光照调控优质肉鸡性成熟的转录组分析

为探明不同光照模式调控下优质肉鸡性成熟的分子调控机制,以期为提高优质肉鸡生产性能提供理论依据.选用了0日龄F系母鸡,分别于3间密闭式鸡舍内设计不同类型的光照模式.12周龄时每组各选取3羽采集下丘脑,利用Illumina HiseqTm2000进行高通量测序,通过生物信息学方法进行差异表达基因筛选及功能分析.结果表明,9...     

鸡对马立克氏病病毒免疫应答的录组和蛋白质组研究

近年来兴起的病毒基因组或部分目的基因以及蛋白表达分析技术,为人们更好地认识宿主对马立克氏病病毒(MDV)的免疫应答机制提供了有利帮助.本文主要综述了从转录组学和蛋白质组学开展的有关MDV致病机理、宿主对MDV反应、MD遗传抗性或易感性以及疫苗诱导的免疫反应等方面的最新研究进展,并讨论了应用miRNA以及RNAi技术对基因、蛋白和信号通路在MDV与宿主相互作用中发挥重要作用的效应单位进行功能分析.     

兔卵母细胞孤雌激活方法的研究

对兔卵母细胞的孤雌激活方法进行探讨,为兔的体细胞核移植奠定良好的技术平台。体外成熟培养20～22h的兔卵母细胞随机分组,分别进行以下试验：采用不同脉冲电压、脉冲次数和脉冲时间,电激活兔卵母细胞,摸索最佳电激活参数;比较不同的激活方法处理免卵母细胞的效果,Ⅰ：Ion5min＋6-DMAP3h,Ⅱ：Ion5min＋CHX3h,Ⅲ：Ion5min＋6-DMAP联合CHX3h,Ⅳ：电激1次联合6-DMAP＋CHX3h;优化6-DMAP与CHX作用时间。结果显示：当电激参数为：电压40V／mm,脉冲时间20μs和脉冲次数3次时,兔孤雌胚的分裂率和囊胚率最高,可达80．64％和14．51％;采用第Ⅳ种方法激活兔的卵母细胞,胚胎的分裂率和囊胚率（80．64％,13．71％）均显著高于Ⅰ组（66．67％,8．6％）和Ⅱ组（43．21％,1．24%,P〈0．05）,略高于第Ⅲ组（77．59％,12．07％）;当兔孤雌胚分别在含6-DMAP和CHX的CM中培养1。h和3h时,1h处理组在分裂率（80．68％vs77．59％）和囊胚率（15．91％vs12．07％）上都略高于3h处理组。结果表明：兔卵母细胞经Ion处理5min,或先电激1次（参数为电压40V／mm,脉冲时间20μs,脉冲3次）,再用2mmol／L6-DMAP＋5mg／LCHX处理1～3h,均可获得较好的激活效果,有利于兔孤雌胚的发育。     

干扰lnc23后牛骨骼肌卫星细胞转录组测序的生物信息学分析

试验旨在分析lnc23在调控牛骨骼肌卫星细胞分化过程中转录组水平的变化,筛选出可能参与调节骨骼肌卫星细胞生长的调控通路及相关mRNAs。采用第二代测序技术（next-generation sequencing,NGS）基于Illumia hiSeq测序平台对成功构建的lnc23抑制模型及相应对照组的牛骨骼肌卫星细胞进行转录组测序,将数据整理、过滤及评估后,通过生物信息学方法分析样品间基因转录差异表达,对这些差异基因进行GO和KEGG富集分析,并应用实时荧光定量PCR技术对转录组数据结果进行验证。结果显示,转录组测序共鉴定到19 358个基因,筛选到1 297个差异表达基因,其中上调856个,下调441个。差异基因的GO功能分析共包括细胞组分、分子功能和生物学过程3大类222个分支,其中有大量的差异基因与催化活性、分子功能调节、信号转导、生物黏附、新陈代谢相关。KEGG分析显示,差异基因共涉及190个通路,显著富集在PI3K-Akt、P53、TNF、RIG-Ⅰ样受体、神经活性配体受体互作、细胞因子互作等信号通路上,进一步从中筛选出可能参与细胞生长、肌肉发育过程的差异基因,如CCNA2、RRM2、IL-6、MYL2等。实时荧光定量PCR结果显示,所选的11个差异基因中有9个与转录组测序结果变化一致,表明了测序结果的可靠性。本试验完成了干扰lnc23及其对照后牛骨骼肌卫星细胞的转录组测序分析,获取差异基因的功能注释信息,初步揭示lnc23调控牛骨骼肌卫星细胞分化的潜在基因和通路,为深入探究lnc23调控牛骨骼肌卫星细胞的分化机制打下良好的基础。     

基于转录组测序的牧草分子标记开发研究进展

转录组测序是一种获得生物组织或细胞几乎所有转录本的高通量测序技术,测序所得的基因编码序列可用于研究植物在不同条件下的基因表达、调控方式及后续的功能基因发掘与遗传进化分析。随着分子标记技术的快速发展,转录组测序数据也可作为标记开发的重要来源,为牧草开展种质资源遗传多样性评价、遗传变异分析、居群结构研究和育种提供有效工具。本文综述了基于转录组测序的牧草分子标记如EST-SSR和SNP的开发及应用现状,以期为牧草分子标记开发提供重要参考。     

