DNA技术在羊毛羊绒鉴别中的应用

羊绒与羊毛的鉴别一直是当前面临的难题,以DNA为基础的检测方法由于准确灵敏,目前已成为毛绒鉴别中最可靠的方法。文中对毛绒的DNA鉴别方法及难点进行了综述,以期为毛绒准确鉴别提供参考。     

基于mtDNA控制区部分序列探讨东北狍与西伯利亚狍、欧洲狍的遗传分化

对来自中国东北12个狍样本线粒体控制区序列进行了测定,初步探讨了东北狍种群的遗传结构及其与西伯利亚狍、欧洲狍的遗传分化问题.结果在562 bp的线粒体DNA控制区序列中共发现40个变异位点,其中转换38个,颠换2个(Ti/Tv=19:1),多态位点的比例为7.12%.共检测到12种线粒体DNA单倍型,单倍型间的序列差异平均为2.00%.结合GenBank上西伯利亚狍和欧洲狍同源序列进行分析,确定27个单倍型,种群内及种群问无共享单倍型.AMOVA分析结果表明,遗传变异主要发生在种群间(67.28%).东北狍与西伯利亚狍无明显遗传分化(Fst:0.112 25,P>0.05),二种群间基因流程度最大(2.03).而东北狍与欧洲狍(Fst=0.718 28,P<0.001)、西伯利亚狍与欧洲狍(Fst=0.791 84,P<0.001)、西伯利亚狍-东北狍组合与欧洲狍(Fst=0.694 50,P<0.001)均具有显著的遗传分化.系统发生树和单倍型网络关系图均将27个单倍型分成2个进化枝:欧洲狍进化枝和西伯利亚狍-东北狍进化枝.     

樱桃谷鸭线粒体控制区的遗传多样性分析

[目的]探究樱桃谷鸭的遗传背景。[方法]通过线粒体D—loop区测序对樱桃谷鸭19个个体进行测序。[结果]结果表明,樱桃谷鸭群体内的核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样度（Hd）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．01434、0．982和10．140,存在4种单倍型,可以将樱桃谷鸭分为2个较大的类群,同时樱桃谷鸭与绿头野鸭、建昌鸭和野生斑嘴鸭有较高的亲缘性。鸭种群线粒体D—loop区序列个体变异程度很小,但种群的遗传多样性水平很高,可用于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。[结论]该研究结果为樱桃谷鸭的多态性位点和单倍型的深入分析提供参考。     

基于线粒体控制区部分序列的大青鲨种群遗传结构研究

基于线粒体DNA ( mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prion-ace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明：165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%, T为36.40%, C为18.61%, G为11.53%, G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数( Hd )在各个采样点都较高,平均值为0.9973±0.0014,核苷酸多样性指数(π)为0.01510±0.00091,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值( Nm )和低遗传分化指数( Fst )揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

白边大叶蝉线粒体基因组测序与分析

采用引物步移法测得白边大叶蝉Kolla paulula(Walker)线粒体基因组90%左右的序列,并分析了该叶蝉的线粒体基因组特征。基于23个物种(半翅目)的蛋白编码基因序列,以最大似然法和贝叶斯法构建了头喙亚目系统发育树。已测得序列长度为13 579 bp(AT:73.33%),其中包含了13个蛋白编码基因、21个t RNA基因和1个r RNA基因。除了ND5基因使用GTT作为起始密码子外,其他所有蛋白编码基因均使用ATN作为起始密码子;除了CO II使用不完整的T作为终止密码子,其他所有蛋白编码基因均使用TAA或TAG作为终止密码子。21个t RNA基因中,除了t RNASer(AGN)缺失1个稳定的茎环结构外,其他所有t RNA基因均能形成典型的三叶草二级结构。系统发育分析结果表明,进化树明显可以被分为沫蝉总科+(角蝉总科+蜡蝉总科);白边大叶蝉属于角蝉总科的叶蝉科,白边大叶蝉线粒体基因组特征与其他叶蝉科昆虫相同。     

两个人工选择奥利亚罗非鱼群体系统发育 及其遗传多样性分析

[目的]了解人工选择偏好对奥利亚罗非鱼遗传多样性的影响,为今后人工选育及生产提供参考依据.[方法]对两个奥利亚罗非鱼群体(那马群体和武鸣群体)各70尾个体的线粒体DNA的D-loop区序列、CoI基因和Cytb基因进行测序及系统进化研究,并选用20对微卫星标记对其遗传多样性进行分析.[结果]基于D-loop区序列两个群体共检测出32个单倍型,其中共享单倍型6个;基于CoI基因共检测出23个单倍型,其中共享单倍型16个;基于Cytb基因共检测出14个单倍型,其中共享单倍型10个.基于D-loop区序列、CoI基因和Cytb基因单倍型分别构建的系统发育进化树显示,武鸣群体和那马群体的个体交错在一起,地理差异不明显,且采用NJ法和ME法构建系统发育进化树的进化拓扑结构基本相似.20对微卫星引物均能在奥利亚罗非鱼中获得稳定有效的扩增条带,其中有18个微卫星位点呈多态性;那马、武鸣群体的平均等位基因数(Na)分别为6.5000和7.9444,平均有效等位基因数(Ne)分别是3.9857和4.7268,平均观测杂合度(Ho)分别为0.7123和0.7752,平均期望杂合度(He)分别为0.9614和0.9711、平均Nei期望杂合度分别为0.7017和0.7636,均表现为武鸣群体略高于那马群体.两个群体的遗传分化系数(Fst)在不同微卫星位点间差异明显,其变化范围为0.0173(GM241)~0.2318(UNH868),平均0.0997;从单群体近交系数(Fis)和总群体近交系数(Fit)来看,所有微卫星位点的数值均为负值.[结论]经短期人工选择的武鸣群体奥利亚罗非鱼遗传多样性较被长期人工选择的那马群体遗传多样性丰富,即短期内的不同人工选择偏好对线粒体DNA的遗传影响较小.     

