1株诱发血管瘤的ALV-J的分离鉴定及其囊膜基因的进化分析

【目的】了解湖北某黑羽蛋鸡场J亚群禽白血病(J-avian leukosis)的来源及其囊膜基因进化趋势,为湖北地区禽白血病流行病学调查提供资料。【方法】运用病理学、ELISA和Multi-PCR方法对疑似血管瘤型J亚群禽白血病病毒(J-Avian leucosis virus, ALV-J)病例进行实验室诊断,制备病毒液接种DF-1细胞进行病毒分离及间接免疫荧光试验(indirect immunofluorescence assay, IFA)检测,并通过DNAStar等软件分析该毒株囊膜蛋白编码基因。【结果】病例呈现典型血管瘤病变,p27抗原检测呈阳性,Multi-PCR出现ALV-J特异性条带,IFA结果显示特异性荧光,表明分离到1株ALV-J,命名为HB2021017。分离株HB2021017囊膜蛋白ENV、膜表面糖蛋白SU、跨膜蛋白TM与所引用的ALV-J毒株中的髓细胞瘤型毒株、髓细胞瘤和血管瘤混合型毒株、血管瘤型的ALV-J毒株的氨基酸序列相似性逐步升高。系统进化树分析显示,分离株HB2021017的env基因与中国地方品种鸡群中分离的诱发血管瘤的ALV-J毒株亲缘关系最近...     

生物进化研究中遗传距离一词的勘正

在生物进化研究中,通常以根据遗传距离绘制的进化树来表示物种和品系间的亲缘关系。其中"遗传距离"一词,在概念上是错误的,"遗传"是静态词,是生物进化某个时期的特性,是可以遗传的,而"进化"则是动态的,是遗传、变异和选择三种因素的综合作用过程,生物进化与时间密切相关,而与空间距离无关。作者发现,在计算遗传距离(K)的公式中,把p和q理解为p数和q数,则公式无法计算,如将其理解为P率和Q率,则所得数值是个百分率。因此,建议将"遗传距离"一词改为进化率(K率),并根据计算的规律性,制定了变异率在10%以内时K率的变化表,可根据变异率和Q率用查表法迅速查出K率。     

野猪资源遗传多样性利用的研究

遗传多样性也称基因多样性,自达尔文1859年在《物种起源》中将可遗传的变异称为多样性,科研人员就开始了对畜禽遗传资源多样性的研究利用。对野猪资源而言,遗传多样性指猪及其野生近缘种的种问和种内不同种群之间或群体内不同个体的遗传变异的总和。对遗传多样性的早期研究主要是形态学水平上研究,而后经历细胞水平、生理生化水平研究。近年人们在DNA分子水平上开展遗传多样性研究,开始利用DNA分析手段选育品种和寻找具有优良生产性能的基因,为开发利用与物种保护提供依据,并取得许多有价值的成果．本文主要从野猪染色体的遗传多样性、DNA水平的遗传多样性和野猪部分核内基因的多态性进行概述。     

3株鸡传染性贫血病毒的全基因组序列分析

通过对3株鸡传染性贫血病毒(CIAV)的全基因组序列比较分析,部分表明广西南宁鸡群CIAV毒株的遗传变异特征。将阳性CIAV的组织样品进行DNA抽提后,运用PCR方法分段扩增CIAV的全基因组,将获得的PCR产物进行基因克隆并进行阳性克隆菌鉴定后送测序。将所获得的基因序列进行拼接成CIAV基因组全长后,应用LaserGene7.1和MEGA4.1软件对CIAV全基因、Viral protein 3(VP3)、Viral protein 1(VP1)和Viral protein 2(VP2)基因序列进行核苷酸、氨基酸同源性分析和遗传进化分析;并对VP1、VP2和VP3蛋白上与毒力、蛋白磷酸酶活性和细胞凋亡相关的氨基酸位点进行分析。结果获得3株CIAV的全基因序列,分别命名为GX1801、GX1804和GX1810;CIAV全基因遗传进化分析表明GX1801、GX1804和GX1810均同属于Group A群,与国内强毒株GD-103和GD-104毒株的亲缘关系较近;基于VP1基因构建的遗传进化树与全基因构建的进化树最相似;GX1801、GX1804和GX1810 VP1蛋白上与毒力相关位点的第75、89、125、141、144、394位氨基酸位点与日本强毒株C368株、国内强毒株GD-103和GD-104株在同一位点保持一致;GX1801、GX1804和GX1810 VP2蛋白上与磷酸酶活性相关的基序(I^94CNCGQFRKH^103)均未发生变异;GX1801、GX1804和GX1810 VP3蛋白与诱导细胞凋亡相关的重要区域(VP3蛋白N端结构域的第1~69位氨基酸)均高度保守。本研究对3株CIAV全基因组进行测定并进行基因分析,获得了其基因组特征,为进一步研究广西CIAV的分子流行和致病性提供参考。     

