禽呼肠病毒感染对SPF鸡外周血T细胞亚型变化和细胞因子转录的影响

为探讨禽呼肠病毒(ARV)对SPF鸡外周血淋巴细胞中CD4+、CD8+T细胞数量变化和细胞因子mRNA转录水平的影响,利用流式细胞术和实时荧光定量PCR方法分别测定了ARV感染后1、7、14、21、28、35d感染组和对照组SPF鸡外周血淋巴细胞中CD4+、CD8+T细胞含量和细胞因子IL-1β、IL-6、IL-17、IL-18、IFN-γ、TNF-α基因mRNA相对转录时相。流式细胞术检测结果表明,SPF鸡感染ARV后7d和14dCD4+、CD8+T细胞比值高于对照组,其中感染7d,CD8+T细胞含量差异显著(P0.05);感染后1、21、28、35d感染组CD4+、CD8+T细胞比值均低于对照组,感染1d后CD4+、CD8+T细胞含量均差异显著(P0.05),说明外周血T细胞亚型变化是ARV感染的重要表现之一。实时荧光定量PCR结果表明,与对照组相比,感染组外周血淋巴细胞中IL-1β、IL-6(除7d外)、IL-18(除14d外)和TNF-α在整个感染过程中表达上调,IL-17和IFN-γ除感染1d外,均表达下调,说明IL-1β、IL-6、IL-17、IL-18、IFN-γ和TNF-α均参与了ARV的感染进程。     

基于转录组测序技术挖掘长吻鮠生长关键基因

为挖掘我国名优鱼类长吻鮠 (Leiocassis longirostris)生长相关基因,本研究运用Illumina高通量测序技术比较分析了快速生长组[平均体质量为(534.02±53.68) g]和缓慢生长组[平均体质量为(108.41±4.96) g]各9尾长吻鮠的脑组织基因表达谱。测序共获得267 404 674个高质量测序片段(clean reads),通过2种不同生长速率长吻鮠脑组织转录组比较筛选出518个差异表达基因,其中,412 个基因表达量上调,106个基因表达量下调。对12个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证的结果与转录组测序结果一致。GO功能分类显示,大量差异表达基因富集到生长(growth)、生长因子活性(growth factor activity)和激素介导的信号通路(hormone-mediated signaling pathway) GO条目中。KEGG富集分析显示,一些差异表达基因在MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、转化生长因子β信号通路(TGF-beta signaling pathway)、钙离子信号通路(calcium signaling pathway)和神经活性配体–受体相互作用(neuroactive ligand-receptor interaction)等途径中富集。根据GO功能注释和KEGG富集分析,筛选出gnrh、thr、egr1、fgf18、sst、gipr、cart和crf等基因是调控长吻鮠生长发育的关键候选基因。本研究结果为后续深入研究长吻鮠生长调控机制提供了重要的参考资料。     

基于转录组学解析铜驯化缓解高温胁迫对大黄鱼的氧化损伤

为探讨铜驯化对高温胁迫下大黄鱼(Larimichthys crocea)氧化损伤和基因表达水平的影响,将体质量为(48.92±3.62) g的大黄鱼暴露在铜离子浓度为0和10μg·L^-1的水体中14 d,再暴露在温度为32℃的水体中24 h。结果显示,高温胁迫显著增加了大黄鱼肝脏中活性氧(ROS)和脂质过氧化物(LPO)含量(P<0.05)。铜驯化对常温下ROS和LPO含量不产生影响,而显著降低了高温胁迫下大黄鱼ROS和LPO含量(P<0.05),表明铜驯化缓解了高温胁迫对大黄鱼的氧化损伤。从高温胁迫组vs对照组、铜驯化组vs对照组和(铜驯化+高温胁迫)组vs高温胁迫组中分别筛选到828个、2 311个和1 084个差异基因。GO和KEGG分析发现,差异基因主要富集在与TCA循环、氧化磷酸化、谷胱甘肽代谢、内质网蛋白加工、吞噬体和MAPK信号通路等相关功能上。聚类分析表明,高温胁迫下调了TCA循环、氧化磷酸化、谷胱甘肽代谢、吞噬体和MAPK信号等通路中的大部分基因表达,上调了内质网蛋白加工通路中的大部分基因表达,而铜驯化则对高温胁迫下大黄鱼的这些基因表...     

