人源H3N2亚型猪流感重组病毒的分离鉴定及全基因序列分析

本研究由疑似猪流感病料样品中分离一株病毒,通过HA、HI、电镜观察、生物学特性测定及全基因序列测定表明,分离病毒株为H3N2亚型人流感病毒和H1N1亚型古典猪流感病毒(SIV)的重组体,命名为A/Swine/Fujian/F2/07(H3N2).该分离株含有8个基因片段,共13 442 bp,与GenBank中登录的H3N2亚型人流感病毒、H1N1亚型古典SIV和H3N2亚型SIV进行比较分析显示:分离株的HA、NS、NA基因与H3N2亚型人流感病毒株的同源性分别为84.7 ％～98.1％、94.4 ％～99.5％和88.6 ％～97.6％;与H3N2亚型SIV的核苷酸同源性分别为87.7％～98.5％、82.5 ％～99.9％和87.6 ％～98.4％;M基因与H3N2亚型人流感病毒和SIV的同源性均在90.1％以下,而与H1N1亚型古典SIV的同源性在97.6％以上.基因型分析表明分离株的PB2、PBI、PA、HA、NP、NA和NS基因片段来源于1975年～1982年的人流感病毒,而M基因来源于H1N1亚型古典SIV,充分证明猪作为流感病毒“混合器”的作用.     

家蚕基因组研究又获重要进展研究论文在世界最高学术刊物发表

农业部蚕桑学重点实验室研究人员继去年与中科院北京基因组研究所通力合作,完成中国家蚕基因组框架图之后,又马不停蹄地开展深入研究,经过一年来对家蚕全基因组序列进行生物学分析,共获得了18510个家蚕基因,其中大部分为新发现的基因;     

广州桑树植原体分子检测及多样性初探

采用植原体16S-23S rDNA区段的通用引物对P1/P7和巢式引物对Rm16F2/Rm16R1,建立了快速准确的桑树植原体巢式PCR检测技术。对广州的两个桑树品种资源圃中的部分桑树品种进行了植原体分子检测,结果在两个资源圃中均发现有植原体存在。对巢式PCR的扩增产物(16S rDNA片段)进行了限制性片断长度多态性(RFLP)分析,显示出3种RFLP带型,暗示桑树植原体存在多样性。对所得植原体16S rDNA片段进行序列测定,并与其它植物植原体作亲缘关系分析,结果表明该植原体的16S rDNA序列与其它植物病原植原体之间的同源性为83.3%~99.9%,并初步判断所检测到的桑树植原体属于16S rI组。     

牛场地表土壤中芽孢杆菌的分离与鉴定

以呼和浩特市某牛场地表土壤为研究对象,通过传统的微生物培养方法和基于16S r RNA基因序列的新型分子生物学方法对其中的微生物进行了分析。结果显示在牛场地表土壤中共鉴定出蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)、地衣芽孢杆菌(Bacillus lincheniformis)、产芽孢梭菌(Clostridium sporogenes)、纯黄肠球菌(Enterococcus gilvus)和拜氏梭菌(Clostridium beijerinckii)共40株,并通过16S r RNA基因序列的系统发育树研究得到蜡样芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌这三种优势芽孢杆菌之间的亲缘关系。该研究为后续开发应用于无抗饲料添加剂和生物农药的绿色、安全、高效的益生芽孢杆菌微生态制剂提供一定的数据基础。     

会理黑山羊MyoG基因的鉴定及序列分析

为了研究会理黑山羊肌细胞生成素(MyoG)基因的结构及调控机制,应用PCR技术扩增、克隆该基因,结果:会理黑山羊MyoG基因长度为2 043 bp,包括3个外显子、2个内含子及部分5'-UTR(73 bp)与3'-UTR(9 bp)序列。采用DNA Star、MEGA 5.1、NetPhos 2.0等生物信息学软件分析获得的序列,通过分析会理黑山羊与已知物种的MyoG基因进化关系,结果:进化树结果与传统分类学中已知生物分类的结果一致,会理黑山羊与山羊同处一分支,与山羊、绵羊核苷酸同源性分别为99.5%、97.5%;存在4个主要的疏水区,亲水区占据了大部分区域,表现出的亲水特征;存在23个潜在磷酸化位点、无跨膜区;MyoG具有保守的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)结构域。     

家蚕幼虫性腺表达序列标签分析(英文)

分别以5龄幼虫的精巢和卵巢构建了2个家蚕cDNA文库.利用表达序列标签方法分析参与家蚕性腺发育的基因,通过测序获得 16 737条ESTs(精巢 8 407条,卵巢 8 330条),拼接这些ESTs共得到 2 107个重叠群(contig)和 3 532个单拷贝(singlet).将这些转录物与GenBank非冗余蛋白质库比较,结果显示约34.3%的基因与数据库中蛋白质具有相似性.功能注释表明蛋白质合成相关基因、精巢特异基因等在文库中大量存在.基因本体(gene ontology)功能分类显示精巢与卵巢基因表达谱差异较大.研究结果为理解家蚕性腺发育提供了信息.     

