京海黄鸡生长早期骨骼肌可变剪切分析

为揭示鸡骨骼肌生长发育过程中关键的可变剪切（Alternative splicing,AS）,试验分别采集4(M4)、8(M8)和12(M12)周龄京海黄鸡胸肌用于转录组测序,筛选差异的AS(FDR≤0.05),并进行功能分析。结果显示：在M4 vs M8、M8 vs M12和M4 vs M12比较组中得到786、1 649和1 721条差异AS,分别对应了637、1 239和1 259条来源基因,其中228条为共有基因;GO功能富集分析发现TOP20条目中富集到蛋白质定位调节和细胞内蛋白质转运正调控等多条蛋白相关的生物学过程;KEGG通路分析显著富集到紧密连接和泛素介导的蛋白质水解等通路;利用蛋白互作网络结合GO和KEGG筛选到GAPDH、TRIP12、PDLIM7、CEP290、PTPRC、VTI1B和MYL1等多条关键来源基因。综上可知,可变剪切在鸡骨骼肌发育过程中普遍存在,且不同发育阶段可受相同的AS调控,同时,试验筛选的多条关键基因及其可变剪切在鸡骨骼肌发育过程中发挥重要作用。     

白色脂肪棕色化及其与疾病的相关性研究进展

脂肪组织主要包括白色脂肪组织和棕色脂肪组织。白色脂肪组织的主要功能是储存能量,棕色脂肪组织的主要功能是产热耗能。白色脂肪棕色化的信号通路复杂多样,其相关的转录因子有过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors, PPARs)、PR结构域蛋白16(PR domain containing 16, PRDM16)和过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子-1α(peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1α, PGC-1α),同时也受骨形态发生蛋白(bone morphogenetic proteins, BMPs)和鸢尾素(irisin)的调节。白色脂肪棕色化能够激活米色细胞,增加机体的产热耗能,是治疗肥胖、胰岛素抵抗、脂肪肝、心脑血管疾病等的新方向。然而,白色脂肪棕色化是一把双刃剑,可能引起动脉粥样硬化、恶病质和肝脂肪变性等多种疾病。因此,文章对白色脂肪棕色化的调控因素、信号通路及其对疾病的影响进行综述,以期为发挥白色脂肪棕色化的优势、减...     

小肽对大黄鱼仔鱼生长和小肠发育的影响及其在低温胁迫下的抗氧化应激效应

本试验分为生长试验和低温胁迫试验2部分.先分别投喂大黄鱼(Larimichthys cro-cea)仔鱼经不同浓度(0、0.5、1.0、2.0和3.0 mL/m3)小肽营养强化后的轮虫和卤虫12 d,以探讨小肽对大黄鱼仔鱼生长和小肠发育的影响;再将大黄鱼仔鱼暴露在温度为12℃的水体中24 h,以探讨小肽对低温胁迫下大黄...     

冬枣果皮着色相关类黄酮靶向代谢组学及潜在MYB转录因子分析

以冬枣白熟期（W）、半红期（着色部分SR＿R,未着色部分SR＿W）、全红期（R）果皮为试材,通过靶向代谢组学分析不同着色期冬枣果皮类黄酮组分及变化,构建冬枣MYB家族进化树,通过转录组分析潜在调控类黄酮合成MYB转录因子。结果表明,着色期4个比较组果皮差异代谢物分别为291(R vs W)个、196(R vs SR＿W)个、297(SR＿R vs SR＿W)个和201(SR＿R vs W),其中共有差异代谢物98个。通过KEGG分析发现共有的差异代谢物主要富集在次生代谢物、苯丙烷类和类黄酮生物合成途径;126个类黄酮物质在果皮着色期被检测到,其中包括13个花青苷类物质、53个黄酮物质、28个黄酮醇类物质、8个异黄酮、5个原花青素和19个黄烷醇类物质;随着冬枣果皮着色,3个花翠素、3个黄酮和3个黄酮醇类物质显著增加,而原花青素和黄烷醇类物质儿茶素、表儿茶素显著减少。冬枣MYB家族聚类共筛选出14个潜在调控类黄酮生物合成的MYB转录因子。进一步通过转录组和qRT-PCR分析发现有12个MYB转录因子随冬枣果皮着色呈下调表达趋势,仅LOC107434709和LOC107404750两个MYB...     