母子两代连续双酚A暴露对子鼠睾丸发育的影响

双酚A(BPA)是一种无处不在的环境雌激素,长期暴露或接触会影响动物的生殖功能。为了探究持续低剂量暴露BPA对雄鼠生殖器官和功能的影响,将妊娠0 d孕鼠随机分为7组,每组20只,分别为空白对照组,0.05 mg·kg~(-1)·d~(-1) BPA组,0.50 mg·kg~(-1)·d~(-1) BPA组,5.00 mg·kg~(-1)·d~(-1) BPA组,10.00 mg·kg~(-1)·d~(-1) BPA组,20.00 mg·kg~(-1)·d~(-1) BPA组, 50.00 mg·kg~(-1)·d~(-1) BPA组。自母鼠怀孕0 d起持续饮水染毒BPA至哺乳期结束,仔鼠21 d断奶后直接以继续饮水染毒至45日龄性成熟期,共染毒63 d。子代雄鼠于45 d处死。结果显示,染毒BPA剂量大于等于10.00 mg·kg~(-1)·d~(-1)时雄鼠血清BPA含量显著高于空白对照组(P<0.05),染毒BPA剂量大于等于20.00 mg·kg~(-1)·d~(-1)时睾丸组织BPA含量显著高于空白对照组(P<0.05)。H&E染色和睾丸器官指数测定结果显示染毒BPA剂量10.00 mg·kg~(-1)·d~(-1)以上导致睾丸生精小管萎缩,小管间隙变大,50.00 mg·kg~(-1)·d~(-1)以上导致子代雄鼠睾丸指数显著增大(P<0.05)。染毒BPA剂量在0.50 mg·kg~(-1)·d~(-1)以上时睾丸精子活力与密度相较于空白对照组均显著减少(P<0.05),而各染毒组精子畸形率均显著大于空白对照组(P<0.05)。染毒BPA剂量在0.50 mg·kg~(-1)·d~(-1)以上时睾丸生殖细胞核DNA损伤显著大于空白对照组(P<0.05)。染毒BPA剂量在0.05 mg·kg~(-1)·d~(-1)以上时睾丸雄激素受体(AR)表达量显著减少(P<0.05)。转录组测序结果显示染毒BPA可导致雄鼠睾丸剪切体U1亚基蛋白质C合成基因Snrpc和剪切体通用载体组件编码基因Hnrnpu均显著下调,使得mRNA的转录后修饰第一步即无法进行,剪切体功能受阻可能是BPA影响睾丸发育的重要原因。荧光定量PCR证实了转录组结果,并进一步证明了Hnrnpu对BPA的敏感性大于Snrpc。     

动物染色质三维基因组及转录调控研究进展

真核生物细胞核内基因组染色质并不是以线性分子的形式无序存在,而是以不同层次的三维结构有序地压缩在细胞核内,这种复杂的三位基因组结构在基因转录、DNA复制、细胞分裂和减数分裂等过程中具有重要作用。染色质构象捕获技术(chromosome conformation capture,3C)及其衍生技术是目前鉴定基因组染色质三维结构的主要手段。本文将从基因组染色质三维结构层次、研究技术、表达调控机制、在动物育种中的应用及展望等方面概述三维基因组学的研究进展。     

简州大耳羊肌内脂肪细胞成脂分化差异表达基因的筛选与鉴定

旨在通过转录组测序技术获得简州大耳羊肌内前体脂肪细胞成脂分化前后的差异表达基因,并经生物信息学分析获得相关信号通路及可能发挥作用的关键功能候选基因。本研究以7日龄的健康简州大耳羊公羊为试验动物（n=3）,采用胶原酶消化法分离获得其肌内前体脂肪细胞;利用Illumina平台对肌内前体脂肪细胞和诱导分化5 d的肌内脂肪细胞cDNA样品（n=3）进行高通量测序;以|log₂fold change|>0和P<0.05为阈值筛选获得差异表达基因,并利用clusterProfiler R包对其进行GO功能和KEGG通路富集;最后利用实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）技术检测功能候选基因在细胞分化前后的表达量变化。结果显示,共获得差异表达基因7 916个,其中4 143个为表达上调基因,主要富集到氧化磷酸化、核糖体合成和三羧酸循环通路等305条通路;3 773个为表达下调基因,且主要富集到甲状腺激素信号通路等303条通路;差异基因GO功能注释中52.8%为生物过程、13.4%是细胞组成和33.8%是分子功能。qRT-PCR结果表明,UCP3、ACACB、ACOT11、ACOX3、APOA1和WISP2在分化前后的山羊肌内脂肪细胞中的表达趋势与RNA-seq结果一致,提示这些基因适合作为下一步研究的功能候选基因。本研究筛选得到简州大耳羊肌内脂肪细胞成脂分化的差异基因,并确认了6个基因可作为功能候选基因。研究结果为阐明肉用山羊肌内脂肪细胞成脂分化的分子调控网络提供基础数据和系统资料。     

基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因

为挖掘感染ALV-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因。本研究以汶上芦花鸡为试验素材,分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体,对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测,分别选取3只ALV阳性（G1组）和阴性（G2组）个体的肝组织,并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型,利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因,并进行功能分析,利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证。结果表明,G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型,转录组分析发现,共有42个差异基因在GO和KEGG中富集,其中,上调基因18个,下调基因24个。随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致。GO分析显示,差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路。本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路,为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路。