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【背景】山羊第一卵泡波中的优势卵泡(dominant follicles, DF)和从属卵泡(subordinate follicles, SF)是整个卵泡发育过程中最为关键的两个阶段。随着卵泡的进一步发育,最终DF可能发育成为成熟卵泡,直到排卵;SF将走向闭锁,其中颗粒细胞的凋亡是导致卵泡发生闭锁的关键因素。然而目前对促进卵泡的优势化或导致其闭锁的分子机理尚不清楚。【目的】通过对山羊第一卵泡波中DF和SF颗粒细胞进行高通量测序,旨在筛选影响卵泡发育的关键基因,为深入探究卵泡发育的调控机制提供理论依据。【方法】选取10只1岁龄健康的贵州白山羊分别注射前列腺素F2α,使其同期发情,此后每天用B超检测并记录卵泡的生长情况,发情3 d后,统一屠宰并采集第一卵泡波中DF (直径4.5—6 mm)与SF (直径3 —4.5 mm),分别分离其中的颗粒细胞,提取总RNA、构建文库后通过Illumina Hiseq 2500平台进行测序。利用FastQC对测序产出raw reads进行质量评估并经过过滤后,获得品质较高的clean reads;使用Trinity对得到的clean reads进行重新组装,从而获得unigenes;使用CLC Genomics Workbench将unigenes与山羊RefSeq数据库进行比对获得mRNA;使用DESeq2 软件对获得的mRNA进行差异表达分析;分别采用goseq和kobas软件对得到的差异表达基因进行GO分析及KEGG信号通路分析;最终通过qRT-PCR对筛选出的可能影响卵泡发育的关键基因进行验证。【结果】分别对测序得到的raw reads进行过滤后,在DF颗粒细胞中获得43 217 934条clean reads,占raw reads的比例为95.19%;SF颗粒细胞中获得40 766 348条clean reads,占raw reads的比例为95.35%。将得到的unigenes与山羊的RefSeq 数据库进行比对后,共得到33 896条带有注释的转录本,再通过设定FPKM>1, q value<0.05,共在两种卵泡颗粒细胞中获得13 644个基因。设定参数:FPKM≥1,SF-FPKM/DF-FPKM>1,P<0.05,获得695个差异表达mRNA,其中233个在SF颗粒细胞中表达显著上调,462个表达显著下调;对所获得695个差异表达mRNA进行GO功能富集分析,共分为三大类42组:其中生物学过程占47.6%,细胞组分占47.6%,分子功能占4.8%;KEGG信号通路分析,发现20条通路,其中与核糖体通路相关的基因富集最为显著。通过在Genecard中进行功能分析后,筛选6个可能与山羊卵泡发育密切相关的基因,其中PRLR、PTX3、RGN在SF颗粒细胞中表现为上调;DKK3、ALDH1A2、RARRES1则表现为下调。qRT-PCR显示PRLR、RGN、DKK3、ALDH1A2、RARRES1的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在从属卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于优势卵泡(P<0.01);DKK3、ALDH1A2、RARRES1在优势卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于从属卵泡(P<0.01)。【结论】DKK3、ALDH1A2、RARRES1和RGN在优势卵泡和从属卵泡中表达量存在极显著差异,推测在山羊卵泡发育过程中可能促进卵泡的优势化或导致闭锁,对深入探究卵泡发育的调控机制具有重要意义。 相似文献
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通过采用测定200只壶天山羊的体尺体重,统计66胎产仔情况、屠宰6只成年羊,将8只成年杂交羊(壶天羊×马头羊)和50只成年壶天羊作对比等办法,从而真实系统地总结了该山羊的各项生产性能.对以"七化四结合"为主要内容的山羊生态养殖关键技术进行了研究,提出了"羊→沼→稻(菜或草)"生产模式和"企业 农户"的经营模式. 相似文献
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通过实际观察、杂交试验、考察育种记录、遗传分析和适合性检验,对贵州黑马羊间性、无角、颌下髯以及颈部肉垂特征遗传规律进行了研究,同时分析和探讨了黑马羊相关遗传特征表现的基因表达方式和遗传关系.结果表明:①“无角×无角”繁殖的F1代无角羊占72.41%,有角羊占24.14%,无角间性羊占3.45%;②“有角×有角”繁殖的F1代有角羊为100%.③“有角×无角”、“无角×有角”的正反交试验,F1代无角羊占52.20%、有角羊占47.80%.④对166只19个群体的黑马羊统计,颌下有髯率为80.72%,颈部有肉垂率为19.28%;无角(P)对有角(p)呈显性,无间性(I)对间性(f)呈显性,颌下有髯对无髯呈显性,颈部有肉垂对无肉垂呈完全显性;有角山羊基因型为ppH,正常无角羊基因型为PPII、PPIi和PpII、PpIi,间性羊基因型为PPii、Ppii,且山羊间性与无角存在连锁关系. 相似文献
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试验旨在研究日粮添加半胱胺(CS)和海南霉素(HM)对山羊肌内共轭亚油酸(CLA)含量的影响.选取健康、体重一致[(15±1)kg]的3月龄育肥山羊90头,随机分成3组:组I饲喂基础日粮,组Ⅱ在基础日粮中添加900 mg/kgCS,组Ⅲ添加5 mg/kg HM.60 d后每组随机选10头宰杀,取背最长肌和半腱肌,采用索氏抽提法测定肌内脂肪含量,采用毛细管气相色谱分析法测定肌肉中CLA的含量.结果显示:对照组背最长肌肌内脂肪含量比半腱肌高62.3%(P<0.05),每100mg肌肉中CLA含量比半腱肌高41.9%(p<0.05);半胱胺和海南霉素对山羊肌内脂肪含量无显著影响,但半胱胺能够有效提高羊肉中CLA含量.半胱胺处理组半腱肌肌内脂肪中CLA含量与对照组相比增加26.5%(P<0.05);日粮添加海南霉素使背最长肌肌内脂肪中CLA含量提高10.1%,但作用不显著. 相似文献
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MC1R是影响皮肤色素沉着中黑皮素系统的重要基因,通过信号分子的相互作用影响黑色素的生成。为探究酉州乌羊 MC1R的生物学特性,本研究对酉州乌羊MC1R进行了分离鉴定、生物信息学分析。结果表明,酉州乌羊皮肤组织MC1R基因的CDS序列为954 bp,共编码317个氨基酸,酉州乌羊与各物种MC1R具有较高同源性。酉州乌羊MC1R编码蛋白的分子式是C1603H2565N411O410S22,其为疏水蛋白,有7个α-螺旋组成的跨膜结构域和3个保守功能结构域,MC1R氨基酸序列大部分都用于构成α-螺旋。此外,酉州乌羊MC1R基因c.676A>G突变,其编码的氨基酸由赖氨酸转变为谷氨酸,位于受光刺激和G蛋白配体结合的保守结构域上,氨基酸的异义替换还造成了酉州乌羊MC1R空间构象的差异。而对重庆市山羊群体多态性检测发现,山羊MC1R基因c.676A>G变异位点在重庆合川白山羊、巫溪白山羊、本地白山羊、酉州乌羊中共享,且c.676A>G位点的各基因型在皮肤白色和乌色山羊群体中的分布差异不显著(P>0.05)。本研究初步揭示酉州乌羊MC1R的序列特征和蛋白结构,为酉州乌羊MC1R影响皮肤色素沉积的分子机制研究提供了理论数据。 相似文献