大豆GmNAC131基因的生物信息学及表达分析

NAC基因在多种作物中具有抵御生物与非生物胁迫的作用,为了分析大豆NAC131基因的功能,本研究从Williams 82大豆中克隆GmNAC131基因,对该基因及其编码蛋白质的特征、结构、功能及不同组织的表达量进行生物信息学分析;采用qRT-PCR方法分析非生物胁迫后不同时间段基因的诱导表达.结果表明:GmNAC131...     

猪圆环病毒复制与转录模式研究进展

猪圆环病毒(PCV)是一种单股、环状DNA病毒,有两种血清型,其中PCV-2是引起断奶仔猪多系统衰竭综合征的重要病原,给世界养猪业造成了巨大的经济损失.文章主要从PCV-1和PCV-2的基因组结构、复制起始区的结构与功能、复制相关蛋白的结构与功能、转录图谱、各转录物的剪接方式及主要转录物的转录效率等方面进行了综述,同时也对二者的复制与转录模式的异同点进行了比较.这些结果对PCV-1和PCV-2毒力差异的分子机制研究具有一定的借鉴意义,同时可为抗PCV药物的研发提供一定的理论依据.     

陆地棉转录因子GhNAC78基因的特征及功能分析

本实验室从陆地棉中克隆得到GhNAC78,分析了其基因特征及功能。该基因cDNA全长为937 bp,开放阅读框为876bp,编码291个氨基酸,隶属于NAM转录因子亚家族。体外转录激活实验表明,GhNAC78具有转录激活活性。上游启动子区1537 bp序列的生物信息学分析可知其包含多种激素、胁迫和光响应元件,表明GhNAC78广泛地参与植物生长发育和胁迫响应的调控。荧光定量结果显示,GhNAC78在棉花叶片衰老过程中高调表达,推测其参与叶片衰老的调控。     

微量金属元素对甲烷菌激活作用的动力学研究

本文以血清瓶为反应器,以醛酸钙为基质,通过厌氧批量试验从动力学和角度研究了微量金属元素Fe、Co、Ni对甲烷菌的激活作用。结果表明,加入微量金属元素Fe、Co、Ni能有效缩短厌氧消化反应时间,提高基质降解率和产气速率。     

十字花科植物CYP86MF同源基因的克隆及特征分析

用保守的特异引物进行PCR扩增，并结合RACE技术，从大白菜(Brassicacampestris L．)品种黄芽14，萝卜(Raphanus sativus L．)品种圆白和诸葛菜(Orychophrogmus violaceus)3个材料中扩增到3个完整的cDNA全长，分别命名为Bc-CYP86MF，RsCYP86MF和OvCYP86MF，它们的cDNA全长分别为1854，1818和1876bp，分别编码524，526和534个氨基酸残基。将所推导的氨基酸序列与数据库中已知基因进行排序，发现它们与拟南芥CYP86家族所有成员的氨基酸相似性都大于38％，可将它们归为细胞色素CYP86基因家族。BcCYP86MF和RsCYP86MF与CYP86C4亚家族氨基酸同源性均大于55％，则可归为CYP86C4亚家族，而OvCYP86MF与CYP86C3的同源性最高，为86．5％，应归为CYP86C3亚家族。根据氨基酸序列的排序结果构建的系统树表明，CYP450基因的氨基酸序列进化程度与物种的亲缘关系的远近相吻合。对蛋白二级结构预测结果发现，它们都具有细胞色素P450典型的保守结构域FNAGPRLCIG，而且氨基酸组成也很相似。     

屎肠球菌自溶的基因表达差异分析

为探讨屎肠球菌自溶状态下基因表达变化,利用高通量测序技术进行RNA-Seq分析。差异基因分析显示,自溶状态下共有783个基因表达出现差异,其中在自溶状态下上调和下调的基因分别为689和94个。GO功能聚类分析显示,差异基因主要富集在细胞、细胞组分、生物合成、有机物质生物合成几个方面。KEGG富集分析发现,差异基因主要参与了核糖体、氨基酰基-tRNA生物合成、嘌呤代谢、肽聚糖生物合成、嘧啶代谢、同源重组、氨基酸合成等通路,且下调的差异基因主要富集在碳代谢、糖酵解/糖异生、丙酮酸代谢等能量代谢相关通路。说明屎肠球菌自溶状态下代谢出现了明显改变,对碳源的利用不足和合成能力的下降可能是导致屎肠球菌自溶发生的重要原因。通过分析屎肠球菌自溶状态下基因的表达情况,得到了充分的基因数据,为进一步研究屎肠球菌的自溶发生机制提供了基础。