Phylogeny of Limenitidinae Butterflies （Lepidoptera： Nymphalidae） Inferred from Mitochondrial Cytochrome Oxidase I Gene Sequences

The phylogenetic analyses of the subfamily Limenitidinae are performed based on 1471 bp of mtDNA cytochrome oxidase subunit I (C01) gene sequence data which were obtained from 21 individuals spanning 9 genera, along with those of 17species obtained from GenBank, using Apatura iris, Aglais urticae, and Polyura dolon as outgroup species. Although the transitions at the third codon positions of the COI data set were highly saturated, they were still retained for analysis as they contain the majority of the phylogenetic information, and thus, the maximum pasimony (MP) under different weighting schemes and maximum likelihood (ML) trees were reconstructed in this study. The results showed that within this subfamily, the results based on the COI gene sequences are approximately identical to the traditional classification results. However, the clustering of Lexias pardalis and Tanaecia julii within the genus Euthalia as well as the clustering of Phaedyma aspasia within the genus Neptis with weak support are different from that of the current classification scheme made by Chinese scholars. The genus Limenitis is splited into two subelusters in the trees constructed by using MP and ML methods. These results support one of the strongest hypotheses for the tribe relationships within Limenitidinae.     

黔北一新鱼种遵义小钝吻鮠线粒体DNA的分离纯化

用差速离心法和改进的碱裂解法分离纯化遵义小钝吻鮠线粒体DNA,紫外检测其OD260/OD280在1.78～1.85,并计算出该鱼肝组织线粒体DNA的含量为0.613μg/g。纯化样品经紫外分析仪在200～290 nm波长范围内扫描,呈现典型的DNA吸收峰,其最大吸收峰在259～260 nm。以λDNA/HindⅢ的完全酶切片段作为相对分子量标准,利用电泳迁移率与分子量的对数的线性关系,由已知片段大小推算出遵义小钝吻鮠mtDNA分子大小为(15.44±0.16)kb。     

基于线粒体及核DNA序列的河南烟草黑胫病菌群体遗传多样性分析

本研究选取2011年采自河南烟区的32个菌株,根据4个核基因(包括rDNA ITS、β-tubulin、Ras和Gpi基因)和1个线粒体基因(Cox1)的保守序列,克隆和测序分析160个相应的基因DNA片段。结果显示,这5个基因DNA序列在病菌群体内碱基序列与参照基因序列相比保守度在83%~100%不等,平均基因型多样性指数(M)为1.422 7。综合使用5个基因联合序列联合构建群体进化系统树,揭示了分布于河南省14个县区的32个分离菌系可分为2个明显的组,包括15个不同的联合基因型,基因型多样性指数为2.35,反映了病菌致病变种内存在的遗传变异多样性。其中,最优势的2个联合基因型分别涵盖8个c基因型菌系和6个e基因型菌系。然而,各基因型间遗传分化的总水平很低,组间的遗传距离仅为0.000 5,说明烟草黑胫病菌在河南生长烟草中的菌株可能属于同一有效群体。同时,不同分化菌株遗传亲缘关系与地理来源之间也没有显著的相关性,表明烟草黑胫病菌河南群体内存在密切的菌源交流,没有形成明显的地理亚群体分化。本研究结果可广泛应用于大规模黑胫病菌群体菌系的动态检测,服务于烟草抗黑胫病育种和品种合理布局。     

中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹线粒体细胞色素b基因片段的DGGE分析

[目的]探讨利用DGGE技术对中华绒螯蟹和合浦绒螯蟹遗传多样性进行分析的可能性。[方法]对中华绒螯蟹5个群体和合浦绒螯蟹1个群体共180个个体的线粒体细胞色素b（cytb）基因片段进行了PCR扩增和变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析。[结果]所有PCR产物在DGGE电泳时共有2种迁移速率,合浦绒螯蟹所有个体的PCR产物的迁移速率相同,且中华绒螯蟹江都群体46.7%、仪征群体23.3%以及温州群体20.0%的个体与合浦绒螯蟹的迁移速率一致;而以上3个中华绒螯蟹群体的其他个体以及南京、盘锦群体所有个体的PCR产物在DGGE电泳时的迁移速率均相同,均快于合浦绒螯蟹,表明在中华绒螯蟹中混杂有合浦绒螯蟹的遗传标记类型。[结论]DGGE方法可用于绒螯蟹的遗传多样性分析。