c-GMP诱导对盐胁迫下番茄的转录组分析

以市场常见的番茄为材料,采用Illumina高通量测序技术对NaCl胁迫、c-GMP诱导以及两者组合处理下番茄幼苗进行转录组测序。结果表明:共获得83.35 Gb的原始数据,Q30碱基百分比在90.91%及以上,分别将各样品的原始读数与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从88.03%到92.74%不等。同时将得到的31 734条序列注释到不同的数据库(GO、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot和egg NOG),通过GO数据库,将其划分到细胞组分、分子功能以及生物学过程三大注释类别下的51个亚功能组中,通过COG数据库与KEGG数据库将其分别注释到25个类别与128个代谢通路。在NaCl胁迫、c-GMP诱导以及两者组合处理下共发现SNP位点127 944个,其中仅有22.6%的SNP位点位于非编码区。差异基因结果显示,c-GMP能诱导盐胁迫下更多基因的表达。该转录组测序数据可靠,结果覆盖面广,为番茄c-GMP诱导盐胁迫下基因挖掘与功能研究提供了理论依据。     

茶树CsbHLH2基因克隆及表达分析

目的探究三七绿紫地上茎中三七碱性螺旋-环-螺旋蛋白基因(basic helix-loop-helix gene, bHLH)、v-myb骨髓母细胞增多症病毒癌基因同源物基因(v-myb myeloblastosis viral oncogene homolog, MYB)和WD40蛋白基因(WD40 gene, WD40)转录水平的纵向变化及其与总花色苷含量(total anthocyanin content, TAC)的相关性。方法将平均高度约为18 cm的一年生三七绿紫地上茎植株的地上茎均分为18个茎段,分别用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)和分光光度法检测各茎段中bHLH、MYB和WD40的转录水平以及TAC。结果从三七绿紫茎的顶部到基部,三七bHLH、MYB和WD40转录水平的纵向变化大致分别表现为1条“多峰”、“W”形和“W+倒V”形曲线,其最高转录水平分别出现在茎段7、10和7,且三者转录水平在不同茎段间的差异分别到达了显著 (P<0.05)、极显著 (P<0.01)和极显著 (P<0.01) 水平;TAC的纵向变化则粗略表现为1条“单峰”曲线,最高TAC出现在茎段8,且TAC在不同茎段间的差异达到了极显著水平;bHLH、MYB和WD40转录水平与TAC之间均呈正相关,其Pearson相关系数规律为MYB>bHLH>WD40。结论对于一年生三七绿紫茎花色苷合成而言,3个转录因子基因的差异性贡献为MYB>bHLH>WD40。本研究结果可为三七地上茎花色苷合成转录调控的探究提供参考。     

甜橙bHLH转录因子家族的鉴定及生物信息学分析

bHLH转录因子家族是第2大转录因子家族,广泛存在于微生物、植物以及动物中。以甜橙为试验材料,通过全基因组数据库搜索鉴定,对bHLH基因进行了理化性质、系统发育、染色体分布、保守基序、蛋白互作生物信息学分析,探讨它们在不同组织的表达情况。结果表明：共鉴定出126个bHLH基因,其中112个不均匀的分布于9条染色体上,14个分布位置尚未确定;系统发育分析表明甜橙bHLH基因家族可分为16个亚家族,并且给定亚家族中的大多数基因具有相似的基因结构和保守基序。在甜橙中,多个bHLH基因相互作用共同调控其开花、光的形态发生和花色素苷合成等过程;大多数的CsbHLH基因在愈伤组织、叶、花和果实中均有表达。本研究为CsbHLH基因的功能研究奠定了基础,并有助于bHLH基因在其他植物物种中的功能研究。     

欢迎订阅2014年《果农之友·文摘版》——《中外果树栽培技术精选》

<正>果树专业大户、家庭农场、农民合作社等的致富首选★一册在手,啥都有!订一本杂志相当于订上千种杂志!摘编上千种中外农业报纸、期刊、科普图书、网站上等有关果树最新栽培技术的文章,让您只花一本的钱,尽揽中外果树栽培技术精华。★内容丰富,料特足!有关果树新优品种、栽培技术、病虫防治、贮藏加工等方面的内容一应俱全,每期近400篇优秀文章,具权威、丰富、新颖、实用的特点,将成为您掌握科技动态和更新知识的窗口!别等了!赶紧到当地邮局订阅吧!每年出版2期(上半年3月25日、下半年9月25日)。每期176页     

