兔IL-10基因外显子4突变对蛋白结构和功能的影响

本研究针对兔IL-10基因外显子4中的碱基突变,运用生物信息学比较分析野生型和突变型蛋白的理化性质和结构。结果表明,外显子4中碱基T的插入并未改变IL-10蛋白的理化性质、二硫键、跨膜结构、信号肽、糖基化位点以及二级结构,但是导致磷酸化位点减少、三级结构改变,从而影响IL-10蛋白的功能并可能对机体疾病的抗病性产生影响。     

秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用

利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点,相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点;所有SSR位点中,以二核苷酸SSR为主(51.8%),三核苷酸SSR次之(27.7%);经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序,优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp,其中,10～15 bp的SSR位点占比为77.2%;在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中,都是以短核苷酸SSR为主,秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株;利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析,结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性,平均Shannon信息指数为0.38,平均Nei’s基因多样性为0.23,平均有效等位基因数为1.35。     

离体条件下5 - 氮杂胞嘧啶核苷对菊花DNA甲基化和表型性状的影响

 采用离体处理的方法, 初步研究了5 - 氮杂胞嘧啶核苷(5-azaC) 对菊花的影响。结果表明, 500μmol·L - 1以上时有致死效应, 100μmol·L - 1以上时能抑制离体材料的生长发育, 而各浓度对菊花的丛生芽均具有抑制作用, 且这种抑制作用具有时间累加效应和剂量累计效应。10μmol·L - 1以下时使菊花开花时间有不同程度的提早, 这一效应具有稳定性, 并可通过营养繁殖进行遗传。MSAP技术分析表明,处理材料基因组DNA甲基化水平明显降低, 在去处理后的继代过程中仍有部分位点保持低甲基化状态。     

广西三黄鸡脂蛋白脂酶基因的克隆及蛋白构象分析

【目的】对广西三黄鸡和爱拔益加（AA）鸡的脂蛋白脂酶基因（LPL）进行克隆与蛋白质结构分析,为后期开展LPL基因表达与鸡肌内脂肪含量相关性研究及筛选出与优质肉质相关的分子遗传标记奠定基础。【方法】根据GenBank已公布的鸡LPL基因序列设计引物,利用RT-PCR扩增广西三黄鸡和AA鸡的LPL基因cDNA序列,经双酶切鉴定和序列测定比对分析后,应用生物软件进行蛋白质二级结构预测分析。【结果】成功获得广西三黄鸡和AA鸡的LPL基因编码区序列（CDs）,大小均为1473 bp,两者的同源性为99.4%;将广西三黄鸡LPL基因序列提交至GenBank获得序列号JX090309。相对于AA鸡,广西三黄鸡LPL基因CDs存在9个位点的碱基突变,其中碱基503T→C导致氨基酸168Val→Ala,606T→G导致202Asp→Glu,1066A→G导致356Thr→Ala,1277C→T导致426Ser→Phe,1420A→G导致474Arp→Gly,1432G→A导致202Glu→Lys,这6个位点为错义突变;第166、372和1305位点的碱基突变为同义突变。蛋白质二级结构预测结果表明,广西三黄鸡与AA鸡LPL的C端结构域存在空间构象差异。【结论】LPL基因突变引起的氨基酸组成变化及蛋白质二级构象改变,可能影响鸡肌内脂肪沉积,进而决定肉质的优劣,即LPL基因可作为研究广西三黄鸡肌内脂肪代谢的主要候选基因。     

单核苷酸多态性(SNP)的研究进展

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是广泛存在于生物基因组中的一种新型分子标记,主要是指在基因组水平上研究由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化的一种技术。该研究总结近年来广为科研人员所广泛应用的SNP技术及其原理,以期为更好地使用现有技术和开发新技术奠定理论基础。     

基于PSY2基因单碱基突变的木薯薯肉颜色分子标记开发与利用

木薯块根颜色是消费者关注的重要性状之一,薯肉颜色主要受八氢番茄红素酶PSY2基因控制.为了快速判断木薯块根肉质颜色,本研究基于编码八氢番茄红素合成酶基因的突变位点PSY2-572,开发出1个单核苷酸扩增多态性(SNAP)标记,可快速检测木薯块根肉质颜色.利用该PSY2-SNAP标记鉴定出的新选048自交群体和62个育种...     

