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带属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析 总被引:2,自引:0,他引:2
通过利用生物生物信息学方法分析带属绦虫线粒体DNA(mtDNA)碱基组成、基因结构、密码子利用、基因变异及其在分子系统进化研究中的应用价值等,以期为带属虫种线粒体功能基因组学研究、分子分类学研究及其疾病诊断提供重要依据。从NCBI GenBank中下载已测序的6种带属绦虫线粒体基因组(mt genome)全序列,以细粒棘球绦虫mtDNA序列作为参考序列(外群),用ClustalX软件(1.83)(http://www2.ebi.ac.uk/clustal w/)进行多重序列比对,用DNAStar软件进行序列差异性分析,用MEGA4软件的邻接法(Neighbor-joining method)构建进化树,核苷酸进化距离算法用最大似然法(Maxi mumlikelihood method),氨基酸进化距离算法用泊松校正法(Poissoncorrection method),进化树检验用自展法(Bootstrap test)。tRNA和2个非编码区RNA二级结构预测分别使用软件ARWEN和RNAstructure Version 4.6。结果显示,带属绦虫mtDNA为双链闭环分子,为13.3~13.7 kb;4种碱基成分中,T含量最高(超过47%),C含量最低(低于9%);共有36个按照相同顺序排列的编码基因,其中蛋白质编码基因有12个,tRNA编码基因有22个(其中编码丝氨酸-tRNA和亮氨酸-tRNA的基因有2个,其余18种tRNA分子各有1个),rRNA编码基因有2个(包括1个大亚基和1个小亚基)。基因组结构紧凑,基因间存在重叠区域,如nad4L和nad4基因;除广泛使用ATG作为起始密码子编码蛋氨酸,部分基因如多头绦虫nad6基因用GTG作为蛋白质翻译的起始密码子。线粒体tRNA长度为58~76 nt,二级结构多数呈典型的三叶草结构,少数呈D-loop结构;2个线粒体rRNA亚基基因rrnL和rrnS被trnC基因分隔开;线粒体基因组有2个大的非编码区,1个长非编码区(LNR)和1个短非编码区(SNR);线粒体基因组中蛋白编码基因之间的差异为5.7%~28.9%,其中cox1和nad4L基因比较保守,而nad5和nad6则变异较大,进化较快。结果表明,根据线粒体基因组序列绘制的带属绦虫分子进化树表明,亚洲带绦虫(T.asiatica)和牛带绦虫(T.saginata)间的亲缘关系最近,成为姊妹种,而多头绦虫(T.multiceps)与前两者的亲缘关系比猪带绦虫(T.solium)与前两者的关系更近,但与虫种的生物学特征存在一定差异。 相似文献
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采用三因子二次正交旋转组合回归设计,以N、P和K3种肥料为因子,在青海省玉树州高寒草地进行施肥试验。结果表明,缺乏N和P的高寒退化草地,不缺K,3个施肥因素对牧草产量的影响顺序为NPK,草地牧草产量(Y,kg/hm2)可用其与N(kg/hm2)和P(kg/hm2)间的二元二次方程Y鲜重=11 027+742 N+728 P-2 540 N2-624 P2-1 055 NP和Y干重=3 706+243 N+232 P-716 N2-201 P2-306 NP很好地估测;牧草产量较优施肥组合为251.80 kg N/hm2+131.82 kg P/hm2和269.69 kg N/hm2+119.36 kg P/hm2。 相似文献
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泽库县草地生态环境现状及治理措施 总被引:1,自引:1,他引:1
泽库县地处青海省东南部,地理位置在东经100°34’~102°08’、北纬34°45’~35°32’之间。全县土地总面积为66万hm2,其中草地面积为65.25万hm2,占土地总面积的98%。可利用草地面积为61.88万hm2,占全县草地总面积的94.7%。草地类型以山地草甸类、山地草原类、高寒草甸类、沼泽类、高寒沼泽类、灌丛草甸类和疏林类为主。草地资源是泽库县畜牧业生产的主要物质基础,随着经济的发展,人口的不断增加,对畜产品的需求量急剧上升,导致牲畜饲养量增加,速度过快,草地负荷大,退化加剧,草地生态环境日趋恶化。1 草地资源退化概况 草地退化是泽库县畜牧业发展所面临的根本问题。根据资料数据:1953年全县只有1.6万人,到 相似文献
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稀土是牧草生产中一种重要的生长促进剂,在一定的有效浓度范围内对种子萌发、植株生长以及豆科牧草根瘤发育有明显的促进效果。通过以硝酸稀土(纯度为38%)为试验材料的研究表明,在河南省自然气候条件下,对禾草有效的稀土浓度为500 mg/kg,平均增产幅度为8.5%;对豆科牧草有效的稀土浓度为500-600mg/kg,平均增产幅度为8.8%,施用方法以浸种法最佳。 相似文献
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1000.
研究5种禾本科牧草与草原二号苜蓿在不同混播方式下种群的生长高度、种间竞争率(CRi)及产草量。结果表明:草原二号苜蓿的生长不受单播、混播的影响,混播促进了禾本科植物的生长。随着豆科播种量的增加,各试验小区的产量增加。人工草地较天然草地有明显的增产作用。混播人工草地比单播人工草地又有显著的增产效应,其中2/3草原二号苜蓿+1/3披碱草的混播组合比其他组合增产现象明显。综合结果表明,草原二号苜蓿和缘毛雀麦的混播组合具有合理的禾/豆比例和较高的生产力水平,为较合理的物种组合。 相似文献