马蔺不同生长阶段嫩叶POD和EST同工酶分析

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,检测了11份不同居群马蔺种质材料叶片过氧化物酶（POD）、酯酶（EST）同工酶的2个酶系统22个同工酶位点,分析马蔺营养生长和生殖生长阶段的同工酶变化。结果表明,11份马蔺种质叶片共有13种POD酶带,9种EST酶带,其中,基本谱带8条,特征谱带4条;与生殖生长阶段相比较,马蔺营养生长阶段E...     

不同居群马蔺种质材料同工酶酶谱特征分析

采用非连续性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对我国北方5省区不同居群的23份马蔺(Iris lactea var.chinensis(Fisch.)Koidz.)种质材料进行过氧化物酶(POD)和酯酶(EST)同工酶酶谱特征分析,旨在揭示其遗传多样性,以及不同居群马蔺种质之间的亲缘关系。结果表明:在相对迁移率(Rf)为0.041～0.875的位点处,共有40个位点检测出谱带,其中共有谱带8条,特征谱带15条,说明不同居群间马蔺种质间存在一定同源性,部分居群的马蔺种质会发生遗传变异。来自内蒙临河8号(BJCY-ML013)和吉林长岭19号(BJCY-ML028)之间遗传相似系数最小(0.3726),亲缘关系较远;而新疆伊犁的14,17号和13,18号(BJCY-ML022,BJCY-ML026和BJCY-ML021,BJCY-ML027)之间遗传相似系数均最大(0.9839),亲缘关系较近,其他材料间的相似性系数为0.4049～0.9678。UPG-MA聚类分析结果表明,当相似性系数为0.79时,可将23份野生马蔺种质材料划分为5大类群,分布于相似生态地理环境的马蔺种质材料基本可聚为同一大类,表明23份马蔺种质材料与其分布的生态地理环境存在一定的相关性,但不完全一致。     

功能基因组学研究进展

基因组研究计划包括以全基因组测序为目标的结构基因组学和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学2方面的内容.作者对功能基因组的主要研究方法:微阵列或DNA芯片、表达序列标签法、基因表达系列分析法、蛋白质组学分析法以及反向遗传学技术等进行了简要介绍,同时综述了上述各种技术的优缺点以及部分生物功能基因组的研究进展.     

茄子温敏单性结实抑制差减文库的构建与分析

 【目的】构建茄子单性结实差减文库,分离获得茄子单性结实相关基因,研究茄子单性结实形成的分子机制。【方法】以茄子单性结实品系D-10低温条件下无籽的子房和果实,以及适温条件下有籽的子房和果实为材料,采用抑制差减杂交（SSH）技术构建正向和反向差减文库。对阳性克隆测序、BLAST比对分析、GO（gene ontology）功能注释及分类和荧光定量PCR分析。【结果】正反向文库共获得了2 347个阳性克隆;测序、序列拼接后,共获得1 248个高质量的unigenes;将其与非冗余数据库BLAST比对后,有1 109个unigenes找到同源序列,139个unigenes无同源序列为新基因。1 248个unigenes中527个在GO数据库中有功能注释,其中细胞组分、分子功能和生物过程的unigenes分别为206、445和361条,分析表明,茄子单性结实果实的差异主要发生在细胞内部,单性结实性状的表达可能受到一些因子和激酶的调控。【结论】成功构建了茄子单性结实不同时期果实的抑制差减文库,获得3个可能与茄子单性结实相关的unigenes,包括MADS-box基因、雌蕊伸展相关蛋白和果实膨大相关基因。     

