燕麦C基因组反转录转座子分离与特异性标记的建立

燕麦属是禾本科中重要的属,其中,栽培燕麦是一种营养价值很高的粮、经、饲、药多用途作物,而野生物种中则含有多种优良农艺性状基因,是遗传改良的重要资源。基因组和染色体特异性的分子标记是分子育种工作的重要工具,以燕麦属不同倍性和基因组物种为材料,利用300条随机引物(random amplified polymorphic DNA,RAPD),从燕麦C基因组中筛选到一条基因组特异性序列OPR51655;比对和原位杂交发现,OPR51655为一Ty1-copia型反转录转座子重复序列,其同源序列分布于除端部和着丝粒外的整个染色体臂上;根据OPR51655建立了燕麦C基因组特异性(sequence-characterized amplified region,SCAR)标记,利用该标记能有效地检测燕麦栽培种和野生种中的C基因组染色质。     

应用SSR分子标记评价不同年代东北三省粳稻基因组遗传构成

为进一步明确北方粳型水稻基因组遗传构成,利用52个SSR分子标记对79份不同时期东北粳稻品种进行遗传多样性与基因组遗传构成的研究.结果表明:品种遗传多样性在省份间呈现出辽宁＞黑龙江＞吉林,在年代间呈现出2001～2008＞1981～1990＞1991～2000＞1963～1980的趋势;基因组籼稻成分比例表现为辽宁品种...     

鸭坦布苏病毒XZ-2012株的分离鉴定与基因变异分析

[目的]2012年10月徐州地区某鸭场的樱桃谷种鸭突然发生产蛋下降,疑似鸭坦布苏病毒病.为了确诊病因,本试验进行了剖检与病原的分离鉴定.[方法]将病料匀浆处理后尿囊腔接种SPF鸡胚,分离病毒,接种BHK细胞培养,应用RT-PCR扩增病毒全基因,测序并进行基因进化分析.[结果]分离到一株鸭坦布苏病毒,命名为DTMUV XZ-2012株.该病毒株能适应鸡胚,无血凝活性,在BHK-21细胞上第5代的病毒滴度为5×104 PFU·mL-1.测序结果表明该病毒株基因组全长为10 990 nt,编码的多聚蛋白含3 426个氨基酸.DTMUV XZ-2012株与BYD株、YY5株和JS_2010株等分离株的全基因同源性为98.5％ ～99.3％.与最早分离的BYD株等相比,XZ-2012株的基因变异主要分布于E基因、NS1基因、NS2基因和NS5基因,提示该病毒在自然界的流行存在一定的免疫压力.[结论]本试验成功分离鉴定了一株鸭坦布苏病毒,为鸭坦布苏病毒候选疫苗株的筛选及病毒分子流行病学研究提供了参考信息.     

基于线粒体基因对直翅目昆虫系统发育学的研究

简要概述了线粒体基因组的结构和特点,同时基于线粒体基因组中的13个蛋白编码基因,选螳螂目、蜚蠊目、等翅目及螳脩目的5个种为外群,对直翅目34个种进行系统发育学研究.结果表明直翅目与外群分开,形成单系群.直翅目内部形成螽亚目与蝗亚目2个单系群.在螽亚目内部形成螽次亚目与蟀次亚目2个分支,且驼螽总科与螽斯总科形成姐妹群,但...     

Pigeonpea improvement: An amalgam of breeding and genomic research

In the past five decades, constant research has been directed towards yield improvement in pigeonpea resulting in the deployment of several commercially acceptable cultivars in India. Though, the genesis of hybrid technology, the biggest breakthrough, enigma of stagnant productivity still remains unsolved. To sort this productivity disparity, genomic research along with conventional breeding was successfully initiated at ICRISAT. It endowed ample genomic resource providing insight in the pigeonpea genome combating production constraints in a precise and speedy manner. The availability of the draft genome sequence with a large‐scale marker resource, oriented the research towards trait mapping for flowering time, determinacy, fertility restoration, yield attributing traits and photo‐insensitivity. Defined core and mini‐core collection, still eased the pigeonpea breeding being accessible for existing genetic diversity and developing stress resistance. Modern genomic tools like next‐generation sequencing, genome‐wide selection helping in the appraisal of selection efficiency is leading towards next‐generation breeding, an awaited milestone in pigeonpea genetic enhancement. This paper emphasizes the ongoing genetic improvement in pigeonpea with an amalgam of conventional breeding as well as genomic research.     

二穗短柄草叶绿体RNA编辑位点的预测及其鉴定

RNA编辑是陆生植物叶绿体转录后基因表达调控的一种重要方式。为进一步探讨单子叶植物RNA编辑功能及其发生机制,本研究通过生物信息学方法,对二穗短柄草叶绿体的81个蛋白编码基因的RNA编辑位点进行了预测和鉴定分析,结果发现78个基因存在编辑位点,共检测到176个编辑位点,都是C到U的转换。其中ndhB最多,为14个编辑位点。为验证预测结果,利用blast工具比对了NCBI的二穗短柄草EST数据库,最终确定存在于17个基因中的34个编辑位点是真实存在的,其中19个为沉默编辑,15个为有效编辑。与5个不同单子叶禾本科物种18个蛋白编码基因的RNA编辑位点的比较发现,在rpoB-206位点,只有二穗短柄草发生了编辑,且只有ndhD-295(293)为部分编辑位点。     

Putative virulence-related genes in Vibrio anguillarum identified by random genome sequencing

The genome of Vibrio anguillarum strain H775-3 was partially determined by a random sequencing procedure. A total of 2,300 clones, 2,100 from a plasmid library and 200 from a cosmid library, were sequenced and subjected to homology search by the BLAST algorithm. The total length of the sequenced clones is 1.5 Mbp. The nucleotide sequences were classified into 17 broad functional categories. Forty putative virulence-related genes were identified, 36 of which are novel in V. anguillarum, including a repeat in toxin gene cluster, haemolysin genes, enterobactin gene, protease genes, lipopolysaccharide biosynthesis genes, capsule biosynthesis gene, flagellar genes and pilus genes.     

斜带髭鲷线粒体DNA控制区序列的结构分析

采用PCR技术获得我国南海斜带髭鲷（Hapalogenys nitens）养殖及野生群体共50尾样品的mtDNA控制区全序列,长度范围788～790bp;测得序列与GenBank下载的其他鲈形目鱼类D-loop全序列利用CLUSTALX进行排序后,对控制区结构进行分析。识别了其终止结合序列区、中央保守区和保守序列区,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3）,并给出了其一般形式;此外,基于斜带髭鲷D-Loop全长序列,利用贝叶斯法构建了分子系统进化树。结果显示,斜带髭鲷养殖群体与野生群体部分样品各自紧密聚成一小支,而在整棵进化树上,养殖样品与野生样品相互交错聚集在一起,可见本研究海区斜带髭鲷养殖群体与野生群体之间的遗传差异分化不显著。     

水产生物基因组研究进展与趋势

本文综述了水产生物基因组研究相关技术的发展历程和关键技术的应用。以二代测序技术的出现为分界点,首先回顾了早期水产养殖生物在遗传学和分子生物学方面的研究结果,以及为开展全基因组测序所做的相关基础研究,然后重点介绍了二代测序技术应用于水产生物全基因组测序和经济性状遗传基础解析的研究进展,最后展望了水产生物基因组研究发展趋势。水产生物经济性状遗传机制高度复杂,从全基因组角度阐明其遗传机制仍有很多难题,但基因决定性状是生物学法则之一,探索这一过程的奥秘引人入胜。