麦洼牦牛基因组三碱基重复微卫星的挖掘及其遗传多态性分析

为了解麦洼牦牛现有群体的遗传多样性及种群遗传分化特征,试验通过生物信息学方法从已公布的牦牛基因组中筛选到9 466个三碱基重复微卫星位点,以191个麦洼牦牛基因组DNA样品为模板对各个位点进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳基因分型。经过哈迪-温伯格平衡检验,在15个三碱基微卫星位点中,有5个位点偏离哈迪-温伯格平衡（P<0.05）。15个微卫星位点均为高度多态性（PIC>0.5）,群体平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）和平均多态信息含量（PIC）分别达到0.5041、0.8152和0.7831。进一步通过Structure 3.0软件分析发现,麦洼牦牛群体结构单一,无分化特征,表明麦洼牦牛品种虽然具有较高的遗传多态性但是无分化迹象。     

鸡志贺氏菌产超广谱13内酰胺酶(ESBLs)的分子进化

[目的] 检测鸡志贺氏菌分离株和诱导株所产ESBLs的基因型,探讨其产酶耐药的分子进化机制.[方法] 对1株诱导和5株临床分离产ESBLs细菌分别用TEM、SIIV、CTX-M 3种通用引物进行PCR扩增、基因克隆及测序分析,确定鸡福氏志贺氏菌ESBLs的基因型和基因亚型. [结果] 5株临床福氏志贺氏菌质粒上具有相同的TEM序列和相同的SHV序列,TEM型序列与AY903309(TEM-116)序列相比发生了2个位点基因突变即G157A、C409T,其中409位点碱基突变为沉默突变,157位点碱基突变导致相应氨基酸序列53位发生突变Gly53Ser,此氨基酸突变为新的突变位点,所以该TEM型ESBLs是一种新的TEM亚型,暂命名为TEM-1V型;SHV型与AY826418(SHV-12)序列完全相同,为SHV-12型.头孢噻呋诱导标准福氏志贺氏菌,诱导10代时产生了TEM-1型β-内酰胺酶,诱导50代时产生了TEM-1V型ESBLs.[结论] 临床分高鸡福氏志贺氏菌ESBLs的基因型为TEM-IV型和SHV-12型,鸡福氏志贺氏菌TEM-1w型ESBLs是由TEM-1型β内酰胺酶直接进化而来.     

用等位基因特异PCR检测普通小麦（Triticum aestivum L.）的单核苷酸多态性

 【目的】以2份六倍体小麦Opata85和W7984及其重组近交系（RIL）的111个株系和3份小麦二倍体野生近缘种为材料，研究用等位基因特异PCR检测普通小麦中单核苷酸多态性的方法。【方法】利用直接测序的方法检测2份六倍体小麦和3份小麦二倍体野生近缘种TaDREB1基因的DNA序列，在B基因组上发现了2个SNPs。以其为3?端，设计等位基因特异引物及其互补引物，对SNP进行分型，同时研究了特异引物3?端碱基错配对等位基因特异PCR的影响，优化了PCR反应体系。【结果】等位基因特异引物3?端不同位置的碱基错配及不同类型的碱基错配对PCR结果影响较大；在等位基因特异PCR中，Mg2+、dNTP及Taq DNA聚合酶的用量均大于普通PCR。【结论】只要在等位基因特异引物3?端加上合适的错配碱基，并且优化其PCR反应体系，用等位基因特异PCR方法检测六倍体小麦中的单核苷酸多态性是可行的。