马属动物着丝粒结构及重定位的研究进展

核型快速进化是马属动物基因组进化的最显著特征,很多染色体内或染色体间的重排以及融合裂变事件可解释其核型多样化,然而非重排所致的着丝粒重定位也对染色体形态产生影响。据报道,着丝粒重定位事件普遍存在于动植物基因组,尤其马属动物上出现较频繁,因此人们开始研究着丝粒特征及进化模式,试图揭示着丝粒移动的机制及其对生物产生的影响,但着丝粒重定位的机制目前还没有得到一个合理的解释。着丝粒是真核生物染色体的重要结构,它介导动粒装配参与染色体的分离和稳定遗传。着丝粒的功能高度保守,但其结构在物种间甚至在同一物种不同染色体间也有差异,并且着丝粒序列由大量重复序列构成,因此对研究带来了巨大挑战。在阅读相关文献的基础上,现对马属动物着丝粒结构进化及着丝粒重定位事件的新进展进行概述,并探讨了马属核型的进化模式。     

五指山小型猪DAZAP2 cDNA的克隆及其生物信息学分析

为了克隆五指山小型猪DAZ相关蛋白2(DAZAP2)cDNA全长并进行生物信息学分析,试验以构建的五指山小型猪外周血白细胞cDNA文库为材料,采用菌落PCR方法克隆得到DAZAP2全长cDNA序列,并运用生物信息学软件对其核苷酸序列进行分析,预测其编码蛋白的理化性质及二级结构等。结果表明:五指山小型猪DAZAP2基因的核苷酸序列及其氨基酸序列与人、苏门达腊猩猩、斑马鱼、非洲爪蟾、牛、褐家鼠等动物具有很高的相似性。DAZAP2 cDNA全长943 bp,5’非翻译区长69 bp,3’非翻译区长367 bp,含有1个完整的开放阅读框,编码168个氨基酸。该蛋白的分子质量为17 311 ku,等电点为7.48。     

Analysis of Rumen Microbial Diversity and Functional Prediction of Chinese Simmental Cattle Based on 16S rRNA High-throughput Sequencing Technology

To systematically explore the microbial diversity and function in the rumen of Chinese Simmental cattle,this experiment used 16S rRNA gene high-throughput sequencing technology to detect and analyze the rumen fluid samples of Simmental cattle (about 20 months old,the average weight was 550 kg),and its function was predicted by PICRUSt.The results showed that a total of 66 712 high-quality sequences were obtained from the Illumina Miseq sequencing platform,and 1 797 operational classification units (OTU) were obtained by cluster analysis.The taxonomic identification was divided into 13 phylums,20 classes,22 orders,33 families and 59 genuses;Firmicutes and Bacteroidetes were dominant bacteria,accounting for 62.46% and 22.45%,respectively;Based on the genus composition,[Eubacterium]_coprostanoligenes_group (9.16%),Ruminococcus_2 (7.90%),norank_f__Bacteroidales_RF16_group(6.23%),norank_f__Ruminococcaceae(4.79%),Rikenellaceae_RC9_gut_group(4.72%),norank_f_Bacteroidales_BS11_gut_group(4.49%),Ruminococcus_1(4.43%),etc.The PICRUSt function of the 16S rRNA genome predicted that the rumen flora function was mainly concentrated in carbohydrate transport and metabolism,and might contain a large amount of cellulose and lignin degrading enzyme genes.In summary,the high-throughput sequencing technology based on 16S rRNA gene fully revealed the diversity of rumen bacteria in Simmental cattle,and predicted that it was rich in protein decomposition and lignocellulose degrading enzymes.The basis of microbial cognition provided a reference for further research on rumen microbial functional genes closely related to some important nutritional and physiological functions.     

基于Fiber1基因分型的安卡拉病毒感染病例实验室检测

为确诊贵州省某养鸡场发生疑似安卡拉病毒感染的病例,实验基于安卡拉病毒Fiber1基因设计合成引物,对病料样本进行病原核酸检测和核酸测序与序列分析。结果:(1)从病例的肝脏样本中扩增出大小约1 296 bp的Fiber1基因目的片段,与预期结果相符。(2)序列测定与分析显示,扩增的Fiber1基因序列与国内分离株序列同源性高,亲缘关系近。(3)系统进化分析显示,感染病例中的安卡拉病毒流行株(命名为:GZ-LPS)与K31、MX-SHP9、ON1和河北、江苏等地的FAdV-4分离株处于同一进化分支,而与其他血清型禽腺病毒株处于不同进化分支。结论:此次疫情经实验室诊断,确定为禽腺病毒Ⅰ群C种血清4型的安卡拉病毒感染所致。     

