食源性沙门氏菌PCR检测体系的建立及评估

为建立食源性沙门氏菌实时定量PCR检测体系,实现快速检测。根据GenBank数据库鼠伤寒沙门氏菌的invA基因序列(AE008832)设计引物,建立沙门氏菌实时定量PCR检测方法,通过标准曲线的建立和对40份牛奶和40份生肉进行检测评估检测体系的灵敏度和特异性。结果显示标准曲线相关系数为0.999,检出底限约8个细菌/反应。40份牛奶和40份生肉检测阳性率分别为2.5%和5%,与传统细菌分离检测结果完全相符。实时定量PCR检测沙门氏菌具快速、灵敏的优点,适宜于食品中沙门氏菌污染的调查及监测。     

亚砷酸氧化菌Sinorhizobium sp. GW3的鉴定与亚砷酸氧化酶基因的分离

亚砷酸氧化细菌能够将毒性大的As(Ⅲ)氧化成毒性小的As(Ⅴ),在生物修复砷污染方面具有应用价值。对一株新型亚砷酸氧化菌Sinorhizobium sp.GW3进行了较全面的鉴定,并分离及分析了亚砷酸氧化酶基因aoxAB。形态学、生理生化鉴定和16S rRNA基因等分析结果表明该菌为Sinorhizobium属。该菌对As(III)抗性的MIC(Minimum inhibitory concentration)为9 mmol/L。首次在Sinorhizobium属中分离了包括编码小亚基aoxA和大亚基aoxB在内的亚砷酸氧化酶基因,其编码的大小亚基与已发现的Agrobacterium tumefaciens(ABB51929)的大小亚基在氨基酸水平上分别有86%、80%的同源性。     

斑马鱼不同发育时期血管内皮生长因子受体2基因表达的实时定量PCR分析

[目的]探讨血管内皮生长因子受体2（VEGFR2-）基因在斑马鱼不同发育时期的表达。[方法]分别从12、24、48、72和96 h的斑马鱼胚胎和仔鱼中提取总RNA,用实时定量RT-PCR方法检测VEGFR2-基因表达,采用2^-△△Ct法进行数据分析。[结果]VEGFR2-基因表达量在12-72 h呈上升趋势,在96 h有所下降。12 h表达量最低,72 h表达量最高,与其他发育期均有显著差异。[结论]斑马鱼血管发育至72 h达成熟阶段。血管发育成熟前,VEGFR2-基因表达水平逐步增长;血管发育成熟后,VEGFR2-基因表达水平下降。     

鸡传染性喉气管炎病毒PCR快速检测方法的建立

根据GenBank发表的传染性喉气管炎病毒(ILTV)TK基因序列(EF552578),设计合成了1对特异性引物,通过优化反应条件,成功地从ILTV疫苗株中扩增出329 bp特异性片段,而传染性支气管炎病毒、新城疫病毒及马立克病毒基因组均未扩增为出相应的片段。回收的PCR产物经EcoRⅠ酶切和测序鉴定,证实了该扩增片段的特异性。PCR检测ILTV DNA的最小检测量为30 pg。经临床初步应用表明,该方法的建立使传染性喉气管炎病毒的检测更为快速、简便、经济和实用。     

一株柠条内生解磷菌的分离鉴定及实时荧光定量PCR检测

结合形态观察与16S rDNA序列测定对柠条根系内分离筛选得到的解磷细菌C9进行鉴定,Blast比对结果表明C9为泛菌(Pantoea vagans)。在无机磷液体培养基培养条件下,用钼锑抗比色法研究它的解磷能力。结果表明,随着时间的延长,培养液中速效磷含量逐渐增加到4.45mg/L,溶液pH可降至4.2。进一步利用实时荧光定量 PCR 检测柠条根系中、柠条根际土壤与柠条根围土壤中该细菌存在的相对基因拷贝数,结果发现该基因在3种样品中的数量为:柠条根系>柠条根际土壤>柠条根围土壤,表明泛菌解磷细菌能聚集生长在柠条根系内,随着与根系接触距离的增加而呈逐级递减趋势。     

南京小龙山植物内生与土壤微生物群落差异及其矿物风化功能的研究计划项目

以南京小龙山植株海州香薷、根际土壤与非根际土壤作为材料得到可培养的植物内生细菌、根际细菌与非根际细菌,通过研究样品间的群落差异,来分析所得菌种对植株、土壤的作用与影响.将可培养细菌加入钾长石中,通过测定分析不同生境细菌对矿物的风化能力,筛选出具有高效释放矿质元素能力的菌株.该研究有助于丰富微生物资源库,了解植物内生细菌与不同土壤微生物的作用与联系,为深入阐明细菌的矿物风化作用机制打下基础.     

