对虾科线粒体基因组特征及基因差异位点分析

通过长PCR扩增获得凡纳滨对虾和中国明对虾的线粒体DNA,进而采用步移测序、序列拼接获得2个对虾类线粒体基因组的全序列.结合斑节对虾、日本囊对虾、细角滨对虾和加州美对虾的线粒体基因组,初步揭示了对虾科线粒体基因组的基本特征.6个对虾类线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列完全一致.对虾类线粒体基因组所有的主编码基因中,变异程度最高的是nad2和nad6基因.因此,nad2和nad6基因可以作为coxl基因辅助的分子标记,为对虾类生物多样性的保护及对虾类生物资源合理、高效利用等诸多方面提供参考.     

青海湖裸鲤繁殖群体线粒体基因组D-1oop区序列多态性

利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区(黑马河，布哈河，沙柳河)的青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii(Kessler))线粒体D-loop基因片段，测定该基因片段1005bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析，对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究，共检测出多态性位     

暗纹东方鲀mtDNA的分离纯化及其细胞素b基因的分子克隆

利用改进的差速离心法和碱裂解法制备并分离纯化了暗纹东方纯mtDNA,测得分子大小为19．4Kb。用线粒体特异染色法跟踪和监测线粒体提取,结果表明,25000-35000g能获得90％以上的高得率。利用制备纯化的mtDNA,已首次克隆了暗纹东方纯细胞色素b基因(cytb)。     

中华虎头蟹线粒体16S rRNA和 COⅠ基因的序列比较及其系统进化分析

为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA和COⅠ基因片段的遗传距离与系统进化分析结果一致,表明中华虎头蟹与梭子蟹科的蟹类亲缘关系最近,方蟹科与沙蟹科的蟹类聚为一支,与传统分类结果基本一致;而脊椎动物2个基因片段的系统进化分析结果不一致。根据16S rRNA基因片段的遗传距离推测出4科7种蟹的大致分化时间发生在古新世至始新世。     

泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918～920bp。32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．992、0．012和10．698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离（Kimura 2-parameter distance,K2-P）、遗传分化指数（Fst）、基因交流值（Nm）和分子方差分析（AMOVA）均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集。     

尼罗非鲫和奥利亚非鲫线粒体DNA遗传差异的研究

以酶切MitochondrialDNA（mtDNA）技术检测了尼罗非鲫和奥利亚非鲫的mtDNA。测得两种鱼线粒体基因组的大小都约为16．83kb。在使用的6种酶中，只有PvuⅡ在所检测的15尾尼罗非鲫mtDNA上产生了多态片段，3尾鱼的mtDNA产生了4个片段，12尾鱼的mtDNA产生3个片段。而6种酶在所有15尾奥利亚非鲫中均未检到多态片段。比较两种鱼的mtDNA酶切片段，仅PvuⅡ的酶切结果有所不同，尼罗非鲫mtDNA上有3个或4个PvuⅡ位点，但奥利亚非鲫mtDNA上有5个位点，因此，PvuⅡ的酶切位点可作为鉴别它们的分子遗传标记。     

我国六个地区银鲫种群线粒体DNA多态性的研究

本文用一对引物对我国６个地区银鲫进行ｍｔＤＮＡ－ＮＤ５／６片段的ＰＣＲ扩增,扩增产物用６种限制性内切酶进行限制生片段长度多态性分析。共获得１１种图谱和７种限制性类型。根据各群体间的遗传距离构建了ＵＰＧ聚类关系图。结果表明,６个银鲫种群中,云南群体与贵州群体的关系以及黑龙江与安徽群体之间的关系最近,它们分别归为一个群体;河南群体相对独立,它与黑龙江和安徽群体的遗传关系较近,江西群体与各群体间的亲缘关     

浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。     

竹荚鱼属鱼类线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR产物直接测序法测定了2尾来自中国南海的日本竹煲鱼（Trachurus japonicus）线粒体DNA控制区基因全序列,并结合从GenBank中下载的8种竹笑鱼属相应序列,对竹煲鱼属控制区序列进行了结构分析,识别出终止序列区、中央区和保守序列区3个区域,并找到了2个与DNA复制终止相关的序列TAS和中央保守区的保守序列CSB—F、CSB—E和CSB—D,以及保守序列区的保守序列CSBl、CSB2和CSB3。以鳜（Sinipercachuatsi）作为外群,使用邻接法和最大简约法构建了9种竹荚鱼属的系统发育树。竹笑鱼属鱼类为单系类群,蓝竹煲鱼（rpicturatus）、智利竹笑鱼（zmurphyi）、太平洋竹笑鱼（zsymmetricus）、南非竹荚鱼（rcapensis）和竹荚鱼（rtrachurus）构成一支,地中海竹笑鱼（zmediterraneus）、青背竹笑鱼（zdeclivis）、日本竹荚鱼（rjaponicus）和新西兰竹荚鱼（rnovaezelandiae）为另一支;日本竹笑鱼未单独成一支,而是聚人青背竹笑鱼和新西兰竹笑鱼之间,初步猜测日本竹笑鱼和新西兰竹荚鱼为同种异名。     

三疣梭子蟹分子生物学研究进展

三疣梭子蟹作为重要的海洋经济动物,在基础生物学方面有较为全面的研究和总结,但在分子生物学方面的研究还处于起步阶段,相关研究主要集中在同工酶谱分析、RAPD分子标记研究和线粒体基因组序列分析等方面.本文对三疣梭子蟹分子生物学,尤其是分子标记技术的应用研究取得的进展情况进行了阐述,探讨了三疣梭子蟹的研究发展方向,为今后更为系统地研究三疣梭子蟹提供理论依据.