桑螟防治的对策措施

<正>桐乡市梧桐街道现有桑园面积719.93 hm2,2014年饲养蚕种14945张,其中中秋、晚秋饲养5831.5张,占全年总饲养量的39%。2014年由于秋季桑螟大暴发,导致本街道晚秋蚕种弃养近90%,对蚕农造成了巨大损失。为了今后的中、晚秋蚕的安全饲养,结合本街道的实际情况,谈谈对桑螟的防治意见及措施。     

蜜本南瓜覆膜对爬二次采收高效栽培技术

导读:湖南省是我国蜜本南瓜的重要产区,根据湖南独特的气候条件,改进传统蜜本南瓜栽培方式,采用地膜覆盖、藤蔓对爬的方式,从整地、栽培管理、病虫害防治等方面总结蜜本南瓜栽培新技术,以期为蜜本南瓜的种植提供技术指导,帮助农民增产增收。     

市场@微博

<正>新农业杂志官方微博欢迎加入讨论微博:http://weibo.com/xnyzz微信:xny12316作为一本农业杂志,我们致力于建立有效的沟通桥梁,关注农业市场的分秒变化,跟踪大宗农产品的市场走势,帮助产业经营者规避市场风险,赢得最大收益。【玉米】沈阳市康平县康平镇王先生(玉米种植大户):目前当地陈玉米基本清仓,养殖户到当地粮库购粮,粮库库存也相对较少,新季     

性别决定从输卵管开始通过X和Y精子调节输卵管转录

哺乳动物后代的性别分配通常被认为是随机的,主要根据哪种染色体(X-/Y-)先到卵母细胞内。因此,研究人员研究了另一种可能性,即输卵管能识别X-/Y-精子,使后代性别比例具有倾向性。研究采用两侧腹腔镜人工授精技术给一头母猪两个输卵管分别导入X-/Y-精子,发现精子确实能引起特定性别的转录应答。微阵列分析显示:输卵管内携带Y-染色体的精子与携带X-染色体的精子相比,     

狼狗情缘

说实话,最早我对动物可不是那么友善,尤其是对狗可谓是避而远之,也许是小时候在老家上学时,被狗咬伤休息了1个多月的缘故。14岁那年,从老家来到新疆伯父家后,伯父家养了一条十分高大的狼狗,我一见就害怕,越是这样,它见到我就只冲着我乱叫,每次都是等伯父把它拴好了,我才敢出门。也许是为了让我和那条狼狗"增进感情",伯父每次都让我去给它喂食。起初我还是不太敢,伯父故意嘲笑我说:"连一条狗都害怕,将来能有什么出息?"慢慢地,我敢给它喂食了,有时它会趁我不注意,在我的手上或脸     

银杏MYB转录因子的鉴定及特征分析

[目的]MYB蛋白是真核生物中一类重要的转录因子,在植物形态建成、生长发育、初生和次级代谢产物合成等生命过程中起重要调控作用。银杏作为植物中的"活化石",其提取物中含有的活性成分次生代谢物类黄酮等对人体有益。在类黄酮的生物合成中,MYB转录因子扮演着重要角色。本研究从转录组水平详细鉴定和分析了银杏GbMYB转录因子,为今后GbMYB的功能研究奠定基础,也为其他物种MYB转录因子的分析提供方法。[方法]本文首先利用BlASTp和PlantTFbcat等生物信息学工具对银杏的MYB蛋白序列进行筛选和鉴定;其次运用MEME和MEGA 7.0软件分别对GbMYB蛋白进行基序和系统进化分析;最后使用MeV对GbMYB在银杏各组织中的表达水平进行聚类分析。[结果]从41151个银杏蛋白中共鉴定出60个MYB转录因子,根据MYB保守域的特点将其分为R1-MYB、R2R3-MYB和R1R2R3-MYB三大类。系统进化树分析发现60个GbMYB可分为16个亚家族且具有相似功能的蛋白序列通常聚在一个家族。在银杏GbMYB蛋白中共检测到21种不同的保守基序。表达谱数据分析表明,一些GbMYB基因的表达具有组织特异性。[结论]本研究利用生物信息学方法,在银杏转录组水平上共鉴定出参与调控银杏各个组织发育的60个GbMYB转录因子;结合拟南芥AtMYB家族分类法将GbMYB分为16个亚家族;保守基序分析显示GbMYB在功能上具有多样性。研究结果为全面解析银杏MYB基因结构与生物学功能提供了新信息,也为进一步研究银杏GbMYB转录因子在次生代谢产物中的调控功能奠定了基础。