一例牙鲆淋巴囊肿病例的诊断及病毒MCP基因遗传进化分析

2019年1月,山东省某牙鲆鱼场出现疑似淋巴囊肿病例。患病鱼体表长有灰白色菜花样瘤状物,死亡率超过30%,给养殖场造成了较为严重的经济损失。为确定发病原因,对该鱼场病死鱼进行了病理组织学诊断和病毒检测,并对病毒MCP基因进行了序列测定及遗传变异分析。结果显示：眼观及组织学病变符合淋巴囊肿病的病变特征;所检测到的病毒与选定的参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为78.7%~99.9%和86.8%~100%。MCP基因遗传进化分析显示,检测到的病毒与LCDV-C、JF00Kuma、JF03Yoshi、JF03GunNeA、JF、LCDV-K1等毒株同属于淋巴囊肿病毒基因II型,且与我国分离株LCDV-C有较高的同源性。经综合诊断,确定该流行病由淋巴囊肿病毒基因II型所致。该研究为该病的综合诊断及流行病学调查提供了新资料,为下一步进行该病毒相关分子生物学研究以及疫苗制备等提供了理论依据。     

Isolation,Identification and Genetic Evolution Analysis of Mink Serratia marcescens

In order to determine drug resistance, pathogenicity and genetic of the pathogenic bacteria in mink of Heilongjiang province, three strains were isolated from dead minks and identified. Based on colony morphology, microscopic characteristics, biochemical test and 16S rRNA sequencing. The antibiotic susceptibility to 24 antibiotics were detected by using standard K-B paper method, and virulence assay, phylogenetic analysis were carried out at the same time. The result showed that the isolates were highly tolerance to antibacterials, could cause 100% death of mice in experimental group and were closely related to strains from activated sludge and volcanic deposits. It showed that Serratia marcescens infection of mink existed in Heilongjiang province. Strains resistance phenomenon was serious and had a strong pathogenicity, and might be originated from the environment. It was the first time that the pathogenic Serratia marcescens isolated from the mink was reported. The results provided information for the detection, identification, diagnosis, treatment and prevention of related diseases.     

Isolation,Identification and Phylogenetic Analysis of Important Functional Genes of Porcine Pseudorabies Virus LC Strain

To find out the reason of the reproductive failure in pregnant sows in a hoggery in Guangdong, the mixture with brain, lymph nodes and lungs of farm abortion stillbirth were identified by PCR, virus isolation and culture, tissue culture infective dose (TCID₅₀) assay, homology and phylogenetic analysis of the important functional genes (gB, gC, gD and gE) and animal test. The results showed that the mixture was proved to be porcine pseudorabies virus (PRV) positive samples. The typical cytopathogenic effect was induced in the third passage of Vero cell and the titer of the fifth passage was 10^-6.8/0.1 mL. The sequence analysis and phylogenetic relationship of gB, gC, gD and gE genes showed that it was a Chinese PRV variant, which was named as LC strain. The typical pseudorabies clinical and pathological symptoms were presented in 12-week-old piglets inoculated with LC strain. The results demonstrated that a local pseudorabies virus had been isolated, suggesting that the Bartha-K61 vaccine was not fully effective for controlling the current epidemic of pseudorabies in China.     

华中地区犬细小病毒流行病学调查及其VP2基因序列分析

为了解华中地区犬细小病毒2型(CPV-2)的流行趋势以及变异情况,本研究于2020年9月至2022年1月间采集华中地区的418份疑似感染犬细小病毒的粪便样品,通过PCR方法检测,利用F81细胞进行病毒分离、间接免疫荧光试验,并对分离病毒的VP2基因进行氨基酸序列及其同源性和遗传进化分析。结果显示,358份病料检测出CPV-2,阳性率为85.65%。病料接种F81细胞后,有23份阳性样品出现明显细胞病变,间接免疫荧光试验观察到明显荧光。VP2基因序列分析结果表明,分离毒株中有New-CPV-2a型12株、New-CPV-2b型5株、CPV-2c型6株。核苷酸同源性为97.9%～99.8%,氨基酸同源性为95.9%～100.0%。遗传进化分析结果显示,分离毒株与国内分离株、伊朗、巴西分离株亲缘关系较近,与意大利、日本、阿根廷分离株亲缘关系较远。本研究为华中地区犬细小病毒防控及研制高效疫苗奠定了基础。     

河南省部分地区猪流行性腹泻病毒ORF3和N基因的克隆及其遗传进化分析

为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。     

一株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的全基因组序列分析

为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对某猪场疑似患有猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪组织样品进行鉴定,测序获得全基因,并对该毒株的NSP2基因缺失特征同源性和遗传进化及重组情况进行分析。结果显示:该猪场感染猪体的病原体为PRRSV,该毒株被命名为180404-2fei;180404-2fei毒株的NSP2区存在131(111+1+19)个氨基酸的不连续缺失,与报道的类NADC30毒株缺失特征一致;180404-2fei的NSP2基因与NADC30毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为92.2%和90.1%,180404-2fei毒株的ORF5基因与NADC30的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.5%和92.0%;遗传进化和重组分析结果表明,180404-2fei毒株属于NADC30-Like亚群,可能是由NADC30与HP-PRRSV重组而来。本研究通过对一株类NADC30 PRRSV的全基因组序列进行分析,为研究PRRSV的遗传变异和PRRS的防控提供了参考依据。