猪伪狂犬病毒湖北株gE基因的克隆与序列分析

[目的]通过对从湖北省某猪场分离获得的伪狂犬病毒的gE基因克隆和测序,分析其遗传变化规律。[方法]参考GenBank中猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabies Virus,PRV)gE基因的序列设计1对引物,对PRV湖北株gE基因进行PCR扩增和序列分析,PCR产物克隆到pMD 18-T载体。对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序,与GenBank收录的国内外其他地区的标准参考毒株进行同源性分析和比较。[结果]与标准参考毒株的核苷酸序列同源性为95.0%~98.0%,进化树分析表明,PRVHBXS2014株与河南焦作株EU561349-China同属于一个分支,亲缘关系较近,但存在个别位点的基因突变。[结论]为有效防控该病提供参考。     

γ-干扰素受体在山羊颈前神经节的表达

旨在探索山羊颈前神经节是否具备接受γ-干扰素(interferon-γ,IFN-γ)作用的条件,是否有IFN-γ受体(interferon-γreceptor,IFNGR)的存在,进而明确神经调节与免疫调节之间的关系。分别取雌雄成年山羊颈前神经节各5对,用免疫组化SP法和PCR方法检测IFNGR在颈前神经节的表达情况。结果表明,在山羊颈前神经节的神经元、卫星细胞和神经纤维均有IFNGR免疫阳性产物分布,但主要分布于神经元胞体,IFNGR在神经元胞体的相对表达量显著高于非神经细胞结构(P0.05)。在山羊颈前神经节扩增到IFNGR1基因的cDNA片段全长376bp,与绵羊、牛、野猪、家兔、褐家鼠IFNGR1基因同源性分别为98%、97%、84%、73%、66%。在山羊颈前神经节中IFNGR主要在交感节后神经元表达与分布,具备对IFN-γ刺激做出反应的条件,提示山羊颈前神经节可能作为IFN-γ对靶器官免疫内分泌调节途径和自主神经对靶器官调节的神经途径之间相互协调的关键点。     

荧光实时定量PCR技术及其在水产养殖研究中的应用

荧光实时定量PCR技术是近年来快速发展起来的一门新技术,它是核酸探针技术、荧光共振能量传递技术(Fluorescence Resonance Energy Transfer,FRET)和PCR技术的有机结合。与常规PCR相比,它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高、能较准确定量等特点。本文综述了荧光实时定量PCR技术的基本原理及几种广泛应用的荧光化学方法,并概述了荧光实时定量PCR技术在水产养殖研究领域的应用现状,并对荧光实时定量PCR技术的应用前景进行了展望。     

斑节对虾细胞周期蛋白Y基因克隆与原核表达

为了研究细胞周期蛋白Y(cyclin Y)在斑节对虾(Penaeus monodon)卵巢发育中的作用,从斑节对虾转录组数据中筛选获得cyclin Y基因部分序列,采用SMART-RACE方法克隆得到斑节对虾细胞周期蛋白Y(Pm-cyclin Y)基因c DNA全序列。Pm-cyclin Y基因c DNA全长1576 bp,其中包含108 bp的5′非编码区(5′UTR)和439 bp的3′非编码区(3′UTR)以及1029 bp的开放阅读框(ORF),可编码342个氨基酸。生物信息学分析显示,其编码的氨基酸序列有1个保守的周期蛋白框(cyclin box)同源结构域(172~257 aa),预测的分子量约为37.6 k D,理论等电点6.64。实时定量PCR显示其m RNA在卵巢的表达量显著高于其他组织(P0.05);并且在卵巢5个不同发育期都有表达,在III期卵巢中的表达量最高。本研究通过原核表达方法对Pm-cyclin Y进行重组表达,为其蛋白质功能方面的研究奠定了基础。