奶山羊POU1F1基因CDs区的克隆、分析及原核表达

【目的】克隆奶山羊垂体特异性转录因子POU1F1基因CDs区,并对其进行生物信息学分析和原核表达。【方法】采集关中奶山羊垂体组织,提取其总RNA,根据绵羊POU1F1基因序列,利用反转录RT-PCR克隆POU1F1基因CDs区,对其进行生物信息学分析,并构建原核表达载体pET-32a-POU1F1,在大肠杆菌BL21(DE3)pLysS中进行表达。【结果】关中奶山羊POU1F1基因(GenBank登陆号:FJ547813)开放读码框由876个碱基组成,编码291个氨基酸,基中包含1个POU-specific结构域(从第124～198个氨基酸)和1个Homeobox结构域(从第214～276个氨基酸);奶山羊POU1F1基因CDs区核苷酸序列与绵羊(NM_001009350)、牛(NM_174579)、人(NM_000306)和小鼠(NM_008849)的同源性分别为98%,97%,91%和86%,其氨基酸序列与绵羊、牛、人和小鼠的同源性分别为98%,98%,96%和92%;成功构建了重组质粒pET-32a-POU1F1的原核表达系统,并在体外条件下诱导表达出融合蛋白His-POU1F1。【结论】POU1F1基因编码的功能氨基酸在奶山羊、绵羊、牛、人和小鼠上高度保守,推测奶山羊POU1F1基因与其他物种的POU1F1基因具有相似的功能。     

苏姜猪POU1F1基因第3内含子MspⅠ酶切片段多态性研究

采用PCR-RFLP技术分析了苏姜猪的POU1F1基因第3内含子MspⅠ酶切片段多态性在猪群中的分布情况.结果表明:3个基因型CC、CD、DD在苏姜猪猪群中的频率分别为0.1333、0.2333、0.6333;C和D等位基因的频率分别为0.250和0.750;在苏姜猪猪群中该位点偏离哈代一温伯平衡状态(P＜0.05).对该基因的特性分析表明:多态信息含量为0.3400;群体杂合度为0.3750.     

猪链球菌9型噬菌体裂解酶Ply5218最小功能域及关键氨基酸位点的鉴定

为了鉴定猪链球菌9型噬菌体裂解酶Ply5218的最小活性功能域及关键氨基酸位点,利用PCR技术对全长裂解酶Ply5218进行截短并对可能与活性相关的关键氨基酸位点进行定点突变,研究截短与突变后各个蛋白的活性并与全长蛋白活性对比。结果显示,截短片段Ply5218_(1-147)可在平板上形成裂菌圈,仍保持裂菌活性,而比该片段更短的截短片段则失去裂菌活性,推测Ply5218_(1-147)为Ply5218的最小活性相关功能域;第8、58、136和142位点的氨基酸突变后,裂菌活性部分降低,第34和144位点的氨基酸突变后,则彻底失去裂菌活性。研究结果为深入揭示Ply5218的裂菌机制和进一步改造裂解酶提供了基础数据。     

离子交换层析纯化重组福安泰-03功能域的工艺条件研究

对阴离子交换树脂HiTrap DEAE Sepharose FF纯化重组福安泰-03功能域（rFAT-03）的合适条件进行了研究。通过试验,确定了柱层析的最佳操作条件,即在上样缓冲液为0.1mol/L Tris-HCl、洗脱缓冲液为1mol/L NaCl＋0.1mol/L Tris-HCl、pH为8.8的条件下,利用HiTrap DEAE SepharoseFF琼脂糖凝胶吸附柱,先用洗脱缓冲液从30%到60%洗脱3个柱床体积,再用洗脱缓冲液从60%到100%洗脱2个柱床体积。在此试验条件下,rFAT-03得率为35.97%,最终纯化的rFAT-03达电泳纯,纯度为99.5%。     

玉米Gln1-4的gDNA序列、基因结构、保守功能域与等位变异

本研究旨在分离玉米谷氨酰胺合成酶(GS)家族重要成员Gln1-4 gDNA序列全长,分析基因结构、保守功能域与自然等位变异,为氮利用效率功能位点关联性分析奠定基础。利用PCR步移(walking)方法分离Gln1-4基因区域基因组DNA序列,用生物信息学方法分析基因结构与保守功能域,测序与序列比对法分析重要区域自然等位变异。结果表明,分离得到自交系Mo17 Gln1-4区域gDNA 3 724 bp,起始密码子至终止密码子序列长2 858 bp,登录到GenBank (登录号为EU369651), 并注释。Gln1-4基因含10个外显子与9个内含子,18个剪接位点均为保守的5'供位GU与3'受位AG模式。编码的GS蛋白由356个氨基酸组成,分子量39.2 kD,等电点(pI)为5.202。氨基末端外显子2到外显子6为氨离子结合结构保守功能域;羧基末端外显子8与外显子9构成ATP酶活性保守功能域。Gln1-4与Gln1-3基因相比,在DNA序列、氨基酸序列、基因结构、保守功能域均很保守,氨基酸序列一致性达98.31%。52个玉米自交系的Gln1-4等位变异分析中,共鉴定出318个等位变异位点,其中242个SNP,45个Indels,占90%。该基因氮利用效率功能关联性分析区间应位于氨离子结合功能域与ATPase活性保守功能域中重要的变异位点,18个剪接位点。     

