用实时荧光定量PCR最常用的TaqMan探针技术设计了探针和引物,并且用质粒技术构建了含有传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)基因片段的阳性质控品,建立了检测IHHNVV的实时荧光定量PCR方法。对影响PCR的主要因素进行了优化,Mg2+浓度、引物和探针浓度、退火温度等均对扩增效率有明显影响。当Mg2+浓度为3.0-4.5mmol,退火温度为59～60℃时可获得最佳扩增效果。灵敏性试验表明该反应可检测体系中10拷贝的病毒核酸;该体系检测IHHNV具有很高特异性;对临床样品检测结果表明,该方法能快速、准确地检测样品中的IHHNV。