牦牛生长分化因子-9基因cDNA克隆及序列分析

根据GenBank中普通牛生长分化因子9(GDF-9)基因序列(AF 307092)设计1对引物,以麦洼牦牛卵母细胞总RNA为模板,通过RT-PCR技术对牦牛GDF-9基因cDNA进行克隆测序和序列分析.结果表明:所克隆的1399 bp片段为预期的牦牛GDF-9基因cDNA序列,包含由2个外显子组成的全编码区和3′-下游部分序列.牦牛GDF-9基因编码区核苷酸序列长度为1362 bp,编码453个氨基酸,与GenBank中报道的普通牛、水牛、绵羊、山羊相应序列一致,而与人和黑猩猩存在差异.和普通牛相比,牦牛GDF-9基因编码区存在1处碱基转换(C→T),导致相应的氨基酸由丙氨酸(A)转换为缬氨酸(V).牦牛与普通牛、水牛、绵羊、山羊、人和黑猩猩的核苷酸同源性分别为99.9%、98.4%、97.0%、96.8%、85.6%和85.1%;氨基酸同源性分别为99.8%、97.1%、95.1%、95.4%、79.4%和79.5%.利用NJ法和MP法以该基因编码区核苷酸序列构建的物种间分子系统进化树结果基本一致,即牦牛与普通牛先聚为一类,再与水牛聚为一类,而后与绵羊和山羊聚为一类,最后与人和黑猩猩聚为一类.该聚类结果与物种间遗传距离大小一致,也与各物种在动物学上的分类相吻合,表明GDF-9基因编码区适用于构建物种间系统进化树.     

绵羊痘病毒HB株的分离鉴定

从华东感染的绵羊中分离到一株病毒,命名为HB株。根据已发表的绵羊痘病毒的基因序列设计了一对引物,采用PCR方法从病毒HB株总DNA中扩增出与预期大小相符的特异性条带。将扩增产物提纯后克隆入pMD-18T载体中,经Amp和蓝白斑筛选和PCR鉴定后,对阳性克隆株进行了序列测定和序列分析。扩增所得的HB株的基因片段与已发表的绵羊痘病毒毒株的相应基因片段具有高度同源性,同源性在99.5%~100%。研究结果证实分离毒株为绵羊痘病毒。     

鸡大肠杆菌iss基因的克隆测序及原核表达

本实验对鸡大肠杆菌O2血清型菌株进行iss基因克隆测序，并在此基础上设计出两对套式引物，分别对含信号肽Miss基因序列和不含信号肽Miss基因序列进行扩增，并与原核表达载体pGEX-6p-1连接进行原核表达。iss基因克隆测序的结果与两组国外发表Miss基因序列进行比对，其同源性达100％。SDS—PAGE鉴定显示融合蛋白获得了较理想的表达，融合蛋白分子量分别约为36kD和33kD。     

Sequence and Phylogenetic Analysis of rDNA ITS of Three Eimeria Species in Rabbit

In order to study whether the internal transcribed spacers (ITS) sequence could be used as a molecular marker for the species identification of rabbit coccidian, the rDNA ITS of Eimeria intestinalis, Eimeria flavescens and Eimeria magna were amplified by polymerase chain reaction (PCR), and were cloned into pGEM-T Easy vector subsequently. The positive recombinant plasmids were identified by PCR and then sequenced. By sequence comparison and comparative analysis with the relative sequences of rabbit Eimeria spp. available in GenBank, the results showed that the lengths of Eimeria intestinalis, Eimeria flavescens and Eimeria magna were 1065, 1009 and 1047 bp, respectively, and the sequence homologies with the same species sequences were 99.2%, 99.0% and 94.5%, respectively, while were 55.3% to 82.1% compared with corresponding sequences of other different species sequences. The phylogenetic analysis using software Mega 5.0 showed that all rabbit coccidia clustered together in a clade, which was divided into two sister lineages, corresponding to the presence or absence of oocyst residuum. The result demonstrated ITS could be used as a molecular marker for the species identification of rabbit coccidia.