西瓜与枯萎病菌非亲和互作相关基因的分离及表达分析

 从整体水平阐明西瓜对西瓜枯萎病菌1号生理小种的抗病分子机制和抗病相关基因的表达特征,以高抗枯萎病菌1号生理小种的西瓜品种“卡红(Calhoun Gray)”为试材,接种西瓜枯萎病菌和蒸馏水的根尖组织作为测验方(Tester)和驱动方(Driver),构建西瓜枯萎病菌胁迫的SSH-cDNA正向文库。利用反向 Northern 斑点杂交技术对文库中克隆进行杂交筛选。随机测序300个阳性克隆,序列比对分析,利用RT-PCR技术分析抗病相关基因的表达特性。259条EST成功测序,167条与已知基因具有较高的同源性,占全部ESTs的65.5%,其中与抗病和防卫相关的有64条23种,占24.7%;卡红对枯萎病菌1号生理小种的抗性相关基因主要涉及抗病信号传导、抗病防卫、转录因子、次生代谢合成和细胞保护等方面;Aquaporin和Peroxidase基因在接种后表达量均增加。Calhoun Gray对枯萎病菌侵染作出的反应是全方位多方面的,抗病相关基因主要集中在系统获得性抗性反应中,获得了一些Calhoun Gray与野生西瓜PI296341在与枯萎病生理小种1互作中差异表达的基因,为深入研究西瓜与枯萎病菌互作的分子机制以及关键基因的功能分析奠定基础。     

白菜EST-SSR信息分析与标记的建立

 数量迅速增加的EST为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。本研究对4 584条白菜EST进行了搜索, 共检索出474个SSR, 检出率为10.3% , 包括40种重复基元。其中二核苷酸和三核苷酸重复单元的EST-SSR占主导地位, 二者出现的频率基本相近, 占总SSR的近83%; 其它重复类型所占比例均不足5%。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型, 分别占二、三核苷酸重复类型的71.5%和37.5%。设计了15对EST-SSR引物, 在合适的PCR反应体系下, 以构建EST的白菜自交系A的DNA为模板, 对设计的EST-SSR引物进行筛选, 发现15对EST-SSR引物都能扩增出产物。进一步用这些可扩增的引物对28个白菜品种进行PCR扩增, 发现7对引物显示多态性, 占引物总数的46.7%。此结果表明, 根据EST建立EST-SSR标记是一条简便而又有效的途径。     

燕麦microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

microRNAs(miRNAs)是一类长度约22 nt的内源性非编码单链小分子RNA,通过与靶基因互补位点配对结合,在转录后水平负性调控靶基因的表达。根据miRNA在植物中的高度保守性及其前体二级结构特征,用同源预测方法将大麦、小麦、二穗短柄草等已知的植物miRNAs与燕麦表达序列标签(EST)和基因组概览序列(GSS)数据库中的非编码序列比对,采用一系列的标准进行筛选,最后预测得到46个燕麦miRNAs前体,通过在线psRNATarget检索共预测到61个靶基因。结果表明,通过生物信息学方法大大提高了发现miRNAs及其靶基因的效率,补充了燕麦miRNA数据库的不足。     

马尾松表达序列标签多态性初步分析

遗传图谱是现代分子数量遗传学研究的一个基本平台 ,在过去的十几年中 ,林木遗传学家在几十个树种中构建了分子标记连锁图谱 ,并进行了一些重要数量性状的QTL分析。 (Bradshawetal.,1994 ;Ceveraetal.,2 0 0 1;Deveyetal .,1994 ;Echtetal .,1997;Grattapagliaetal.,1994 ;Muka     

大豆吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)的电子克隆和进化分析

电子克隆(In silicocloning)是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆(Glycine max)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1 280 bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列(GenBank登陆号为DQ139265)。经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,20~955 bp),编码311个氨基酸。通过与水稻、日本百脉根、烟草、截形苜蓿等物种的吡哆醇生物合成蛋白序列比对,发现该基因具有高度的保守性。表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索、筛选、拼接,是克隆基因的有效途径。     

Simple sequence repeats as useful resources to study transcribed genes of cotton

Microsatellites or Simple Sequence Repeats(SSRs) are informative molecular genetic markers in many crop species. SSRs are PCR-based, highly polymorphic, abundant, widely distributed throughout the genome and inherited in a co-dominant manner in most cases. Here we describe the presence of SSRs in cDNAs of cotton. Thirty one SSR primer pairs of 220 (∼14%) tested led to PCR amplification of discrete fragments using cotton leaf cDNA as template. Sequence analysis showed 25% of 24randomly selected cDNA clones amplified with different SSR primer pairs contained repeat motifs. We further showed that sequences from the SSR-containing cDNAs were conserved across G. barbadense and G. hirsutum, revealing the importance of the SSR markers for comparative mapping of transcribed genes. Data mining for plant SSR-ESTs from the publicly available databases identified SSRs motifs in many plant species,including cotton, in a range of 1.1 to4.8% of the submitted ESTs for a given species. This revised version was published online in August 2006 with corrections to the Cover Date.