分子标记在植物上的应用

综述分子标记技术ＲＦＬＰ、ＲＡＰＤ、ＡＦＬＰ的基本原理、优缺点及其在植物研究中的应用情况。     

无花果树苗中截获的无花果孢囊线虫形态和分子鉴定

上海口岸从旅客携带进境的树苗中分离到1种孢囊线虫属的2龄幼虫,通过形态特征和分子特征分析,鉴定为无花果孢囊线虫(Heterodera fici Kirjanova,1954)。该2龄幼虫的主要形态特征为:体长409.9~454.4μm;唇环3个;口针发达,长22.6~24.0μm,基部球圆形略向前倾斜;侧线4条;尾长圆锥形,末端细圆,尾部透明区长24.7~30.5μm,约占尾长的1/2。序列分析显示其ITS区序列与GenBank中无花果孢囊线虫的序列相似性为99.48%~99.90%,序列差异为1~5 bp。系统发育分析显示该线虫与无花果孢囊线虫处于一个聚类组内。这是我国口岸首次报道截获无花果孢囊线虫。     

分子生物学技术在真菌种性检测中的应用

本文介绍了当前应用于真菌分类学中的六种分子生物学技术（G C值、DNA互补,RNA技术,RFLP、RAPD五种核酸技术和一种蛋白质技术——同工酶技术）的原理、操作。适用范围及其应用状况,为食、药用真菌研究者和生产者提供参考。     

砂梨扩展蛋白基因cDNA克隆及全序列分析

设计植物EXP扩展蛋白简并引物,以砂梨果实cDNA为模板,克隆得到EXP基因cDNA片段,该片段长465 bp。根据该片段序列,分别设计2条5’和3’末端扩增的特异引物,利用RACE技术,获得了该片段的5’端和3’端序列。用DNAMAN5.22软件对3个序列进行拼接和分析,获得了该基因的cDNA全长,命名为Pyp-EXP。该cDNA全长为1 395 bp,5’端起始密码子ATG始于72 bp,3’端终止子TAG止于830 bp,Ploy+(A)从1 363～1 395 bp。该基因已在GenBank基因数据库注册,注册号为EF602031。Pyp-EXP核苷酸序列有一个759 bp完整的开放阅读框,编码区与西洋梨、苹果、湖北海棠、桃的同源性分别为96%,96%,94%和86%;该cDNA推导编码252个氨基酸,含有1个组氨酸(His_Phe_Asp,HFD)功能域,与西洋梨、苹果、湖北海棠、桃中相应序列同源性分别为98%,97%,95%和93%。该基因的克隆为研究扩展蛋白的时空表达及其在果实发育和成熟过程中的作用奠定了基础。     

牦牛肺炎病原多杀性巴氏杆菌和殊异支原体的分子鉴定与分析

青海省刚察县某牦牛产业基地牦牛发生咳嗽,鼻孔有分泌物流出,呼吸困难等症状的疾病。为快速确诊发病牛的致病原因,及时防控和治疗,从发病和病死的牦牛中,采集鼻腔拭子和肺脏、胸腔积液,利用PCR方法进行分子鉴定与分析。结果显示:此牛场中引发肺炎的病原是A型多杀性巴氏杆菌和殊异支原体两种病原体混合感染,测序结果显示5个有效样品中鉴定的为完全相同的病原,P.multocida-GC1的Kmt基因与参考序列中国株CP031554/3/2/1同源性在99%以上,M.dispar-GC1与参考序列的16S rRNA基因同源性在97%以上。同时在遗传进化角度再次分析确认了鉴定的P.multocida与中国和俄罗斯的A型多杀性巴氏杆菌聚成一大支;鉴定的M.dispar与殊异支原体聚为一支。结果表明,青海刚察地区牦牛存在感染多杀性巴氏杆菌和殊异支原体的潜在风险,该研究为牦牛呼吸道疾病与肺炎的病原学调查和病原的流行病学调查提供了参考数据。     