慢性盐度胁迫下金钱鱼卵巢转录组分析

为了阐明盐度胁迫对金钱鱼(Scatophagus argus)代谢和生殖的影响,采用RNA-seq技术对低盐组(5)、对照组(25)和高盐组(35)处理40 d后的2龄性成熟金钱鱼卵巢进行转录组分析。结果发现,金钱鱼卵巢转录组测序获得raw reads共398681318,clean reads共396910398。从低盐胁迫相对对照组(5 vs 25)和高盐胁迫相对对照组(35 vs 25)中分别筛选到373个和874个差异表达基因(DEGs)。与对照组相比,低盐胁迫后氨基酸代谢相关基因(sds、bhmt)和脂肪酸代谢相关基因(pnpla2)显著下调;高盐胁迫后pgr、cyp17a1和ers1等生殖相关基因显著下调。KEGG通路富集分析发现,低盐胁迫组相对对照组显著富集与代谢相关的通路为半胱氨酸和甲硫氨酸代谢,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成代谢,脂肪酸生物合成,脂肪酸代谢,皮质醇的合成和分泌,醛固酮的合成和分泌,脂肪细胞脂解的调节等;高盐胁迫组相对对照组中显著富集的与生殖相关的通路为雌激素信号传导通路。这些结果表明,氨基酸和脂肪酸的代谢调控可能在金钱鱼卵巢的低渗透压调节中起重要作用...     

RUNX1对奶牛乳腺上皮细胞间质转化的调节作用

【目的】探究Runt相关转录因子1(RUNX1)对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)诱导的奶牛乳腺上皮细胞(MAC-T)发生上皮细胞间质转化(EMT)的作用及机制。【方法】通过CCK-8法检测不同感染复数的热灭活金黄色葡萄球菌处理后对MAC-T细胞活力的影响;通过倒置显微镜观察经金黄色葡萄球菌处理后MAC-T细胞的形态变化。通过实时荧光定量PCR和Western blotting技术检测金黄色葡萄球菌处理MAC-T细胞后,细胞中EMT标志分子(E钙黏蛋白(E-cadherin)、N钙黏蛋白(N-cadherin)、α平滑肌动蛋白(α-SMA)、波形蛋白(Vimentin))、TGF/Smad通路信号分子(TGF-β1、Smad2、Smad3、Smad4)和RUNX1的表达量变化情况;并比较了分别使用RUNX1和TGF-β特异性抑制剂前后细胞EMT标志分子、TGF/Smad通路信号分子和RUNX1的表达水平变化。【结果】不同浓度热灭活金黄色葡萄球菌处理72 h后,MAC-T细胞活力较24和48 h组均极显著下降(P<0.01),通过显微镜...     

肺炎克雷伯菌K7R噬菌体生物学特性及其抗性菌株的抗性机制

以肺炎克雷伯菌K7R为宿主菌分离得到1株长尾噬菌体vB＿KpnS＿ZH01(简称P-K7R),其最佳感染复数为0.01,潜伏期约为10 min,暴发量为169 PFU/cell,且具有稳定、良好的杀菌活性。全基因组测序结果显示,P-K7R全长为52 111 bp,共编码86个开放阅读框。经过诱导,获得P-K7R抗性菌K7R-5P,尽管K7R-5P和K7R在显微镜下菌株、菌落形态以及生长曲线无明显差异,但在两者转录组学水平上检测到ompC、ompF、N5、N102及N103五个差异基因。此外,K7R-5P与K7R对噬菌体在吸附率上有明显差异,K7R的吸附效率达到80%以上,而K7R-5P的吸附效率不足20%。最后,利用qRT-PCR对转录组学结果进行验证,结果显示K7R-5P的ompC基因表达量恢复之后,菌株对噬菌体P-K7R的抗性消失,表明ompC基因在噬菌体P-K7R吸附肺炎克雷伯菌过程中起着关键作用。结果表明,成功获得1株裂解性肺炎克雷伯菌噬菌体P-K7R并在体外探究了细菌对噬菌体K7R-5P产生抗性的机制,为噬菌体治疗的进一步高效应用奠定了基础。     