日粮中添加紫薯对免疫鸡的免疫调节作用

本试验的目的是研究日粮中添加紫薯(PSP)对鸡的免疫调节作用。日粮中分别添加1%的PSP(PSPL)和3%PSP(PSPH),供试验鸡自由采食。试验鸡分别免疫新城疫病毒(NDV)、流产布氏杆菌病(BA)和绵羊红细胞(SR-BC),用针对这3种抗原的抗体滴度作为衡量体液免疫水平的指标。伴刀豆球蛋白A(ConA)诱导脾细胞、胸腺细胞和外周血淋巴细胞(PBL)的增殖,脾细胞中外周血CD4+、CD8+细胞的比值和CD4-CD8-细胞(DN)作为衡量细胞免疫的指标。同时,称取脾脏、胸腺和法氏囊的重量,并对白细胞(WBC)进行计数。结果表明,PSPh组显著提高二免后NDV抗体水平和SRBC抗体水平(P0.05),极显著提高BA抗体水平(P0.01);而PSPL组则显著提高BA抗体水平(P0.05)和极显著提高SRBC抗体水平(P0.01),且脾脏和胸腺细胞显著增多(P0.05)。PSPh组CD4+淋巴细胞比例显著较低(P0.05)。PBL的增殖对淋巴组织的重量和WBC数没有影响。以上结果表明,日粮中添加紫薯可提高鸡免疫后的免疫应答能力。     

蒙古羊BMPR-IB基因的克隆与结构功能域预测

以乌珠穆沁系蒙古羊作为研究对象.采用RT-PCR方法对蒙古羊BMPR-IB基因进行了克隆与分析.结果表明,蒙古羊BMPR-IB基因全长1567 bp,包括完整的1 509 bp开放读码框(ORF),共编码502个氨基酸.通过对产单、双羔蒙古羊BMPR-IB基因测序结果分析发现,在产单、双羔蒙古羊BMPR-IB基因编码区第746位和第1113位碱基一致,分别为A和C,并没有发生同多胎Booroola羊相同的A→G突变和C→A突变.采用SMART程序对蒙古羊BMPR-IB蛋白结构功能域预测结果分析表明,其存在跨膜结构、GS模序和STYKc三个结构功能域.     

lncRNA及其生物学功能

长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度＞200 nt、生物来源广泛、二级及三级结构高度保守的RNA分子.lncRNA生物学功能丰富,广泛参与生物体各类重要生理过程,在转录、转录后表观遗传水平上对靶基因的表达进行调控,其精细的分子调控机制已在染色体剂量补偿、基因组印记、靶目标模仿、功能性蛋白质转运等生物学过程中被广泛揭示.随着lncRNA生物学作用机制不断被揭示,研究者发现,高度保守的lncRNA二级、三级结构对其生物学功能的发挥至关重要.目前研究者主要采用计算机手段和数学方法对lncRNA高级功能结构域进行预测,从结构上阐明其生物学调控机制.关于lncRNA相关研究方法也在近年来得到了飞速的发展,比较成熟的技术例如RNA纯化的染色质分离(chromatin isolation by RNA purification,ChIRP)和RNA结合蛋白免疫沉淀(RNA-binding protein immunoprecipitation,RIP)已逐渐成为该领域内研究lncRNA与染色质、lncRNA与蛋白质之间相互作用的热门技术.本文主要就lncRNA来源、分类标准、生物学功能、高级结构预测及相关研究方法进行了综述,旨在为更好地理解和研究lncRNA在生物体内的作用提供参考.     

哈茨木霉A25-2纤维二糖水解酶I基因的克隆及其编码催化功能域的序列在绿色木酶HP35-3中的表达

本研究从哈茨木霉（rrichoderma harzianMm）A25—2总RNA中利用RT—PCR的方法扩增到其纤维二糖水解酶I基因的cDNA序列,并对该基因编码的氨基酸序列进行分析,得到cbhI基因中编码催化功能域的序列。将催化功能域编码序列克隆到表达载体pCP—GH中,用PEG—CaCl2介导的原生质体转化方法将重组质粒转化到绿色木霉（Trichoderma viride）HP35—3中,筛选得到12个转化子。以P-NPC为底物,测定了该12个转化子的酶活力,获得比活力最高的转化子Tv／CDHI-CBM-5,其纤维二糖水解酶活力是HP35—3的3．8倍。SDS—PAGE分析表明,绿色木霉表达了导入的含A25—2纤维二糖水解酶I催化功能域的编码序列。     

5个黄牛群体垂体转录因子基因变异研究

 为了阐明云南黄牛垂体转录因子(POU1F1)基因的群体变异特征,采用DNA序列分析和PCR-RFLP技术对云南地区5个黄牛群体（3个本地群体和2个引进品种）的垂体转录因子(POU1F1)基因的第5内含子和第6外显子进行了基因克隆测序和群体变异检测分析。在5个群体中均发现存在A和B两个等位基因,在国外引进的短角牛和安格斯牛中,A等位基因为优势等位基因,其基因频率分别为0.944和0.700;而在云南的昭通黄牛、迪庆黄牛和荷斯坦奶牛中B等位基因占优势,其基因频率分别为0.645,0.727和0.917;在短角牛和安格斯牛中,BB基因型频率为0;而在云南荷斯坦奶牛中,AA基因型频率为0。在所检测的座位中,昭通黄牛、迪庆黄牛和安格斯牛具有较高的杂合度,而其他群体该座位杂合度较低。