中国荷斯坦牛凝血因子XI缺陷症遗传分析

凝血因子XI缺陷症（FactorXIdenciency）是荷斯坦牛的一种常染色体单基因控制的隐性遗传缺陷。该病的遗传基础是由位于牛第27号染色体的凝血因子XI基因外显子12上发生的一段76bp序列插入。本研究采用PCR方法对我国13个主要公牛站的571头荷斯坦公牛的凝血因子XI基因进行了全面检测,未发现隐性有害基因携带者和纯合个体。     

Bactrian camel (Camelus bactrianus) integrins αvβ3 and αvβ6 as FMDV receptors: Molecular cloning, sequence analysis and comparison with other species

Integrins are heterodimeric adhesion receptors that participate in a variety of cell–cell and cell–extracellular matrix protein interactions. Many integrins recognize RGD sequences displayed on extracellular matrix proteins and the exposed loops of viral capsid proteins. Four members of the αv integrin family of cellular receptors, αvβ3, αvβ6, αvβ1 and αvβ8, have been identified as receptors for foot-and-mouth disease virus (FMDV) in vitro, and integrins are believed to be the receptors used to target epithelial cells in the infected animals. To analyse the roles of the αv integrins from a susceptible species as viral receptors, we have cloned Bactrian camel αv, β3 and β6 integrin cDNAs and compared them to those of other species. The coding sequences for Bactrian camel integrin αv, β3 and β6 were found to be 3165, 2289 and 2367 nucleotides in length, encoding 1054, 762 and 788 amino acids, respectively. The Bactrian camel αv, β3 and β6 subunits share many structural features with homologues of other species, including the ligand binding domain and cysteine-rich region. Phylogenetic trees and similarity analyses showed the close relationships of integrin genes from Bactrian camels, pigs and cattle, which are each susceptible to FMDV infection, that were distinct from the orders Rodentia, Primates, Perissodactyla, Carnivora, Galliformes and Xenopus. We postulate that host tropism of FMDV may in part be related to the divergence in integrin subunits among different species.     

从野外昆虫体内分离的5株微孢子虫的生物学特性与分子系统发育研究

从广西蚕区的野外昆虫菜粉蝶(Pieris rapae)、桑尺蠖(Hemerophila atrilineata)、斜纹夜蛾(Spodoptera litura)的体内收集到5株对家蚕有一定食下感染力的微孢子虫,通过生物学性状、分子系统发育研究,为其分类鉴定提供依据。来自野外昆虫的5株微孢子虫均具有Nosema属的生物学特性:显微镜下观察形状均呈长卵圆形,与家蚕微孢子虫(Nosema bombycis,Nb)有较明显差异;在生活史的各发育阶段均为双核,以二分裂方式增殖,最后形成双核成熟孢子;与Nb抗血清均产生阳性凝聚反应;超微结构观察均具双核,极丝圈数在12～14圈之间,极丝倾斜角与Nb有差异。根据5株野外昆虫微孢子虫与其它昆虫微孢子虫基于SSU rRNA基因序列构建的系统发育树,以及基于SSU rRNA和rRNA ITS基因序列进行的相似性和遗传距离分析,初步认为5株野外昆虫微孢子虫与家蚕微孢子虫同属异种。     

应用于家蚕F2代分离群体的两种连锁作图方法的作图效果比较

构建精细的家蚕分子连锁图谱需要合适的作图方法。应用Mapmaker/EXP3.0和F2lnkgsilk两种作图方法,对家蚕F2代91个个体为分离群体的300个AFLP标记和69个个体为分离群体的470个RAPD标记数据进行了比较分析。用F2lnkgsilk作图方法分析得到的分群数与Mapmaker/EXP3.0作图方法相比有所增加,而总的图距却显著增加,平均图距也有较大的增加,但产生的二联体数基本相同。就单个连锁群而言,两种作图分析方法的连锁标记及其数目80%以上相同,但是标记间的排列顺序70%以上有差异;用F2lnkgsilk作图方法分析得到的单个连锁群的总图距和平均图距也相应增大。     

单核苷酸多态性及其应用

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）是一种新的分子标记，是指基因组由于单个核苷酸的变异所产生的差异。由于其多态性高，便于自动操作等特点，在基因组、后基因组时代具有广泛的应用前景。本文对SNPs的概念、特点、分析方法及应用等方面做了简要的概述。