甘蓝型油菜BnEIN3基因的克隆及菌核病诱导表达研究

乙烯不敏感转录调节基因（EIN3）是定位于细胞核上的乙烯信号转导下游元件,其作为转录因子启动一系列转录级联反应,从而激活乙烯诱导的防御相关基因的表达。拟南芥EIN3功能缺失突变体表现出对死体营养型病原菌高度敏感,表明该基因在抗死体营养型病原菌中发挥一定作用。为克隆甘蓝型油菜EIN3（BnEIN3）基因,该研究采用荧光定量PCR研究菌核病不同抗性的油菜品种接种核盘菌后,BnEIN3的表达变化及差异,初步探讨了BnEIN3在油菜菌核病防卫反应中的作用。     

The Structure and Sequence Analysis of TLR4 Gene in Cattle

Toll-like receptor 4 （TLR4） is essential for initiating the innate response to lipopolysaccharide （LPS） from Gram-negative bacteria by acting as a signal transducting receptor. In order to help in investigating TLR4 as a candidate disease-resistance gene in cows, we isolated the cDNA （GenBank accession no. DQ839566） by RT-PCR and rapid amplification of cDNA ends （RACE） experiments and analyzed the sequence characters by bioinformatics. The results showed that cattle TLR4 gene about 3 739 bp contains an open reading frame of 2 526 bp encoded 841 amino acids （aa）, 470 bp 5′ untranslated region （UTR）, and 743 bp 3′ UTR. Tissue expression profile by RT-PCR indicated that TLR4 gene expresses in mammary glands, liver, muscle, duodenum, fats, uterus, kidneys, hearts, lungs, pancreas, and ovary. TLR4 protein domain predicted by bioinformatics consists of signal peptide, transmembrane helices domain, 3 sorts of leucine-rich repeat domains （LRR, LRR-TYP, and LRRCT）, and a toll-interleukinl-resistance domain （TIR）. Leucine-rich repeat domains were related with recognizing a broad of pathogen-associated molecular patterns （PAMP） from pathogen, and TIR domain for downstream signaling transduction was most conservative （98% identify） than other domains after alignment of protein from ovine, porcine, human, and mouse. In addition, a 470 bp 5′-flanking region sequence was amplified by PCR, and 15 putative DNA binding sites were predicted, but this sequence lacks TATA box, CCAAT character, and GC-rich regions.     

猪链球菌2型IMPDH基因功能结构域的研究

在猪链球菌毒力相关基因orf2和mrp之间发现一个新的开放阅读框,经酶活性染色试验证实该阅读框编码的蛋白具有次黄嘌呤核苷酸脱氧酶(IMPDH)活性,该阅读框共计957 bp,编码319个氨基酸.经Interpro和PHD软件分析,推测该蛋白的功能结构域存在于9～798 bp基因片段所编码的多肽中,特对这790个碱基依次缺失,以找寻酶的催化部位和底物结合部位.4个缺失基因和全长基因经过基因克隆,表达出5种相应的蛋白.免疫印迹证实这5种蛋白可被猪链球菌2型(SS2)的抗血清识别,且其中的4种蛋白含有IMPDH单抗(1A8)识别表位;通过活性染色,初步确定了SS2中IMDPH的催化部位和底物结合部位.     

MIκBα对TNF-α诱导的大鼠肝星状细胞凋亡的影响

目的:探讨MIκBα对TNF-α诱导的大鼠肝星状细胞生长抑制和凋亡的影响。方法:首先用不同剂量的TNF-α对培养成功的MIκBα稳定转染组细胞和未转染大鼠肝星状细胞进行诱导,并使用间接免疫荧光法检测细胞中NF-κB/P65蛋白的表达,应用MTT法测定细胞生长率,然后用Annexin V-FITC和PI试剂分别进行双标记利用流式细胞仪对两组细胞的凋亡情况进行检测。结果:转染MIκBα的大鼠肝星状细胞的组NF-κB蛋白的表达明显被抑制,转染组较未转染组的细胞生长明显受到抑制,两者比较有统计学差异性。转染MIκBα的大鼠肝星状细胞有较高的凋亡率,而未转染MIκBα的大鼠肝星状细胞只有少许细胞发生凋亡,两者比较差异有统计学意义。结论:MIκBα表达可以抑制NF-κB蛋白的表达,从而提高大鼠肝星状细胞对TNF-α的敏感性,通过诱导肝星状细胞的凋亡,可能寻找到一条治疗肝纤维化的途径。