马鹿Zfx/Zfy基因的克隆及序列分析

根据GenBank中公布的牛Zfx/Zfy基因的mRNA序列,设计特异性引物,对马鹿Zfx/Zfy基因进行扩增,并对该序列进行分析。结果表明,克隆得到马鹿Zfx基因序列长为2 115 bp,GenBank登录号为KP257294.1,编码696个氨基酸;Zfy基因序列长为2 406 bp,GenBank登录号为KU041539,编码801个氨基酸。依据Zfx/Zfy基因氨基酸序列构建进化树,分析表明,马鹿Zfx基因与人的亲缘关系较近,与聚为一类的野牛、藏羚羊、虎、家猫、家牛、家犬、绵羊的亲缘关系稍远;Zfy基因与家牛、野牛、藏羚羊、绵羊的亲缘关系较近,与其他动物及人的亲缘关系较远。本研究首次克隆了马鹿Zfx/Zfy基因,为研究该基因蛋白质的结构和功能奠定了基础。     

传染性喉气管炎病毒WG株糖蛋白gJ基因的克隆与表达

根据GenBank中已发表的传染性喉气管炎病毒全基因组序列（NC006233）设计引物,以传染性喉气管炎病毒WG株基因组为模板,PCR扩增糖蛋白gJ基因,并对其进行序列分析。用DNAStar软件分析酣蛋白的抗原性,选择抗原性强的140aa-483aa片段,克隆并连接到原核表达载体pET-32a（＋）中,转化BL21（DE3）菌株。经IPTG诱导后,获得大小为65．2ku的重组蛋白,命名为卜出,表达量占菌体蛋白总量的60．8％;Westernblot分析表明r-gJ具有较强的抗原性。     

绵羊DECR1基因exon 5部分序列多态性分析

试验根据GenBank登录的牛2,4-双烯-CoA还原酶1(2,4-dienoyl-CoA reductasel,DECR1)基因序列(NP_001068891)设计引物,应用PCR技术对德国美利奴绵羊、杜泊绵羊、特克塞尔绵羊DECR1基因的exon 5部分序列进行克隆测序;利用PCR-SSCP技术检测了3个绵羊群体exon 5单链构象多态性(SNP),所获序列与GenBank中其他物种exon 5序列进行了同源性比较,并构建了亲缘关系聚类分析图.结果表明,绵羊DECR1基因exon 5长为137 bp,3个绵羊群体中exon 5均不存在SNPs,各种动物之间DECR1基因exon 5的同源性较高,在81.02%(鸡)～97.08%(牛)之间,其中绵羊和牛同源性最高,达到97.08%;与鸡的同源性最低,为81.02%;聚类分析结果显示,绵羊首先与牛聚为一类,再分别与兔子、狗聚为一类,最后分别与人、猪聚为一类,绵羊与牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远,与传统分类相一致,说明DECR1基因exon 5在动物进化过程中高度保守.     

伪狂犬病毒GDSH株的分离鉴定及gE基因的序列分析

从广东四会某猪场分离到一株疑为猪伪狂犬病病毒(PRV)的病毒,病毒在猪肾细胞上出现细胞变圆、拉网、融合等典型病变,并具有细胞泛嗜性特点。在MDCK细胞上测得其TCID50值为10-8/0.1mL,能被伪狂犬病病毒标准阳性血清中和。将0.1mL病毒液接种小鼠后发生奇痒并麻痹致死,接种猪3天后发病,7天死亡,从攻毒病死猪的脑组织病理切片上观察到典型的病毒性脑膜脑炎及血管套现象。通过PCR扩增到PRVgD基因,由此进一步证明所分离病毒为猪伪狂犬病毒,并命名为GDSH株。根据GenBank中发表的序列,设计一对扩增PRVgE基因的特异性引物,建立可以区分PRV野毒株与疫苗株的PCR诊断方法。以此方法对病毒的细胞培养液进行检测,结果证实所分毒株为PRV野毒株,经克隆测序后与GenBank收录的其它PRVgE基因序列进行比较,发现所测毒株的核苷酸序列与其它PRV毒株的同源性介于98.3%～99.9%之间,其中与PRVEa株的亲缘关系最近为99.9%。