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对广泛应用的新城疫疫苗株La Sota进行了全基因组测序,并对来自9个不同基因型新城疫病毒株的血凝素神经氨酸酶(haemagglution-neuraminidase,HN)基因和融合蛋白(fusion protein,F)基因47~435 nt区域进行了用单核苷酸多态性(SNP)分析.结果表明:在F基因47~435nt间和HN基因中都存在高密度的SNP位点,Tajima's D检验结果表明这些核苷酸变化符合中性突变假说,Pi(a)/Pi(s)分析暗示F蛋白编码基因N端的一些区段和HN蛋白编码基因中散在的部分区域受到了正向选择.但F基因和HN基因在整体上却都受到了强大的负向选择压力的影响. 相似文献
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高粱是中国重要的粮食作物,用途非常广泛。丝黑穗病在中国的高粱产区均有发生,已成为影响中国高粱生产最重要的病害。本研究采用高通量测序技术对被丝黑穗病病菌侵染的抗感病高粱进行转录组测序,筛选得到差异基因620个,其中229个上调表达,391个下调表达。差异基因中有330个获得GO数据库功能注释,主要涉及生物合成过程、催化活性、细胞过程等诸多生理生化过程;KEGG数据库富集分析发现,共有105个基因被注释到52个代谢通路中,其中类黄酮生物合成、苯丙素生物合成、二苯乙烯、二庚烷和姜辣素的生物合成、植物激素信号传导、苯丙氨酸代谢、植物病原互作、类胡萝卜素生物合成、油菜素内酯生物合成等通路显著富集。有26个差异基因被鉴定为转录因子,分布在10个转录因子家族中。RT-qPCR验证了高粱中差异基因的表达量变化趋势与转录组测序分析结果一致。本研究结果表明,在抗病高粱响应病原菌侵染的过程中,大量基因被诱导或抑制表达,与病原胁迫响应有关的部分转录因子显著上调表达,抗病相关的代谢和信号传导途径被激活。本研究为进一步挖掘高粱抗病基因提供参考。 相似文献
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空肠弯曲菌基因分型的研究进展 总被引:1,自引:0,他引:1
空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni,CJ)系螺旋科弯曲菌属胎儿亚种,为一类微需氧嗜热革兰阴性人畜共患病病原体,对人的感染率不亚于沙门菌和志贺菌。现已发现该菌除了引起人类发烧、急性肠炎、反应性关节炎(RA)和格林-巴利综合征(GBS)等疾病外,还可引起牛和绵羊流产,火鸡肝炎和蓝冠病,童子鸡和雏鸡坏死性肝炎,雏鸡、犊牛、仔猪腹泻等多种疾病。CJ广泛分布于温带、亚热带和热带的国家或地区,常通过感染的畜禽污染肉类、牛奶、鸡蛋等食物,多途径传播。常规的流行病学方法一般不能非常准确地确定其传染源,因此分型研究就成为追溯CJ传染源,调… 相似文献